La compagnie aérienne obtient son certificat d'opérateur aérien en [1] et commence ses premiers vols réguliers en avec comme premières destinations Antalya, Héraklion et Rhodes[3]. En 2019, FlyOne lance une plateforme de planification de voyage en collaboration avec GoQuo[4][source insuffisante].
À la suite de l'invasion de l'Ukraine par la Russie en 2022 le l'autorité de l'aviation civile de la République de Moldavie « interdit, à partir du , aux compagnies nationales d’effectuer des vols dans l'espace aérien de la Russie »[5].