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Juan Rincón est recruté comme agent libre amateur le par les Twins du Minnesota. Après six saisons en Ligues mineures, il débute en Ligue majeure le . Il s'aligne avec les Twins jusqu'en 2008.
Devenu agent libre, il signe chez les Indians de Cleveland le puis rejoint les Tigers de Détroit le . Reversé en Triple-A à la mi-mai, il refuse cette affectation, et se déclare agent libre[1]. Il signe alors chez les Rockies du Colorado, avec qui il termine la saison 2009 et dispute deux parties en 2010.