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De 1803 à 1806 il commande le Neva de la Compagnie russe d'Amérique prend part au premier voyage autour du monde d’une expédition russe menée par Krusenstern (à bord du Nadejda). Partis de Kronstadt l’expédition se scinde à Hawaï, Lissianski se dirigeant alors vers la Russie d’Amérique. Pour ses découvertes, Lissianski reçoit l’ordre de Saint-Vladimir de 3e classe.