Hecker meurt le . Ses idées ont été en partie reprises par le père John Courtney Murray, théologien jésuite américain qui eut une influence majeure durant le concile Vatican II.
Cependant, Hecker est surtout connu pour l'affaire de l'américanisme, une polémique politico-religieuse qui se développa en Europe une dizaine d'années après sa mort. Une biographie de Hecker qui reprenait ses idées provoqua une grande controverse, qui se termina par une lettre apostolique (Testem benevolentiae nostrae) du papeLéon XIII. Les adversaires de Hecker lui reprochaient d'accorder trop d'importance au droit civil américain au détriment de la « primauté du spirituel » enseignée par le pape Pie IX.