Il est lancé à l'automne 1964 mais uniquement en édition spéciale du Weekly Shōnen Magazine sous le nom de Bessatsu Shōnen Magazine. Il devient mensuel en 1969 et change de titre pour Monthly Bessatsu Shōnen Magazine(月刊別冊少年マガジン?). Après une période de pause, il est réédité en 1974, puis change de nom et devient le Monthly Shōnen Magazine en 1975.
Un supplément, le Shōnen Magazine R, est lancé en 2015. Au départ publié tous les deux mois, il devient uniquement digital en avec une sortie mensuelle[1].
En 2009, Kōdansha réutilise le nom et crée un magazine, lui aussi mensuel, dérivé du Weekly Shōnen Magazine, le Bessatsu Shōnen Magazine.
