En Westerhoff écrit au sujet d'une découverte de magainine dans xenopus laevis qui aide à lutter contre les bactéries et qu'il découvre avec ses collègues[6]. En lui et son groupe découvrent un oxyde nitrique réductase de Paracoccus denitrificans[7]. En 2000 lui et Martin Bier, avec Barbara Bakker découvrent que des cellules de levure peuvent avoir des oscillations glycolytiques et fusionner avec d'autres dans certains cas parce qu'elles obtiennent un regain d'énergie à partir du glycolyse[8],[9]. En 2013, il étudie des cartes du métabolisme humain et en sort avec sa carte biochimique[10]
↑H. V. Westerhoff, M. Zasloff, J. L. Rosner et R. W. Hendler, « Functional Synergism of the Magainins PGLa and Magainin-2 in Escherichia coli, Tumor Cells and Liposomes », European Journal of Biochemistry, vol. 228, no 2, , p. 257 (DOI10.1111/j.1432-1033.1995.0257n.x)
↑A. P. N. Boer, J. Oost, W. N. M. Reijnders et H. V. Westerhoff, « Mutational Analysis of the nor Gene Cluster which Encodes Nitric-Oxide Reductase from Paracoccus denitrificans », European Journal of Biochemistry, vol. 242, no 3, , p. 592 (DOI10.1111/j.1432-1033.1996.0592r.x)
↑Bier, B. M. Bakker et H. V. Westerhoff, « How yeast cells synchronize their glycolytic oscillations: A perturbation analytic treatment », Biophysical Journal, vol. 78, no 3, , p. 1087–93 (PMID10692299, PMCID1300712, DOI10.1016/S0006-3495(00)76667-7)
↑M. J. Herrgård, N. Swainston, P. Dobson et W. B. Dunn, « A consensus yeast metabolic network reconstruction obtained from a community approach to systems biology », Nature Biotechnology, vol. 26, no 10, , p. 1155–1160 (PMID18846089, PMCID4018421, DOI10.1038/nbt1492)