Il est élu vice-président chargé des relations internationales en 2003, président de l'Université Bordeaux II de à décembre 2014. En 2003, il est élu vice-président de Bordeaux II Victor Segalen à nouveau chargé des relations internationales puis il en assume la présidence de 2008 à 2014.
Dans ce cadre, il participe activement au projet de l'Opération Campus Bordeaux, à la création de la fondation Bordeaux Université -dont il est vice-président depuis 2010[2], coordonne les projets des investissements d'avenir dont la labellisation Initiative d'excellence décrochée en 2014[3] et conduit la fusion des universités Bordeaux I, Segalen et Montesquieu IV avec leurs présidents respectifs[4].
En juillet 2019, il signe avec le Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche une convention de dévolution permettant à l’université de devenir propriétaire de son patrimoine immobilier[10] et de s'engager dans une stratégie immobilière au service de ses missions de formation et de recherche et de son développement[11]. Par crainte que l'université ne vende une partie de ce patrimoine pour financer ses activités, une pétition a été lancée pour protéger le site historique de l'Observatoire astronomique de Bordeaux à Floirac[12].
En 2020, il engage l'université de Bordeaux dans plusieurs projets structurants :
ACT (Augmented university for campus and world transition), dans le cadre du PIA 3 (Plan d'investissements d'avenir), qui vise à faire un campus expérimental dans le domaine de la transition énergétique et de la mobilité[13] ;
l'alliance Enlight, lauréat de l'initiative « Universités européennes », à laquelle l'Université de Bordeaux participe avec huit autres universités[14] ;
UGBRS 2.0, "école supérieure des jeunes chercheurs" retenue en 2020 dans le cadre du PIA 3[15].
En janvier 2022, arrivé à la limite de deux mandats, il quitte la présidence de l'université de Bordeaux[17]. Dean Lewis lui succède[18].
En novembre 2023, il se voit confier une mission de réflexion sur la "Mise en œuvre d'un plan de rénovation de la recherche biomédicale" avec Anne-Marie Armenteras, par les Ministres chargés de la Santé, de la Recherche et de l'Industrie. Ce rapport[19] est rendu en mai 2024[20]. Il fait 70 propositions, notamment sur le rôle et l'articulation des CHU, de l'INSERM et des universités.