Chanteur autodidacte, Jean Borthayre commence sa carrière comme soliste dans un chœurbasque lors d'une tournée en Europe. Vers 1936, il étudie avec sa femme Marie-Louise, fille de la basseLouis Azéma. Il fait ses véritables débuts en 1941 au théâtre du Capitole de Toulouse, où il travaille jusqu'en 1945, avec le rôle d'Hérode dans Hérodiade de Massenet.
Travaillant essentiellement en France, chantant peu à l'étranger, Jean Borthayre est devenu le symbole du « style français » grâce à sa diction impeccable et à son raffinement musical. Il a également connu un succès considérable avec les rôles de baryton verdien comme Rigoletto, Germont, Renato, etc. alors chantés en français.