Après un séjour au Brésil, il émigre aux États-Unis[1] où il devient le directeur du Wistar Instituteen 1957, poste qu'il occupe jusqu'en 1991[2]. C'est là qu'il met au point le vaccin anti-polio qui le rend célèbre. Ses travaux portent sur les virus atténués, plus efficaces que les virus inactivés car ils fournissent une immunité plus longue et pénètrent directement dans le système digestif. De plus, la vaccination se fait par voie orale tandis que la vaccination contre la polio par le virus inactivé de Jonas Salk nécessite une injection et donc des moyens plus importants.
Le vaccin oral de Koprowski est testé pour la première fois le aux États-Unis avec succès sur une vingtaine d'enfants. À la suite de ce premier succès, une course de vitesse s'engage avec Albert Sabin pour l'obtention de souches atténuées. Koprowski fournit des échantillons de ses virus atténués à Sabin sans rien obtenir de ce dernier, ce qui est la cause de rancœurs entre les deux hommes, d'autant plus que le vaccin sera finalement connu comme le « vaccin Sabin[3] ».