D'origine hawaïenne et de parents chinois, Jason Scott Lee s'intéresse au théâtre pendant ses études secondaires, tout en pratiquant déjà plusieurs sports. Il commence son apprentissage théâtral au Fullerton College du Comté d'Orange (Californie) et décroche à sa première audition un petit rôle dans Born in East L.A. de Cheech Marin. On peut le voir ensuite assez brièvement dans Retour vers le futur II de Robert Zemeckis.
Il s'essaye ensuite au doublage en prêtant à deux reprises sa voix au personnage du surfer David Kawena dans Lilo & Stitch (2002) et Lilo & Stitch 2 (2005). On peut également le voir dans des films comiques, en témoigne sa prestation dans Balles de feu (2007) de Ben Garant aux côtés notamment de Christopher Walken.