Il apprend d'abord la « langue annamite », comme on disait à l'époque, et devient professeur au petit séminaire d'An Ninh. Il en est ensuite pendant quinze ans le supérieur de 1930 à 1945. Il a parmi ses élèves François-Xavier Nguyên Van Thuân (1928-2002)[3], futur cardinal, qu'il ordonne prêtre le 11juin1953, et dont le procès en béatification est ouvert.
Jean-Baptiste Urrutia est expulsé par les forces japonaises en mars 1945 et placé en résidence forcée à Hué avec le reste de ses confrères. Lorsque les troupes Vietminh arrivent quelques mois plus tard, sa détention se transforme en incarcération, tandis que la persécution à l'égard des chrétiens vietnamiens commence.
Lorsque le vicariat est élevé au rang d'archidiocèse en 1960, il laisse la place à un nouvel archevêque vietnamien et se retire à l'âge de cinquante-neuf ans auprès de la basilique Notre-Dame de La Vang, symbole de la résistance catholique du pays. Il participe aux sessions du concile Vatican II à Rome (1962-1965), mais de retour au Vietnam il traverse la terrible époque de la guerre du Viêt Nam qui frappa durement la province de Hué.
Il est définitivement expulsé en 1975 après la chute de Saïgon et la prise de pouvoir des communistes. Jean-Baptiste Urrutia, âgé de soixante-quatorze ans, rentre définitivement en France où il termine ses jours dans la maison de repos de la Société des missions étrangères à Montbeton, après cinquante ans passés en Indochine.