Javier Aguirre est née à Donostia-San Sebastián en Espagne.
Il a commencé son travail en tant que réalisateur en 1961 et a eu une carrière prolifique, réalisant 45 longs métrages, 10 courts métrages, 2 documentaires et 25 courts métrages documentaires. Aguirre a également écrit et produit la plupart de ses films[2],[3].
Javier Aguirre a commencé à s'intéresser au cinéma très tôt. Lorsqu'il était adolescent, il a commencé à collaborer pour des magazines de divertissement tels que Radiocinema, Film Ideal et d'autres.
En 1955, à l'âge de 20 ans environ, il fonde et dirige le club de cinéma de San Sebastián. De 1956 à 1957, Aguirre organise des cours de cinéma et des festivals du film. Durant ces années, il a également étudié à l'Instituto de Investigaciones y Experiencias Cinematográficas (IIEC). Il a travaillé comme assistant réalisateur jusqu'à ce qu'il commence à réaliser ses propres courts métrages dans les années 1960.
Javier Aguirre a été marié à l'actrice Enriqueta Carballeira de 1966 à 1977[4]. Le couple a eu une fille, Arantxa Aguirre, qui travaille également comme réalisatrice. Javier était marié à l'actrice Esperanza Roy à sa mort.