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Après un premier échec en 1964, Jerry Apodaca est élu au Sénat du Nouveau-Mexique en 1966 dans le 27e district[2].
Il est élu gouverneur du Nouveau-Mexique en 1974 face au républicain Joe Skeen. Il est le premier gouverneur hispanique du pays depuis les années 1920[2]. Durant son mandat, il réorganise l'administration de l'État et participe à la campagne de Jimmy Carter de 1976[3]. À la fin de son mandat, en 1979, il est nommé par Carter au sein du conseil présidentiel sur la forme physique[2].
En 2018, il encourage son fils Jeff à se présenter au poste de gouverneur. Ce dernier perd la primaire démocrate face à Michelle Lujan Grisham. Jerry Apodaca apporte alors son soutien au républicain Steve Pearce, pourtant situé à la droite du parti conservateur[4].