Elle obtient son doctorat en 1986 (Paris), devient maître de conférences (1991, UPF), travaille comme professeur invité dans divers établissements : l'INALCO à Paris, université de Waikato en Nouvelle-Zélande, université de Honolulu à Hawaii ; nommée professeur des universités en 1998 à l’UPF, avec une chaire de langue et littérature polynésienne ; ministre de la Culture et de l’Enseignement supérieur de Polynésie française de 1998 à 2005 ; élue présidente de l'Université de la Polynésie française en 2005 (réélue en 2009).
À la suite du plagiat de l'œuvre d'Umberto EcoLa Recherche de la langue parfaite dans la culture européenne[1], Louise Peltzer a annoncé, lors du conseil d'administration du [2], sa démission de la présidence de l'Université de la Polynésie française au [3]. Elle est remplacée par Éric Conte, professeur d'anthropologie, confirmé pour un mandat de quatre ans en 2013[4].
Par sa mère, elle descend de la famille royale de Huahine[réf. nécessaire].
Lettre ouverte signée par une cinquantaine d’enseignants et de chercheurs à propos de « similitudes » entre son ouvrage Des langues et des hommes (Au vent des îles, 2000) et celui d’Umberto EcoLa Recherche de la langue parfaite dans la culture européenne (Seuil, 1994)[1] :