En 2006, il fait partie de la sélection colombienne de cyclisme sur piste qui s'illustre sur de nombreuses compétitions continentales. En poursuite par équipes, il remporte le titre à Carthagène des Indes, lors des Jeux d'Amérique centrale et des Caraïbes[1] et au mois de novembre, lors des Jeux sud-américains. Par contre, il doit se contenter de la quatrième place aux championnats panaméricains[2]. En poursuite individuelle, il obtient la médaille d'argent au Brésil[3] et en Colombie[4]. Tandis qu'il n'obtient que le bronze à l'automne, en Argentine. À São Paulo, il s'octroie une autre médaille, en bronze, dans la course aux points[5]. À Carthagène, il est également aligné dans la course en ligne. Mais il finit cinquième, à quelques secondes de la dernière marche du podium[6].
Quelques semaines après la fin de la coupe du monde 2007-2008, il participe aux championnats du monde à Manchester. Membre de l'équipe, championne panaméricaine 2007 de poursuite, il prend part aux qualifications de cette discipline, qu'il achève à la 11e place[10]. Il s'aligne également aux qualifications de la poursuite individuelle, sans plus de résultat, puisqu'il termine 21e et est éliminé dès ce stade de la compétition[11].
En , il dispute ses premiers Jeux. Il s'aligne au départ des qualifications de la poursuite par équipes. Dix équipes sont inscrites, et malheureusement, la sélection colombienne termine dixième, à près de cinq secondes de la dernière formation qualifiée.
En , il réalise de grands championnats panaméricains. Inscrit dans trois épreuves, il y remporte autant de médailles, dont deux en or dans les disciplines de poursuite.
Jairo Pérez n'obtient aucun résultat sur la route. Seuls une deuxième place lors de la première course de l'International Cycling Classic[12] et son échappée, mis en échec à moins de deux kilomètres de l'arrivée, lors de la huitième étape du Tour de Colombie[13] sont à remarquer.
Il se consacre également à la piste, dans l'optique des Juegos Deportivos Nacionales de novembre. Le dernier week-end d'avril, il participe avec la ligue de cyclisme du département de Boyacá à la première manche des sélections pour les Jeux nationaux, qui se déroule au vélodrome Alcides Nieto Patiño de Cali[14]. À cette occasion, il remporte une médaille d'or et une d'argent. Le vendredi 27, il décroche l'or dans la course aux points[15]. En compagnie de Marvin Angarita, il prend deux tours d'avance au reste du peloton. Pérez réussit à trouver l'ouverture et s'octroie le troisième tour qui lui permet de devancer Angarita[16]. Le lendemain, associé à Robert Plazas, il décroche l'argent de la course à l'américaine. Bien que dans le même tour, ils sont devancés par Angarita et son coéquipier[15].
Mais quelques jours avant les Juegos Deportivos Nacionales, il doit déclarer forfait à la suite d'une chute sévère, sur le vélodrome de Duitama, alors qu'il participe à l'ultime manche de la Copa Colombia de Pista. Le dernier jour, et bien qu'il ait remporté la course omnium[17], il tombe pendant l'épreuve de Madison. Il est relevé avec une fracture de la clavicule, une autre à la base du crâne et le déplacement d'une vertèbre. Même s'il faut attendre l'évolution du coup reçu à la tête, le médecin affirme qu'il n'a rien de grave et n'envisage pas d'opération. Pourtant cela éloignera, le coureur, quatre ou cinq mois des pistes[18].
