Né dans un petit village agricole de la région du mont Elgon, Martin et son frère Boniface Kiprop s'illustrent en course à pied durant leur jeunesse et décident de se lancer dans une carrière d'athlète pour vivre de leur talent[1].
Martin prend part aux championnats du monde de cross-country 2000 à Vilamoura dans l'équipe nationale junior. Il termine meilleur Ougandais en onzième place et mène son équipe sur la troisième marche du podium, remportant ainsi la première médaille pour son pays aux championnats du monde de cross-country[2]. Son frère Boniface s'illustre aux championnats du monde de cross-country 2002 à Dublin en remportant la médaille de bronze en junior. Martin termine onzième et ensemble, ils remportent la médaille d'or au classement par équipes[3].
Le , Martin remporte son premier titre national en devant champion d'Ouganda de semi-marathon à Mbarara[4].
Le , il participe aux championnats du monde de semi-marathon à New Delhi. Il effectue une course solide pour terminer à la treizième place en 1 h 4 min 48 s. Avec Wilson Busienei septième et Joseph Nsubuga 27e, il remporte la médaille de bronze au classement par équipes[5].
Le , il prend le départ du Trophée mondial de course en montagne à Sierre. Martin effectue un excellent départ et s'empare des commandes. Semblant se diriger vers la victoire, il est finalement doublé à 500 m de l'arrivée par le spécialiste de la discipline Jonathan Wyatt qui s'offre son sixième titre. Martin termine sur la deuxième marche du podium pour treize secondes. Il remporte sa première médaille individuelle d'une compétition internationale et devient le premier athlète ougandais médaillé de course en montagne[7],[8].
Le , il prend part aux championnats Afrique de l'Est de semi-marathon. Avec ses coéquipiers Isaac Kiprop et James Kibet, il effectue la course en tête. James lâchant du terrain en fin de course, Isaac et Martin terminent au sprint à l'avantage du premier. Les trois hommes remportent de plus le classement par équipes[9]. Le , il fait étalage de son talent en course en montagne en remportant aisément la première édition des championnats d'Ouganda de la discipline à Bukwo[10].