En , il quitte Bandaï-Namco et rejoint Square-Enix qui lui propose de fonder un nouveau studio dépendant de l'éditeur à l'instar de Tokyo RPG Factory (I Am Setsuna, Lost Sphear) dont Baba devient le président : Studio Istolia. Le tout premier jeu de ce nouveau studio Project Prelude Rune est en cours de développement
Malheureusement, en , Hideo Baba quitte Square-Enix et son studio sans même avoir lancé son premier jeu[3]. Ce départ fait sans doute écho à celui de Hajime Tabata survenu il y a quelques mois.
Project Prelude Rune (Playstation 4) : projet annulé en avec l'annonce de la fermeture du studio à la suite du départ de Hideo Baba en fin d'année 2018.