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En 1971 il soutient une thèse de théologie, intitulée Die Himmelfahrt Jesu. Untersuchungen zu den Himmelfahrts- und Erhöhungstexten bei Lukas, à l'Université de Würzburg et obtient son habilitation universitaire en 1973.
En 1973, il est nommé conseiller scientifique et professeur de Nouveau Testament au Département de théologie catholique de l'Université Eberhard Karl de Tübingen. En 1979/1980, en tant que vice-doyen de la faculté de théologie, il a été impliqué dans la dispute ecclésiastique au sujet de Hans Küng, qu'il avait d'abord soutenu, avant de le désavouer publiquement (notamment dans la FAZ ) après son exclusion de la faculté[2].
En 1987, il a pris sa retraite afin de pouvoir vivre et travailler dans la Communauté Catholique d'intégration.
À partir de 2008, Gerhard Lohfink a travaillé à la « Chaire de théologie du peuple de Dieu » de l'Université pontificale du Latran.
Ses principaux intérêts de recherche sont l'ecclésiologie et l'eschatologie. Il soutient notamment la thèse selon laquelle : « le service le plus important et le plus irremplaçable que les chrétiens puissent rendre à la société, c'est tout simplement de constituer vraiment l'Église[3] »
avec Ludwig Weimer : Maria – nicht ohne Israel. Eine neue Sicht der Lehre von der unbefleckten Empfängnis, Herder, Fribourg-en-Brisgau 2008 ; 2e édition 2012, (ISBN978-3-451-34139-7).
Welche Argumente hat der neue Atheismus? Eine kritische Auseinandersetzung. Urfeld, Bad Tölz 2008, (ISBN978-3-932857-33-1).
Der letzte Tag Jesu. Was bei der Passion wirklich geschah Verlag Katholisches Bibelwerk, Stuttgart 2009, 5e édition 2018, (ISBN978-3-460-33179-2).
Beten schenkt Heimat. Theologie und Praxis des christlichen Gebets. Herder, Fribourg-en-Brisgau 2010, 5e édition 2013, (ISBN978-3-451-33052-0).
Jesus von Nazareth. Was er wollte, wer er war Herder, Fribourg-en-Brisgau 2011, 7e édition 2018, (ISBN978-3-451-34095-6).
Gegen die Verharmlosung Jesu. Reden über Jesus und die Kirche Herder, Fribourg-en-Brisgau 2013 e-book – 4e édition 2014, (ISBN978-3-451-34561-6).
Der neue Atheismus. Eine kritische Auseinandersetzung Verlag Katholisches Bibelwerk, Stuttgart 2014, (ISBN978-3-460-30031-6).
Auf der Erde – wo sonst? Unangepasstes über Gott und die Welt. Verlag Katholisches Bibelwerk, Stuttgart 2015, (ISBN978-3-460-30033-0).
Im Ringen um die Vernunft. Reden über Israel, die Kirche und die Europäische Aufklärung Herder, Fribourg-en-Brisgau 2016, (ISBN978-3-451-31239-7).
Am Ende das Nichts? Über Auferstehung und ewiges Leben Herder, Fribourg-en-Brisgau 2017, 5e édition 2018, (ISBN978-3-451-31104-8).
Der christliche Glaube erklärt in 50 Briefen, Verlag Herder, Fribourg-en-Brisgau, 2018, (ISBN978-3-451-34795-5).
Das Geheimnis des Galiläers – Ein Nachtgespräch über Jesus von Nazaret, Verlag Herder, Fribourg-en-Brisgau 2019, (ISBN978-3-451-38270-3).
Die vierzig Gleichnisse Jesu, Verlag Herder, Fribourg-en-Brisgau 2020, (ISBN978-3-451-38670-1)
Ausgespannt zwischen Himmel und Erde – Große Bibeltexte neu erkundet, Verlag Herder, Fribourg-en-Brisgau 2021, (ISBN978-3-451-38810-1), e-book (PDF) (ISBN978-3-451-82810-2)