En tant qu'attaquant, Francesco Pernigo fut international italien à deux reprises (1948) pour 5 buts.
Ses deux sélections furent durant les Jeux olympiques de 1948. Il joua deux matchs dans le tournoi (États-Unis et Danemark). Il inscrivit pour sa première sélection 4 buts (2e, 57e, 88e et 90e) et inscrivit un but contre le Danemark (but à la 81e minute). L'Italie fut éliminée en quarts de finale.