« Sade et le rationalisme des Lumières », Raison présente, 1967, 3, p. 75-90.
« Les anti-Lumières », in Histoire de la philosophie. 2, De la Renaissance à la révolution kantienne, sous la dir. d'Yvon Bélaval, coll. « Encyclopédie de la Pléiade », Gallimard, 1973, p. 717-727.
« La Mettrie et l'immoralisme sadien », Annales de Bretagne, 1976, 83, p. 745-750.
« Quand Sade récrit Fréret, Voltaire et d'Holbach », Obliques, 1977, 12-13, p. 263-266.
La philosophie de l'inquiétude en France au XVIIIe siècle, Paris, Vrin, 1979, 454 p.[5]
La passion de la raison : hommage à Ferdinand Alquié, publié sous la dir. de Jean-Luc Marion ; avec la collab. de Jean Deprun, Paris, Presses universitaires de France, coll. « Épiméthée », 1983, XXII-458 p.
De Descartes au romantisme : études historiques et thématiques, Paris, Vrin, coll. « Vrin reprise », 1987, 198 p. [recueil de textes parus entre 1965 et 1984].
« Comment l'Être suprême entra dans la Bible », in Le Grand Siècle et la Bible, sous la dir. de Jean-Robert Armogathe, Paris, Beauchesne, 1989, p. 315-323.
« Fontenelle, Rousseau et la casuistique du mensonge », in Fontenelle : actes du colloque tenu à Rouen du 6 au , publiés par Alain Niderst, Paris, Presses universitaires de France, 1989, p. 423-431.
Éditions
Boris M. Teplov, Psychologie des aptitudes musicales, trad. par Jean Deprun, Paris, Presses universitaires de France, coll. « Bibliothèque scientifique internationale. Section Psychologie », 1966, 418 p.
Maurice Merleau-Ponty, L'union de l'âme et du corps chez Malebranche, Biran et Bergson : notes prises au cours de Maurice Merleau-Ponty à l'École normale supérieure (1947-1948), recueillies et rédigées par Jean Deprun, Paris, Vrin, coll. « Bibliothèque d'histoire de la philosophie », 1968, 131 p. [nouvelle éd. revue et augmentée d'un fragment inédit en 1978].
Jean Meslier, Œuvres complètes, sous la dir. de Roland Desné ; notes par Jean Deprun [et al.], Paris, Éd. Anthropos, 1970-1972, 3 vol.
Baron d'Holbach, Le bon sens ou Idées naturelles opposées aux idées surnaturelles, Paris, Éd. rationalistes, coll. « Lumières de tous les temps », 1971, XXXII-267 p.
Diderot, Œuvres complètes. 25, Essai sur les règnes de Claude et de Néron : idées VII, éd. critique et annotée présentée par Jean Deprun [et al.], Paris, Hermann, 1986, 510 p.
Jean-Jacques Rousseau, Discours sur l'origine de l'inégalité, présentation et commentaires de Jean-François Braunstein ; préf. de Jean Deprun, Paris, Nathan, coll. « Les intégrales de philo, 1990, 159 p.
Sade, Œuvres. 1, éd. établie par Michel Delon, Paris, Gallimard, coll. « Bibliothèque de la Pléiade », 1990, LXXXV-1 363 p. [introduction par J. Deprun : « Sade philosophe »].
Sade, Œuvres. 3, éd. établie par Michel Delon ; avec la collab. de Jean Deprun, Paris, Gallimard, coll. « Bibliothèque de la Pléiade », 1998, XXII-1 638 p.
↑Correspondances : mélanges offerts à Roger Duchêne : études réunies par Wolfgang Leiner et Pierre Ronzeaud, Tübingen, G. Narr, , 545 p. (ISBN978-3-8233-4603-6, lire en ligne).