Son livre Mort d'un collabo[2] relate le procès au cours duquel Maurice Garçon assura en 1943 devant le tribunal d’État la défense de cinq jeunes résistants, accusés de l'assassinat du docteur Guerin, un médecin collaborationniste poitevin (Affaire des cinq étudiants de Poitiers).
Grâce à l'étude de nouvelles archives, sa biographie de Pierre Pucheu a fortement nuancé le jugement habituellement porté sur ce personnage jugé à Alger en mars 1944, condamné à mort et fusillé. L'ouvrage est cependant critiqué par l'historienne Annie Lacroix-Riz, qui a évoqué, dans Le Monde diplomatique un « violent réquisitoire contre le Parti communiste » témoignant de la « banalisation de la réhabilitation de Vichy et de la criminalisation du communisme »[3].
Gilles Antonowicz est membre de l'association Pour une Histoire Scientifique et Critique de l'Occupation (HSCO) fondée par Jean-Marc Berlière qui en préside le comité d'éthique.[réf. nécessaire]
Il a également été l'avocat de la jeune fille utilisée comme « appât » dans l'affaire dite du « Gang des Barbares ». Revenant sur ce dossier, son livre sur l'affaire Halimi répond, selon Philippe Bilger, avocat général au procès, « à toutes les questions, démolit les idées fausses et, avec une parfaite honnêteté, scrute et analyse les noirceurs et les mystères de cette épouvantable affaire ».
Proche du comédien Christian Marin, il a écrit en sa compagnie les « Mémoires d’un chevalier du ciel » qui retracent la carrière de celui qui incarna, entre autres, le personnage du lieutenant Ernest Laverdure.
Défendre ! Jacques Isorni, l'avocat de tous les combats, édition revue, annotée et augmentée, Marges de manœuvre, 2016, (ISBN978-2955739907)
L'énigme Pierre Pucheu, 2018. Biographie. Editions Nouveau Monde, (ISBN978-2369427261)
Le Procès de Robert B., pièce de théâtre en trois actes, Editions Marges de manœuvre, 2018 (ISBN978-1518456312)
Maurice Garçon, Les Procès historiques, Les Belles lettres, 2019, (ISBN978-2-251-44928-9)
Maître Maurice Garçon, artiste, préface de François Sureau, Seghers, 2021 (ISBN2232145263)[6],[7]
Isorni, Les Procès historiques, Les Belles lettres, 2021, (ISBN2251452338)[8]
La Fabrique des innocents - L'affaire Mis et Thiennot, histoire d'une manipulation médiatique, (avec Isabelle Marin), Les Belles lettres, 2022, (ISBN978-2-251-45292-0)[9]