Ses travaux de recherche portent sur les aspects fondamentaux de l'interaction homme-machine, l'ingénierie des systèmes interactifs, le travail collaboratif assisté par ordinateur et plus généralement les nouvelles techniques d'interaction.
Michel Beaudouin-Lafon est l'un des fondateurs de l'Association francophone pour l'interaction homme-machine (AFIHM ; équivalent français de l'ACMSIGCHI), dont il fut le premier président. Il intervient régulièrement dans les plus grandes conférences internationales du domaine (CHI, UIST et ECSCW), et fait aussi partie de leurs comités de programme (président ou membre). De 2002 à 2008, il a été member-at-large de l’ACM Council et membre de l’ACM Publications Board[réf. souhaitée].
En 2006, Michel Beaudouin-Lafon a été élu à la ACM SIGCHI Academy, du fait de ses nombreuses contributions et de son implication dans le domaine[5].