Il se rendit alors clandestinement à Bruxelles près d'Antoine Arnauld et de Pasquier Quesnel. En 1690, revenu à la vie publique, il prend ses distances avec les jansénistes les plus extrêmes. À partir de 1712, il écrit sur la question de la conversion des juifs au christianisme, qui serait le signe prophétique de la rédemption prochaine de l'Église qu'il estimait alors corrompue. C'est un thème que l'on retrouvera chez les figuristes des XVIIIe et XIXe siècles.
Retiré en Savoie, il y écrivit une Institution d'un prince, traité politique à l'intention du duc héritier, qui ne fut publié qu'après sa mort, en 1739. Hostile aux Nouvelles Ecclésiastiques et aux convulsions, il poursuivit son éloignement des formes les plus extrêmes du jansénisme.
En 1764, a été publié L'Esprit de Duguet ou Précis de la morale chrétienne.
Institution d'un prince, ou traité des qualitez, des vertus et des devoirs d'un souverain, soit par rapport au gouvernement temporel de ses États, ou comme chef d'une société chrétienne, qui est nécessairement liée avec la religion, 1739. Mis à l’Index en 1742[2]. Disponible en ligne.
Explication de l'ouvrage des six jours. Disponible en ligne.
Explication de la Passion.
Bibliographie
(it) Michela Catto, « Nascondimento morale e socialità devota. Jacques-Joseph Duguet (1649-1733) e la direzione spirituale femminile » dans la Rivista di storia e letteratura religiosa, vol. 36, no 2, p. 271-292.
Paul Chételat, Étude sur Du Guet suivie d'une correspondance inédite avec la duchesse d'Épernon, d'après le document manuscrit conservé aux archives de Troyes, éd. Thorin, Paris, 1879. (Thèse de lettre)
- - -, Étude sur Du Guet suivie d'une correspondance inédite avec la duchesse d'Épernon, retirée aux Grandes carmélites, éd. Thorin, Paris, 1877, 177 p.
Goujet, Vie de Duguet, 1741. Cette biographie est reprise au début de J.-J. Duguet, Institution d'un Prince, (nouv. éd.) Nourse, Londres, 1843.
B. Neveu, art. « Duguet » dans le Dictionnaire de biographie française, Letouzey & Ané, Paris, tome 11, col. 1526-1528, 1967.
Sainte-Beuve, Port-Royal, 5e éd., Paris, tome 6, 1888, p. 3-82.
Saint-Simon, Louis de Rouvroy, Mémoires de Saint-Simon : nouvelle édition collationnée sur le manuscrit autographe, augmentée des additions de Saint-Simon au Journal de Dangeau. 8 / notes et appendices par A. de Boislisle, voir en particulier p. 81-82 (réf. de documents d'archives) & 89. Disponible en ligne sur Gallica2
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