Fenaroli a reçu les rudiments de musique de son père, qui a servi comme maître de chapelle à la basilique de Lanciano. Après la mort de ce dernier, il a décidé de poursuivre ses études musicales, puis est allé à Naples. Il est entré au Conservatoire de Santa Maria di Loreto, et est devenu un élève de Francesco Durante et Pietro Antonio Gallo.
En 1762, il est devenu vice-maître de chapelle de l'Institut et en suite, il a été nommé maître de chapelle titulaire en 1777. En 1768, il a écrit une cantate pour l'anniversaire du roi de Naples, Ferdinand Ier.
Au cours de son activité de directeur, il a effectué de nombreux changements dans l'organisation des institutions de la musique napolitaine. Après la fermeture en 1744 du Conservatoire dei Poveri di Gesù Cristo, ne restaient actifs que trois conservatoires à Naples: celui de Sant'Onofrio a Capuana, celui de Santa Maria della Pietà dei Turchini et celui de Santa Maria di Loreto. En 1797, Fenaroli a pris part à l'opération d'unification des Conservatoires de Santa Maria di Loreto et de Sant'Onofrio a Capuana. En 1807, cependant, il a collaboré à la fusion de cette dernière institution avec celle de Santa Maria de la Pietà dei Turchini, de laquelle est né le Collège Royal de Musique (Conservatoire de San Pietro a Majella d'aujourd'hui). Cette réorganisation a été ordonnée par Joseph Bonaparte. Fenaroli a ensuite pris la direction de la nouvelle école ensemble avec Giovanni Paisiello et Giacomo Tritto, avec lesquels il s'est occupé essentiellement de réorganiser les programmes. À côté de ce poste, il a gardé son poste précédent de professeur de contrepoint.
En 1813 est entré dans la gestion de l'institution également le compositeur Nicola Antonio Zingarelli, un élève de Fenaroli.
Fenaroli est devenu un membre de la Reale Società Borbonica et chef d'orchestre de l'« Associazione dei Cavalieri ». Il est mort le probablement atteint par un cancer.
Connu principalement pour ses activités d'enseignement, Fenaroli n'a pas négligé son travail de compositeur, écrivant une bonne quantité de musique. Son centre d'intérêt n'était pas, comme pour beaucoup d'autres compositeurs italiens contemporains, l'opéra (il en a écrit cependant quelques-uns), mais la musique sacrée. Dans la musique liturgique, il a montré un niveau élevé de compétences comme compositeur, en particulier dans l'utilisation du contrepoint.
Il a écrit plusieurs traités sur la musique, qui ont été beaucoup utilisés au cours du XIXe siècle, mais qui ont été abandonnés dans les années 1860 en faveur des méthodes d'enseignement modernes.
Le théâtre de Lanciano porte son nom.
Œuvres
Opéras
L'année et la ville font référence à la première représentation.
I due sediarii (opera buffa, livret de Pasquale Mililotti, 1759, Naples)
La disfatta degli Amaleciti (opera seria, 1780, Chieti)
Œuvres sacrées
Oratorios
L'année et la ville font référence à la première représentation.
