Fatoumata a étudie les lettres à l'Université de Conakry de 1980 à 1985, des formations complémentaires ont concerné la gestion du crédit en 1991 et le droit diplomatique 1993.
De 1989 à 2000, elle a travaillé comme chargée de recherche à l'annuaire national de la coopération. En 1999, elle a étudié la gestion de projet à l'Atlanta Management Institute à Atlanta aux États-Unis. Baldé a ensuite rejoint le ministère guinéen de la coopération internationale en 2000 et y a travaillé comme chef du département de coordination de l'aide extérieure jusqu'en 2006.
En 2001, elle étudie le leadership et la gestion des ressources financières au Washington International Management Institute à Washington, DC. Elle devient ensuite chef du département des partenariats, des financements innovants et de la coordination des soutiens au sein du ministère de 2006 à 2010. En 2010, elle assume le rôle de conseillère du président pour la coopération internationale. En février 2014, elle devient ministre de la coopération internationale.