Professeur à l'École normale supérieure, Jules Toutain était président de la société des sciences de Semur et directeur des fouilles d'Alésia jusqu'en 1958[3],[4],[5],[6]. Outre les fouilles d'Alésia ses recherches ont porté sur l'histoire de l'Afrique romaine, en particulier dans le cadre de l'actuelle Tunisie, et sur l'histoire des religions dans l'Empire romain, domaine dans lequel il s'opposa aux thèses de Franz Cumont. Il est à l'origine du Prix Toutain-Blanchet décerné par l'Académie des inscriptions et belles lettres et récompensant un travail scientifique portant sur l'histoire de la Gaule avant Clovis ou l'histoire de l'Afrique antique.
Les cités romaines de la Tunisie : essai sur l'histoire de la Colonisation romaine dans l'Afrique du Nord, 1895
Les Northmans en Islande au Moyen Âge, 1898
Notes d'épigraphie et d'archéologie tunisienne, Bulletin archéologique, 1907
La Légende de la déesse phrygienne Cybèle, ses transformations, 1909
Histoire de France et histoire générale de 1789 à nos jours, 1910
Histoire de l'antiquité, 1911
Histoire du Moyen Âge, 1911
Note sur les puits découverts à Alesia en 1909, 1911
Alésia. Son histoire, sa résurrection, 1912
Histoire moderne, 1913
L'Idée religieuse de la rédemption et l'un de ses principaux rites dans l'antiquité grecque et romaine, 1916
Les Cultes païens dans l'Empire romain, 1917-1920
Histoire de l'Orient et de la Grèce, 1923
Histoire de l'Europe et particulièrement de la France depuis la fin du Ve siècle jusqu'à la guerre de Cent ans, 1925
Les Origines historiques de la Société des Nations..., 1925
Chronique des fouilles : la campagne de 1924... rapport adressé à M. le Ministre de l'instruction publique et des beaux-arts par M. J. Toutain..., 1926
Discours prononcés à la séance de clôture du Congrès le samedi / par M. Jules Toutain et M. Edouard Herriot, Congrès des Sociétés savantes à Paris, 1928
Histoire contemporaine jusqu'au milieu du XIXe siècle, 1929
La Gaule antique vue dans Alésia, 1932
Un Grand héros national : Vercingétorix, 1934
Comment s'est formée dès l'Antiquité la nationalité française, 1936