Toutefois, l'objectivité du travail de McCarthy est souvent remis en question, suspecté d'obtenir de la Turquie et de l'Azerbaïdjan des subventions pour mener à bien ses travaux.
The Arab World, Turkey, and the Balkans (1878-1914): A Handbook of Historical Statistics, Boston, G. K. Hall and Co., 1982.
Muslims and Minorities: The Population of Ottoman Anatolia and the End of the Empire, New York-Londres, New York University Press, 1983 (traduit en turc).
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Death and Exile. The Ethnic Cleansing of Ottoman Muslims (1821-1922), Princeton, Darwin Press, 1995 (traduit en turc, en arabe et en bulgare).
The Ottoman Turks: An Introductory History to 1923, Londres, Longman, 1997, réédition Routledge, 2013 (traduit en italien).
The Ottoman Peoples and the End of Empire, Londres-New York, Hodder & Arnold/Oxford University Press, 2001 (traduit en turc).
Population History of the Middle East and the Balkans, Istanbul, The Isis Press, 2002.
The Armenian Rebellion at Van, Salt Lake City, University of Utah Press, 2006 (avec Esat Arslan, Cemalettin Taşkıran et Ömer Turan ; traduit en turc).
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The Turk in America. The Creation of an Enduring Prejudice, Salt Lake City, University of Utah Press, 2010 (traduit en turc).
Sasun: The History of an 1890s Armenian Revolt, Salt Lake City, University of Utah Press, 2014 (avec Cemalettin Taşkıran et Ömer Turan).
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