Le 23 janvier 2012, après 15 défaites en 17 matches, il est renvoyé des Wizards de Washington[2] et avoue deux jours plus tard qu'il n'aurait pas pu réussir dans cette équipe[3].
En mai 2012, le propriétaire des Timberwolves du Minnesota se cherche un successeur[4] et, en mars 2013, Saunders se montre intéressé par le rachat de la franchise[5]. En mai 2013, il remplace David Kahn au poste de général manager des Timberwolves du Minnesota[6],[7]. Quelques jours plus tard, il remplace la cellule de recrutement des Timberwolves représentée par Pete Philo pour le scouting international, Curtis Crawford pour la partie américaine, et Will Conroy[8].
En juin 2014, alors qu'il disait ne pas se voir coach des Timberwolves du Minnesota[9], il remplace Rick Adelman au poste d'entraîneur pour la saison 2014-2015[10].
Le 11 août 2015, les Wolves annoncent que Saunders est atteint d'un lymphome de Hodgkin et ne pourra pas assurer son rôle d'entraîneur au début de la saison 2015-16[11]. Il est remplacé par Sam Mitchell[12]. Le 25 octobre 2015, il meurt de ce cancer à l'âge de 60 ans[13].