François Rothen étudie la physique à l'Université de Lausanne, où il obtient successivement une licence puis un doctorat[1]. Sa thèse intitulée Supraconductivité et potentiels électromagnétiques est publiée en 1967[3]. Après un stage à l'Université de Marburg (Allemagne), il revient à l'Institut de physique expérimentale de l'Université de Lausanne où il est nommé professeur ordinaire en 1975.
Dès lors, il accomplit de fréquents séjours à l’Université de Paris-Sud, centre d’Orsay. Ses recherches ont successivement pour objet la supraconductivité, les cristaux liquides et l'étude de la morphogenèse. Il s'intéresse depuis toujours à l'astronomie et à l'histoire des sciences. Il prend sa retraite en 2001 et se consacre à l'écriture d'ouvrages de vulgarisation et d'histoire des sciences, comme Surprenante gravité paru en 2009.
En 2009, François Rothen fait paraître aux Éditions L'Âge d'Homme un premier roman Les Jumeaux de Neptune.
Les combats de la science - Racisme, créationnisme, spécisme, pensée magique... 500 ans de lutte contre l'obscurantisme, Lausanne, EPFL Press, 2022, 288 p.