Il mène notamment une expédition pour trouver les restes de l'expédition Franklin entre 1878 et 1880. Voyageant depuis la baie d'Hudson, sur la goélette Eothen, Schwatka, rassemble une équipe qui comprend les Inuits qui avaient aidé Charles Francis Hall, continue vers le nord à pied et à traîneaux à chiens, en interrogeant les Inuits, visitant les sites connus ou probables où les membres de l'expédition Franklin avaient été, et hivernant sur l'île du Roi-Guillaume.