Du jusqu'au , les trains au départ de la gare de Malesherbes ne desservaient plus la partie nord de la ligne D et étaient à destination de la gare de Châtelet - Les Halles ou de Paris-Gare-de-Lyon.
À partir du 9 décembre 2018, les trains desservant la branche de Malesherbes sont de nouveau limités, cette fois-ci à Juvisy (plus au sud).
En 2018, selon les estimations de la SNCF, la fréquentation annuelle de la gare est de 476 200 voyageurs, nombre arrondi à la centaine la plus proche[2].
Services voyageurs
Accueil
Gare SNCF du réseau Transilien[3], elle dispose de son bâtiment voyageurs historique ouvert tous les jours. La gare a un quai latéral du côté du bâtiment de la gare donnant accès à la voie A et un quai central donnant accès aux voies B et C.
La gare est desservie par les trains de la ligne D du RER, dont elle est un des terminus sud (D4).
Les trains à destination de Malesherbes ont un code mission commençant par la lettre B (BOVO). Les trains à destination de Juvisy ont un code mission commençant par un J (JOVA).
Du lundi au vendredi, la gare est desservie aux heures de pointe par un train par quart d’heure et par sens. Aux heures creuses, la desserte est d'un train toutes les heures.