Maintenu dans la réduction de la marine de 1801, Biddle a servi dans la guerre de Tripoli. Il était à bord du USS Philadelphia, qui a heurté les rochers au large de Tripoli, et avec son commodore, William Bainbridge, il a été retenu emprisonné par les pirates pendant 19 mois.
Après la guerre, Biddle a exercé diverses fonctions dans le golfe du Mexique, l'Atlantique sudet la mer Méditerranée. En 1830, Biddle et le consul américain David Offly ont négocié et conclu un traité avec la Sublime Porte. Le traité à plus tard été utilisé par des diplomates américains pour réclamer des privilèges extraterritoriaux pour les citoyens des États-Unis dans l'Empire ottoman.
Expéditions en Asie
En , Biddle a dirigé les négociations du traité de Wanghia à Poon Tong (泮塘), un village à côté de Guangzhou. C'était le premier traité entre la Chine et les États-Unis.
Le , il a jeté l'ancre avec deux navires de guerre (l'USS Columbus et l'USS Vincennes) dans le canal d'Uraga à l'entrée de la baie d'Edo afin d'essayer d'ouvrir le Japon au commerce avec les États-Unis, mais échoua. Biddle demandait au Japon qu'il convienne à un traité semblable à celui qu'il venait de signer avec la Chine. Quelques jours plus tard, une jonque japonaise approcha le navire amiral de Biddle et les occupants demandèrent sa présence à bord pour lui transmettre la réponse officielle du shogunat de Tokugawa. Biddle hésita d'abord mais finit par accepter. Pendant que Biddle essayait de monter à bord du bateau japonais, il a mal compris les instructions d'un des samouraïs et a été frappé dans le dos par le garde qui a alors tiré son épée.
Biddle se retira sur son navire amiral. Les fonctionnaires japonais ont fait des excuses pour l'incident. Biddle a finalement reçu une réponse négative du shogunat car le Japon interdisait tout commerce et communication avec des nations étrangères hormis les Pays-Bas ; aussi, il fut mis au courant que toutes les affaires étrangères étaient conduites à Nagasaki et que ses bateaux devaient partir d'Uraga immédiatement. Sept ans plus tard, le commodoreMatthew Perry a réitéré la demande mais avec quatre navires de guerre. Perry connaissait la façon dont Biddle avait été reçu et il s'efforça de faire en sorte qu'il ne serait pas traité de la même manière.