Il étudie la philologie et l'archéologie à l'Université de Berlin puis à l'Université de Bonn et voyage en Italie (1855-1857). En 1859, il s'installe à Berlin où il devient professeur de philologie et d'épigraphie latines (1863).
Dès 1860, il fait plusieurs missions en Espagne et au Portugal et devient spécialiste de l'épigraphie romaine de la péninsule Ibérique. Theodor Mommsen le charge de relever les inscriptions romaines d'Espagne et du Portugal pour le deuxième volume du Corpus Inscriptionum Latinarum.
Tenant des rubriques dans les revues Hermes. Zeitschrift für Klassische Philologie (1866-1881) et Archaeologische Zeitung de Berlin (1862-1873), en 1888, il est récompensé par le prix Martorell remis par la mairie de Barcelone pour son Arqueologia de Espana.
Travaux
Quaestiones onomatologicae Latinae, 1854
De senatus populique Romani actis, 1859
Antichità della Spagna II Tarragona, in Bulletin dell'Instituto di Corresondenza Archaeologica, 1860
Epigraphische Reiseberichte aus Spanien une Portugal, 1861
Die antiken Bildwerke in Madrid, 1862
Inscriptiones Hispaniae Latinae, 1869
Inscriptiones Britanniae christianae, 1873
Grundriss zu Vorlesungen über die Geschichte und Encyklopädie der classischen Philologie, 1877
Arqueologia de Espana, 1888
Monumenta lingua Iberica, 1893
Römische Herrschaft in Westeuropa, 1890
Bibliographie
P. Le Roux, E. Hübner oule métier d'épigraphiste, in Épigraphie hispanique. Problèmes de méthode et d'édition, Université de Bordeaux, 1984, p. 17-31
Eve Gran-Aymerich, Les chercheurs de passé, Éditions du CNRS, 2007, p. 881-882
Armin Stylow(de): Von Emil Hübner zur Neuauflage von CIL II. Anhang: Zu einer neuen Pales-Inschrift aus Mirobriga. In: Madrider Mitteilungen 36, 1995, S. 17–29
Stefan Heid: Art. Emil Hübner, in: Stefan Heid, Martin Dennert (Hrsg.): Personenlexikon zur Christlichen Archäologie. Forscher und Persönlichkeiten vom 16. bis zum 21. Jahrhundert, Schnell & Steiner, Regensburg 2012, Bd. 1, S. 663–664 (ISBN978-3-7954-2620-0)
