Né à Bayonne, Julien Peyrelongue grandit dans le Pays d'Orthe et commence le rugby dès l'âge de six ans sous les couleurs du Peyrehorade sports[4]. Il y est sacré champion de France avec les cadets du club au terme de la saison 1996-1997 face à Grenoble au parc des Princes[5],[6],[7].
Au mois d', il dispute et remporte avec l'équipe de France des moins de 19 ans le championnat du monde junior[8]. L'année suivante, il porte à nouveau le maillot de l'équipe de France junior, cette fois-ci en catégorie des moins de 21 ans, pour des rencontres amicales[9].
Peyrelongue entame sa carrière professionnelle en 2000, repéré par le Biarritz olympique[4], où il évoluera pendant 14 ans[10].
En , il retrouve les Barbarians français pour jouer un match contre le XV du président, sélection de joueurs étrangers évoluant en France, au stade Ernest-Wallon à Toulouse[13]. Les Baa-Baas s'inclinent 26 à 33[14].
Durant la saison 2011-2012, le Biarritz olympique atteint la finale du Challenge européen. Pour cette rencontre face au RC Toulon, il est titulaire et le BO l'emporte 21-18[17],[18].
Après des contacts avancés avec l'US Dax en pour rallier les rangs dacquois en tant que joker médical[19], il n’obtient pas de bon de sortie et achève sa saison avec le club basque. Il signe néanmoins l'année suivante, pour deux saisons plus une optionnelle, avec le club landais en Pro D2[10],[1], alors que son ancien club, relégué, le rejoint en deuxième division.
Au terme de ces deux saisons, son option n'étant pas levée et n'étant pas reconduit[20], il met un terme à sa carrière de joueur en 2016.
Après la fin de sa carrière professionnelle de joueur, il crée une société de maîtrise d'œuvre et d'économie de la construction à Biarritz. En parallèle, il prend en charge les moins de 14 ans de l'école de rugby du Biarritz olympique en compagnie de Laurent Mazas[21].