Julien Pinot commence une carrière de coureur cycliste au AC Bisontine puis au CC Étupes à partir de 2008. En 2007, il remporte deux courses, et termine notamment 7e du Loire-Atlantique espoirs, manche du Challenge national espoirs. Il doit cependant arrêter la compétition en raison d'une hypertrophie cardiaque[1].
Dès 2008, il commence alors à entraîner le CC Étupes.
En 2005, il commence des études à l'Université Sports de Besançon dans le domaine de l'entraînement, management et ingénierie du sport. Dès 2012, grâce à une convention CIFRE avec l'équipe FDJ et à son directeur de recherche et mentor, Frédéric Grappe, également entraîneur de l'équipe FDJ depuis 2000, il entre dans l'encadrement de cette équipe en tant qu'entraîneur. Il travaille alors sur un projet d’ingénierie qui fait l’objet de sa thèse : « Étude de la puissance mécanique comme variable d’amélioration de la performance en cyclisme à travers l’interface homme-machine »