Ses documentaires traitent de questions de notre temps : crise de la démocratie, crise économique, montée du populisme. Usant de ressorts dramaturgiques proches de ceux de la fiction, ses films entretiennent un rapport particulier au cinéma de genre. Parmi eux, Connu de nos services (1997) qui aborde le scandale des fiches politiques compilées par la Police fédérale dans les années 70-80 ; Mais im Bundeshuus / Le Génie helvétique (2003), un des succès majeurs du cinéma suisse au box-office[3] avec plus de 100'000 entrées, suit les travaux d’une Commission parlementaire en charge d’une Loi sur le génie génétique ; L’Expérience Blocher (2013), portrait du milliardaire et leader national-populiste Christoph Blocher, soulève une vive polémique. Cleveland contre Wall Street (2010), sur la crise des subprimes, présenté au Festival de Cannes (Quinzaine des Réalisateurs) est nommé aux César en France[4]. Son film L’Opéra de Paris (2017) est ensuite largement diffusé à travers le monde[5]. Avec ce film, qui a réuni plus de 200’000 spectateurs dans les salles, Jean-Stéphane Bron a obtenu en 2018, et pour la troisième fois, le Prix du Cinéma suisse dans la catégorie meilleur documentaire. En 2017, il réalise La Vallée, l'un des quatre téléfilms constituant la collection Ondes de choc produite par la RTS et la chaîne franco-allemande ARTE[6]. En 2021, Jean-Stéphane Bron sort Cinq nouvelles du cerveau, long-métrage qui aborde les questions vertigineuses liées aux avancées dans les domaines des neurosciences et de l’Intelligence Artificielle. En 2022, il réalise la série documentaire Ma rue de l’Ale, qui explore la rue du réalisateur, à Lausanne[7].
Prix du cinéma suisse Quartz 2014 : nomination pour le meilleur documentaire[21] (nominations également de Karine Sudan pour le meilleur montage et de Christian Garcia[22] pour la meilleure musique de film)