Johnson se retrouve brièvement dans le baseball indépendant à jouer pour les T-Bones de Kansas City de l'Association américaine[6] avant de signer un contrat avec les Pirates de Pittsburgh de la MLB et d'être en 2012 assigné aux ligues mineures. En 101 manches et deux tiers lancées pour des clubs affiliés aux Pirates en 2012, il alterne entre les rôles de lanceur partant et de lanceur de relève et présente sa meilleure moyenne de points mérités (3,19) depuis son arrivée dans les rangs professionnels[3].
Pirates de Pittsburgh
Âgé de 28 ans, l'ancien espoir des Red Sox de Boston fait ses débuts dans le baseball majeur avec les Pirates de Pittsburgh le . Il apparaît dans 4 matchs de l'équipe. Sa première sortie est comme releveur face aux Diamondbacks de l'Arizona alors qu'il entre en jeu en 11e manche d'un très long match. Il lance 6 manches dans ce match qui en dure 16 mais encaisse la défaite dans le revers de 4-2 des Pirates[7]. Ses trois autres parties jouées pour Pittsburgh sont comme releveur. En 10 manches et un tiers lancées pour l'équipe, il compte 2 défaites, 9 retraits sur des prises et sa moyenne de points mérités s'élève à 6,10.
Twins du Minnesota
Le , Pittsburgh échange Kris Johnson aux Twins du Minnesota contre le lanceur droitier Duke Welker[8]. Il effectue 3 départs, lance 13 manches et un tiers et encaisse une défaite avec les Twins en 2014.