FreeFileSync fonctionne en comparant le contenu d'un ou plusieurs dossiers, à l'aide de la date, de la taille ou du contenu des fichiers à synchroniser.
Versions
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Depuis la version 7.2 sortie en , le logiciel autorise la synchronisation par SFTP (SSH File Transfer Protocol).
Depuis la version 10.0 sortie en , l'installateur ne contient plus d'adware.
Depuis la version 10.8 sortie en janvier 2019, il est possible de synchroniser avec Google Drive.
La version 10.20 sortie en février 2020 introduit les notifications par email.
Avec la version 13.0 sortie en septembre 2023, le multi-renommage est possible ainsi que de nouvelles façons de synchroniser les fichiers en fonction des modifications.