Michel Rohmer travaille sur les isoprénoïdes, une classe de substances naturelles familières à tous sous la forme du cholestérol de nos cellules. Il a étudié plus particulièrement les hopanoïdes, que l'on trouve dans la matière des roches sédimentaires. Il découvre alors les biohopanoïdes, une famille de triterpénoïdes pentacycliques. Ses travaux sur la biosynthèse de ces hopanoïdes bactériens révolutionnent la compréhension des premières étapes de la biosynthèse des isoprénoïdes. Rohmer propose une nouvelle voie de biosynthèse conduisant aux précurseurs universels des isoprénoïdes, les diphosphates d'isopentényle et de diméthylallyle. Cette voie est différente de la voie du mévalonate admise depuis plus de cinquante ans. La voie métabolique du méthylérythritol phosphate est largement distribuée chez les bactéries, omniprésente dans les chloroplastes des organismes phototrophes.
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