Inti Pestoni a effectué toute sa carrière junior avec le HC Ambrì-Piotta, club de la ville dans laquelle il est né. Il représente la Suisse lors du championnat du monde moins de 18 ans 2009. Il s'est hissé dans la première équipe, qui évolue dans la LNA, lors de la saison 2009-2010, au terme de laquelle il aura inscrit 2 buts en 17 rencontres. Lors de la saison suivante, promu en première ligne du club tessinois[1], il inscrit 27 points en 42 rencontres, terminant ainsi meilleur pointeur de son équipe[2]. Il dispute également le championnat du monde junior 2011, au cours duquel il inscrit 7 points en 6 matchs. À la fin de la saison, il est élu révélation de l'année par les entraîneurs et les capitaines des clubs de LNA[3]. Au cours de la saison 2010-2011, il s'entend pour trois nouvelles années avec le club tessinois. Durant la saison 2014-2015, il est appelé à rejoindre le Genève-Servette HC pendant la Coupe Spengler comme renfort. Au début de la saison 2016-2017, il est repêché par les ZSC Lions pour une année minimum.