Lors de l'ouverture de la section de Paris à Tonnerre de la ligne de Paris à Lyon, le , il n'y a pas de station à Champigny ; il faudra attendre 1867 pour voir sa création[réf. nécessaire].
Le , vers 8 h 30, un train omnibus mixte marchandises-voyageurs Marseille-Paris déraille entre Champigny-sur-Yonne et Pont-sur-Yonne. L'accident est dû à une rupture d'essieu sur un wagon chargé de fonte intercalé entre les voitures de voyageurs. Il fait 11 morts et de nombreux blessés[1].
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Halte SNCF, c'est un point d'arrêt non géré (PANG) à entrée libre. Elle est équipée d'un distributeur automatique de billets TER[2].