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Ernesto Ruffini étudie à Mantoue, à Milan et à Rome. Après son ordination, il est professeur de sciences bibliques au séminaire de la propagande de Rome, où il a parmi ses élèves le futur cardinal Ottaviani[1], et à l'athénée De Propaganda Fide à Rome.
Il est nommé archevêque de Palerme le 11 octobre 1945 et consacré évêque le 8 décembre de la même année[2]. Le pape Pie XII le crée cardinal lors du consistoire du [1]. Il fait son entrée en grande pompe dans la ville le 31 mars, dans une calèche tirée par six chevaux[2].
Le cardinal Ruffini est administrateur apostolique de l'éparchie de Piana degli Albanesi, administrateur apostolique sede vacante de Trapani en 1947 et administrateur sede vacante de Mazara del Vallo en 1950.
Ruffini fait l'objet de multiples controverses sur son engagement politique très affiché qui lui vaut le surnom de « roi des Deux-Siciles », dominant le profane comme le sacré. Monarchiste, il soutient le maintien de la royauté lors du référendum de 1946 et doit prévenir les débordements des séparatistes. Il garantit l'essor de la Démocratie Chrétienne, en s'opposant à l'activisme de Danilo Dolci dont il réfute l'idée d'un abandon de la Sicile par les autorités[1], ou en lançant l'anathème contre la dissidence de Silvio Milazzo. Il lui est également reproché une attitude complice face à la mafia, allant plusieurs fois jusqu'à nier son existence en Sicile (déclarant notamment : « La mafia, qu'est-ce que c'est ? Une marque de fromage ou une invention des communistes ? »[3] ou en écrivant en 1963 au secrétaire d’État Angelo Dell'Acqua que la mafia n'est pas une association organisée mais des crimes de droit commun[2]).