Discussion Projet:Mycologie/archive4

Cette page de discussion est une archive.

Pour intervenir sur les discussions actuelles ou pour en lancer une nouvelle, allez sur la page de discussion actuelle.

Oomycetes et myxomycetes

Rappels techniques :
même si ils ont été créés sur ce « modèle », le champs règne des taxobox n'est pas un règne mais un regroupement thématique. Les effets de ce regroupement sont :

  • un jeu de couleur (possiblement) distinct des autres règnes
  • le choix de la convention typographique (actuellement type "animal" ou type "végétal")
  • le choix d'afficher automatiquement un premier élément de classification ou pas, et lequel (exemple : règne=animal → Règne Animalia)

Créer un nouveau règne n'est pas très compliqué. Toutefois ce n'est pas non plus une opération anodine.

Les règnes actuels sont : algue (Eukaryota), animal (Animalia), archaea (Archaea), bactérie (Bacteria), champignon (Fungi), protiste (Protista), végétal (Plantae), virus (Virus), eucaryote (Eukaryota), procaryote (Procaryote), neutre, test.

— Le message qui précède, non signé, a été déposé par Hexasoft (discuter)

Erreur monumentale

La question préalable est : sommes-nous dans l’erreur quand nous utilisons une couleur différente dans la boite de taxinomie pour distinguer les champignons d’autres organismes très éloignés mais d’apparence similaire ? — Le message qui précède, non signé, a été déposé par Pinof (discuter)

De quels autres organismes parles-tu ? TED 13 mai 2013 à 11:03 (CEST)
Des oomycètes et des myxomycètes. --Pinof (d) 13 mai 2013 à 12:16 (CEST)
Les Oomycètes et es Myxomycètes étant des champignons, tu proposes (si je t’ai bien compris) de distinguer les champignons des champignons ? C’est parfaitement inutile à mon avis. TED 13 mai 2013 à 22:50 (CEST)
Pour être plus clair je reformulerais la question. Peut-on parler d'erreur monumentale lorsque l'on utilise une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ? Il ne s'agit pas d'erreur, on utilise simplement des couleurs différentes pour distinguer des groupes très éloignés. Les Oomycètes et les Myxomycètes ne sont pas des champignons, mais c'est un autre débat qui peut-être mené ailleurs si besoin. Il n'y a pas d'urgence à effacer de l'espace encyclopédique des informations fausses, je continue donc la discussion plus bas. --Pinof (d) 14 mai 2013 à 13:12 (CEST)
Pourrais-tu préciser : « Les Oomycètes et les Myxomycètes ne sont pas des champignons[réf. nécessaire] » ?
Les Oomycètes et les Myxomycètes sont des champignons. Cf. toutes les références que j’ai déjà données sur ta pdd :
Ce n’est pas un autre débat, et c’est justement tout le problème : tu confonds deux choses différentes : champignon et Fungi. Et il y a pour moi une urgence : reclasser en dehors des protistes, les organismes que tu a mis comme protistes alors qu’il ne l’ont jamais été. TED 14 mai 2013 à 15:28 (CEST)
Les champignons se définissent comme étant des eucaryotes se nourrissant par osmotrophie. A ce titre, les eumycètes ("fungi" ou vrais champignons) ainsi que les pseudomycètes (anciennement oomycètes) sont des champignons. En revanche les myxomycètes sont des amibes se nourrissant par phagotrophie. Ce ne sont donc pas des champignons. D'un point de vue évolutif, les myxomycètes sont également bien distinct des autres groupes d'eucaryotes. Pierre

Pour mémoire, je te te rapelle que je t'avais répondu « Que les bases de données de mycologie du fait de l'histoire recensent des organismes très différents est un fait. Par ailleurs les codes de nomenclature ne peuvent pas être des références pour la classification. Ce n'est pas parce qu'un code de nomenclature exclut les clostridies de son champ que les clostridies ne peuvent pas être des champignons. Que l'on utilise toujours des fongicides pour traiter le mildiou ou que quelqu'un qui étudie les oomycètes soit toujours appelé mycologue est vrai mais les oomycètes ou les myxomycètes ne peuvent plus être classés comme champignon au moins dans la boite de taxonomie qui est censée représenter la réalité de la classification telle qu'on la voit aujourd'hui. On peut toujours se raccrocher dans le texte à une notion de champignon au sens ancien, au sens large ou au sens écologique mais la classification telle qu'elle apparait dans la boite de taxonomie n'est pas une simple convention, c'est d'abord le reflet de la connaissance actuelle. Le portail de la mycologie a jusqu'à présent retenu les grandes divisions des champignons, les oomycètes n'y apparaissent pas. Tu peux changer les choses et imposer une nouvelle règle interne qui dit que les oomycètes sont des champignons et doivent apparaitre en bleu. Propose la dans le projet mycologie, je participerai au débat mais cela me semble une démarche bien contreproductive. --Pinof (d) 3 mai 2013 à 08:10 (CEST) » Mes propos sont restés sans réponse et tu as choisi ce moment pour lancer une requête aux administrateurs. Si

Je ne confond pas champignon qui effectivement est un terme vernaculaire où l'on observe des variations dans l'usage et le règne des fongi qui est bien défini[1].

La question demeure : « Peut-on parler d'erreur monumentale lorsque l'on utilise une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ? ». Quand on distingue les fungi et les oomycètes par des couleurs différentes, on n'affirme pas que les oomycètes sont des protistes et on n'impose pas non plus, une vision particulière de ce que devrait être les contours du mot champignon. Tu l'a suffisamment fait remarquer les codes n'apparaissent pas aux yeux du lecteur.--Pinof (d) 15 mai 2013 à 10:20 (CEST)

Références :

  1. ↑ D.S. Hibbett, et al., « A higher-level phylogenetic classification of the Fungi », Mycological Research, vol. III, no 5 (2007), p. 509-547. [PDF] Lire.
Les champignons sont par définition des eucaryotes, donc il est normal que les bactéries en soient exclues.
Pourrais-tu préciser : « la boite de taxonomie qui est censée représenter la réalité de la classification telle qu'on la voit aujourd'hui[réf. nécessaire] » ? Le consensus qui s’est dégagé de toutes les nombreuses discussions sur le sujet sur le café des biologistes, c’est exactement le contraire, de façon très résumée : abandon du projet de cladobox, et les taxobox sont des boîtes de taxinomie en accord avec les codes de nomenclature, et ne reflètent pas la phylogénie (trop changeante dans certains domaines).
Je n’impose aucune nouvelle règle : il en a toujours été ainsi, et c’est toi qui cherche à imposer ton point de vue.
Le portail:mycologie a été créé à l’origine par une personne qui n’a jamais contribué sur les champignons, et malheureusement sans aucune discussion avec le projet, ni aucune discussion sur le contenu du portail, ni avec les contributeurs réguliers dans le domaine de la mycologie, et ce portail comporte de nombreuses erreurs. Jplm a fait un travail énorme pour améliorer ce portail, mais ce n’est pas fini, et cela mériterait qu’on s’y attèle. La question a déjà été soulevée ici (absence des Oomycètes et des Lichens, ces derniers ayant été ajoutés par la suite à part…), mais n’a pas été suivi d’effet. À moins que tu ne considères aussi que les lichens ne doivent pas être traités par le Portail:Mycologie ?
Quel rapport entre la référence que tu fournis (sur le règne monophylétique des Fungi) et le fait que les champignons contiennent d’autres organismes que les Fungi ? La couleur concerne tous les champignons, organismes étudiés par les mycologues, et inclue donc les Oomycètes.
La réponse à ta question est : oui, c‘est une erreur : les Oomycètes ne sont pas des protistes (ni dans un sens large, ni dans un sens phylogénétique). TED 15 mai 2013 à 19:28 (CEST)
La question est « « Peut-on parler d'erreur monumentale lorsque l'on utilise une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ? » » et pas de savoir si les oomycètes sont des protistes. --Pinof (d) 15 mai 2013 à 22:04 (CEST)

Cf. suite du débat dans la section Utiliser une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ?. -- Amicalement, Salix [Converser] 7 juin 2013 à 13:18 (CEST)

Fungi

Dans l’acceptation moderne du terme champignon, les oomycetes et les myxomycetes sont exclus mais les questions d’usage sont sujettes à controverse, si l’on cherche un consensus, ne pourrions-nous pas utiliser le mot fungi pour le règne dans la boite de taxinomie ? — Le message qui précède, non signé, a été déposé par Pinof (discuter)

Pinof confond champignon et Fungi alors que les deux termes recouvrent des réalités différentes. Si les Oomycètes et Myxomycètes ne sont pas des Fungi, ce sont bien toujours des champignons. TED 13 mai 2013 à 11:02 (CEST)
Il semble effectivement sur ce point qu'une recherche sur oomycètes donne de nombreux articles (scientifiques et de vulgarisation) où il est toujours indiqué que ce sont des champignons (aquatiques). Il est bien précisé qu'ils ne sont pas considérés comme des « vrais champignons » mais plusieurs articles en français indiquent qu'ils sont étudiés par les mycologues et qu'ils sont traités dans les champignons.
Cela semble attesté d'un usage encore en cours (publications après 1980 pour les plus anciennes que j'ai vu) de traiter les oomycetes dans les mêmes articles que les « champignons », terme alors pris dans son acceptation générale, et non en tant que taxon précis.
Si division il devait y avoir ça reviendrait à changer le rôle du règne (au sens taxobox du terme) champignon qui actuellement correspond au terme vernaculaire champignon tel qu'il semble être véhiculé par diverses publications pour en faire un élément précis de classification, donc tenter de le faire cadrer avec un taxon précis.
Ceci impliquerait probablement de revoir tout ce qui est sous le terme vernaculaire pour tout remettre à plat. Cela impliquerait aussi de lever tout doute en n'utilisant pas le terme champignon, qui est vernaculaire et ne coïncide pas avec la classification. Hexasoft (discuter) 13 mai 2013 à 11:17 (CEST)
Bonjour. Ne peut-on pas avoir une taxobox "champignon" (c'est-à-dire une couleur commune correspondant à ce qui relève globalement de la mycologie) puisque les conventions typo sont communes, avec un paramètre permettant de raccrocher plus précisément le taxon concerné au groupe taxinomique approprié ? -- Amicalement, Salix [Converser] 13 mai 2013 à 11:50 (CEST)
Hmmm… Le paramètre permettant de « raccrocher plus précisément le taxon concerné au groupe taxinomique approprié » ce sont les premières lignes de la classification de la taxobox, non ? Émoticône sourire
À mon sens soit on fait plusieurs « groupes généraux » permettant de découper les « champignons » actuels en plusieurs thèmes distincts, soit on utilise un seul thème (vernaculaire) et on retrouve les autres infos dans la classification. Hexasoft (discuter) 13 mai 2013 à 12:11 (CEST)
La question est ... ne pourrions-nous pas pas utiliser le mot fungi pour le règne dans la boite de taxinomie ?--Pinof (d) 13 mai 2013 à 12:19 (CEST)
Non, c'est ta question, qui repose sur des éléments qui ne sont pas acceptés par tous. L'existant c'est : "champignon" désigne une acceptation vernaculaire/ancienne du terme, et non un groupe au sens taxinomique. Pour moi la seule question est de savoir si on veut découper ce groupe en groupes taxinomiques ou pas. S'il y a découpage se posera la question de choisir un nom pour ces nouveaux groupes (incluant l'actuel, qui ne représenterait plus la même chose).
On ne peut répondre ni oui ni non à cette question en l'état puisqu'elle implique implicitement de créer d'autres groupes pour recevoir ce qui ne pourra clairement pas être traité de « Fungi », et c'est là un débat plus large qu'un choix de mot pour un sélecteur technique dans un modèle. Hexasoft (discuter) 13 mai 2013 à 12:45 (CEST)
On peut répondre à ma question par oui ou non en effet rien ne nous empêche pour éviter les discussions stériles d'utiliser des termes qui évitent les confusions Plantae plutôt que végétal ou Fungi plutôt que champignon. L'essentiel est de ne pas faire apparaitre sous la même couleur les fungi (champignons vrais) et des organismes totalement différents. La question de la définition des protistes est une vraie question mais elle n'est pas un préalable. Il y a trois règnes d'eucaryotes qui ne prêtent pas à la controverse, les animaux, les plantes et les champignons, pour ces groupes, il n'y a pas de querelles de délimitation, si ce n'est à l'extrême marge, ce qui est très loin d'être le cas pour les groupes qui nous intéressent. Qu'il reste du flou en dehors de ces trois règnes est un fait, mais cela n'a pas à interférer ici. C'est au mycologue qu'il appartient de définir ce qui est un vrai champignon. --Pinof (d) 13 mai 2013 à 13:37 (CEST)
Encore une fois c'est une question secondaire. Appeler "animal" ou "Animalia" le champs technique d'une taxobox est sans importance. Si ce n'est qu'un renommage de ce genre c'est du cosmétique, du choix (qui ne concerne d'ailleurs que les rédacteurs, pas les lecteurs).
Appeler le champs technique "Fungi" au lieu de "champignon" pour le séparer des champignons « ancienne école » (dirons-nous) c'est décider de changer le rôle que le champs "champignon" tenait jusqu'à maintenant. C'est un choix dont la portée n'est pas juste de changer le terme. Répondre par "oui" ou par "non" c'est faire l'impasse sur déterminer ce qui ça changerait.
Le choix qui est derrière est bien de considérer (comme jusqu'à présent) qu'on utilise une convention taxobox « champignon » pour tout ce qui est derrière le terme vernaculaire « champignon » ou bien de considérer qu'on crée une convention taxobox distincte pour les éléments qui étaient sous « champignon ». Hexasoft (discuter) 13 mai 2013 à 13:55 (CEST)
Comment ont fait les anglo-saxons ?--Breugelius (d) 13 mai 2013 à 14:11 (CEST)

Appeler "animal" ou "Animalia" est de l'ordre du cosmétique parce qu’il n'y a pas d’ambigüité, il n'en est pas de même pour "Fungi" au lieu de "champignon" puisque pour certains Fungi est une notion différente de champignon. On utilisait déjà dans le projet mycologie des couleurs différentes pour distinguer les vrais champignons des organismes fongiformes non apparentés. Il n'y aura pas pas plus d'impasse maintenant qu'avant. Un petit coup d’œil rapide sur les différentes versions de Wikipédia, montre que là aussi les couleurs des boites de taxinomie des oomycètes sont différentes de celles des vrais champignons. --Pinof (d) 13 mai 2013 à 14:52 (CEST)

C'est quoi en fait le vrai problème pour toi ? La couleur commune (les allemands n'ont qu'une seule couleur pour tous les règnes) ? Le nom technique de la taxobox (invisible pour le lecteur) ? La catégorie liée ? Le fait de les inclure ou non dans le projet mycologie ? -- Amicalement, Salix [Converser] 13 mai 2013 à 15:18 (CEST)
Le vrai problème, c'est la question 1 (erreur monumentale). Pour le reste, je ne vois pas de problème ni pour l'inclusion dans le projet mycologie ni pour les catégories (même si cela pourra être l'objet d'une réflexion ultérieure). Pour le nom technique de la boite de taxinomie, ce n'est pas totalement sans importance, si ce n'est pas une indication pour le lecteur, c'en est une pour le rédacteur. Pour les couleurs tout est possible y compris la solution de la wikipédia germanophone, mais pour l'instant nous avons retenu des couleurs et elles sont porteuses d'information. Éviter la confusion entre de vrais champignons et des organismes qui n'en ont que l'apparence garde son intérêt au sein du projet mycologie. --Pinof (d) 13 mai 2013 à 17:17 (CEST)
La question 1 (« erreur monumentale ») étant une fausse question (« faut-il différencier les champignons des champignons ? »), le vrai problème est en fait un faux problème. TED 13 mai 2013 à 22:55 (CEST)
Si nous continuons à utiliser le terme ambigu de champignon alors maintenons également végétal toutes les taxobox seront vertes à l'exception des animaux y compris les virus qui font partie du règne végétal. (rire) Champignons ne sont pas un règne. Il est donc stupide d'utiliser pour valeur champignon pour un paramètre dont le nom est «règne» tout cela pour appuyer un POV d'un article bancal. De deux choses l'une soit on réforme ce paramètre pour utiliser une terme plus pertinent ou bien on le garde mais on se tient à sa définition. Et cela implique de choisir un système de classification qui se tient pas un truc bricolé. La couleur est pour indiquer le règne il y a eu un glissement sémantique digne d'un tableau Magritte auquel je ne suis pas favorable.--pixeltoo (discuter) 14 mai 2013 à 00:33 (CEST)
Le plus simple serait de changer le nom du paramètre (qui ne doit pas être beaucoup utilisé en dehors des documentations des modèles) et remplacer « règne » par autre chose. Mais je redis : tout cela est un peu inutile à mon avis, car c’est quelque chose de parfaitement invisible pour le lecteur. TED 14 mai 2013 à 01:09 (CEST)
Il n'est pas nécessaire de continuer à utiliser dans la boite le terme champignon qui peut prêter un peu à confusion, utilisons Fungi, cela clarifierais les choses. Il n'y a pas plus de raison de garder les champignons dans les végétaux que de garder les oomycètes ou les myxomycètes dans les champignons (même en utilisant les termes vernaculaires dont la signification, elle aussi évolue). Pour ce qui est des organismes non animalia, plantae, fungi il existe une couleur un peu fourre-tout celles des protistes, groupe qui pourrait être retravaillé mais il n'y a pas urgence le nom n'apparait pas aux lecteurs.--Pinof (d) 14 mai 2013 à 13:32 (CEST)
Pourrais-tu préciser : « Il n'y a pas plus de raison de garder les champignons dans les végétaux que de garder les oomycètes ou les myxomycètes dans les champignons (même en utilisant les termes vernaculaires dont la signification, elle aussi évolue).[réf. nécessaire] » ?
On peut utiliser le terme qu’on veut dans la taxobox : ce n’est pas visible (tu le dis très bien : cela n’apparaît pas) ! On peut remplacer champignon par scrogneugneu si tu veux : cela ne changera rien. La seule chose que cela change, c’est ce qu’a rappelé Hexasoft ci-dessus : les conventions différentes entre le CINZ (taxobox animal et protiste) et le CIN (taxobox végétal, algue et champignon). Et cela, c’est une raison très importante pour garder les champignons dans les végétaux et les Oomycètes et les Myxomycètes dans les champignons.
Il faudrait que tu t’appuies sur des références sérieuses, et non sur des affirmations fausses. Les protistes ne sont pas un groupe poubelle pour y caser tout ce que tu ne veux pas voir ailleurs : j’ai l’impression que tu parles des règnes comme dans la classification à 5 règnes de Whittaker en 1969, alors qu’on sait très bien aujourd’hui que cette vision simplifiée est fausse et que la réalité est bien plus complexe que cela. Et il faudrait que tu cesses d’entretenir la confusion entre champignon et Fungi qui sont deux choses différentes. TED 14 mai 2013 à 15:39 (CEST) 
On peut utiliser ce qu'on veut, certes, et, l'important c'est de ne pas mettre la même couleur pour les oomycètes et les fungi. Protiste, ce n'est pas gênant, mais on pourrait mettre aussi algue ou utiliser une couleur spécifique pour les oomycètes. Les champignons au sens strict et les fungi, c'est la même chose. Même cette référence qui date déjà d'il y a 10 ans « Une classification mycologique phylogénétique francophone (2003) » de Marc-André Selosse et Guy Durrieu dans Acta Botanica Gallica disponible sur TelaBotanica parle de champignon au sens large. De toute de façon si on utilise fungi dans la boite, il n'y a pas lieu de débattre d'une différence entre champignons et fungi. Le seul réel de problème dans l'utilisation de protiste (qui ne s'affiche pas) pour les oomycètes ou les myxomycètes, ce serait des différences typographiques gênantes. Si on trouve de tels exemples, on pourrait aviser pour choisir un autre terme pour le "règne". --Pinof (d) 14 mai 2013 à 16:48 (CEST)
Pourrais tu préciser : « Les champignons au sens strict et les fungi, c'est la même chose[réf. nécessaire] » ?
En quoi est-ce gênant d‘utiliser la même couleur pour les Oomycètes et les Fungi ? Ce sont tous des champignons ! Pourquoi faudrait-il deux couleurs pour les champignons ?
Encore une fois, tu affirmes que champignon et Fungi sont la même chose, sans référence, alors que c’est faux. Si je place des demandes de références (que tu effaces sans y répondre), ce n’est pas pour rien.
Encore une fois, tu proposes de mettre dans les protistes des organismes qui ne sont pas des protistes. Et maintenant, tu proposes même de les mettre dans les algues, alors que ce ne sont pas du tout des algues.
Les avantages de la référence que j’ai donnée : c’est un article en français (on évite l’écueil de la traduction), elle est reprise par Telabotanica : on a donc une source secondaire de qualité qui reprend cette référence. Ce serait bien si tu trouvais de telles références pour étayer tes propos. TED 14 mai 2013 à 16:55 (CEST) 
Le sens du mot champignon n'est pas figé, il suit l'évolution des connaissances, autrefois il comprenait les streptomycètes par contre les lichens n'étaient pas considérés comme des champignons. Il y a 30 ans on savait déjà que les myxomycètes n'étaient pas des champignons et pour les mildious leur nature est aussi perçu depuis plus de 20 ans. Au sein du projet mycologie les articles distinguent par des couleurs différentes les fungi et des organismes fongiformes (les myxomycètes et les oomycètes). C'est un choix qui est d'autant plus pertinent que la différences, très profonde et non controversée, n'est pas intuitive. Si on en reste au terme fungi, il y a pas lieu de gloser sur les prétendues significations du mot champignon en français mais si tu veux des références, la tienne va très bien, dès le résumé, on précise bien que l'on parle des champignons au sens large. --Pinof (d) 14 mai 2013 à 18:41 (CEST)
Au sein du projet mycologie, tous les champignons ont toujours été de la même couleur, et jamais il n’a été décidé à ma connaissance que les Fungi seraient d’une autre couleur que les autres champignons. Encore une fois, ce serait bien que tu étayes tes affirmations avec des liens, des références…
Quant à ma référence, tu ne l’as visiblement pas lue, et tu as compris le résumé de travers. Il y est dit page 8 du pdf : « L’ensemble des champignons eucaryotes reste néanmoins polyphylétique […]. Les champignons eucaryotes peuvent être découpés en six lignées monophylétiques indépendantes (Hétérocontes, Eumycètes, Mycétozoaires, Acrasiomycètes, Plasmodiophoromycètes, Ichtyosporées). » et plus loin : « Deux lignées de champignons ont une organisation typiquement fongique […] : certains hétérocontes hétérotrophes […], les Eumycètes ou Fungi […] » (NB : les Hétérocontes hétérotrophes en question étant les Oomycètes comme expliqué ensuite).
La conclusion de l’article est sans appel (page 23 du pdf) : « l’approche phylogénétique a sonné le glas des champignons en tant que taxon, car ceux-ci ne sont pas monophylétiques. » et la dernière phrase : « Les champignons représentent un ensemble d’organismes partageant une stratégie trophique et écologique semblable : ce terme, sans valeur phylogénétique, recouvre donc un constat de ressemblance, qui justifie largement d’étudier ces organismes ensemble ». Et la science qui étudie ces organismes ensemble, c’est la mycologie. TED 14 mai 2013 à 22:06 (CEST)

Non je ne penses pas avoir compris de travers les propos de de Marc-André Selosse et Guy Durrieu. Notre but est d'arriver à un consensus, pas de définir les contours du mot champignon au sens large ou au sens strict. La question qui se pose est peut-on distinguer les champignons vrais (fungi) d'autres organismes fongiformes ? Et pour cela savoir si l'usage du code protiste pose de réels difficultés et si oui voir sur des cas concrets comment surmonter le problème. --Pinof (d) 15 mai 2013 à 10:38 (CEST)

Quand tu affirmes « Au sein du projet mycologie, tous les champignons ont toujours été de la même couleur » c'est une affirmation gratuite, je suis entrain de faire le point. Effectivement, il n’a pas été explicitement décidé à ma connaissance que les Fungi seraient d’une autre couleur que les autres "champignons". La nécessité de formuler une norme n'avait visiblement pas été ressentie. --Pinof (d) 15 mai 2013 à 10:59 (CEST)

Comme on utilise le mot « champignon », mais que tu refuses de le définir comme le reste du monde, alors oui : notre problème est bien de définir le contour du mot « champignon ». Le fait même que tu utilises l’expression « champignons vrais » (que pour ma part, et comme de nombreux spécialistes en mycologie, je n’utilise jamais) montre bien que les Fungi ou Eumycètes ne sont pas les seuls champignons.
Oui, le code protiste pose problème, comme rappelé ci-dessus : cela implique des changements liés aux codes de nomenclature d’une part, et d’autre part, les organismes en question n’étant pas des protistes, c‘est une erreur sur le fond.
Non, mon affirmation n’est pas gratuite, et tu reconnais toi-même qu’il n’a jamais été décidé que les Fungi seraient d’une autre couleur que le reste des champignons. TED 15 mai 2013 à 19:50 (CEST)
La question est « ... ne pourrions-nous pas utiliser le mot fungi pour le règne dans la boite de taxinomie ? » Si nous utilisions Fungi, il n'y aurait pas de problème de définition du terme vernaculaire. C'est d'abord sur cette question que l'on doit aboutir à un consensus.
Si le terme protiste peut poser réellement des problèmes, il faut les cerner (en donnant des exemples du projet mycologie où les conventions de typographie poseraient des problèmes) mais aussi on peut aussi changer le terme.
Ton affirmation est gratuite car un examen rapide permet de constater que les boite de taxinomie du projet mycologie n'ont pas toujours utilisé la même couleur. Voir par exemple Oomycota, Phytophthora, Phytophthora infestans, Plasmopara viticola, Pythium, Saprolegnia, Aphanomyces, Aphanomyces astaci, Myxomycètes ... Le toujours n'est pas juste. Et on a pas non plus établit de règle pour fixer une seule couleur au sein du portail mycologie.--Pinof (d) 15 mai 2013 à 22:01 (CEST)
Résumé

pour ceux qui prennent le débat en route : la taxobox qui utilise le paramètre « champignon » donne un bandeau bleu "SkyBlue" (comme pour Eumycota et Fungi), et la taxobox qui utilise le paramètre « protiste » donne un bandeau jaune "khaki". L'un et l'autre termes ne correspondant plus à un groupe précis dans les classifications récentes. Une taxobox jaune est présente actuellement par exemple sur Myxomycètes (champignon à l'origine, elle est devenue protiste en 2009, ) ou Oomycota (depuis sa création en 2006). TED estime qu'il faudrait rectifier cela ([1] et [2]) car toujours étudiés par les mycologues et dépendant du CINB, mais Pinof n'est pas du même avis et a rétabli la taxobox protiste. Toute la question est donc de décider si ces taxons, étudiés par les mycologues, doivent être pris ici pour des protistes ou des champignons (corrigez si je me trompe). -- Amicalement, Salix [Converser] 15 mai 2013 à 23:09 (CEST)

Correction : la situation est bien plus complexe que cela : la première taxobox de Myxomycètes en 2008 était bien « champignon » [3] (en rouge en haut, car les modèles ont évolués, et ont été supprimés). Et la plupart des taxons concernés ont toujours eu une taxobox champignon, sans que cela ne dérange personne (jusqu’à ce que Pinof se mette à les transformer en protiste il y a 2 semaines).
Si Oomycota avait effectivement une taxobox protiste, ce n’était pas le cas pour d’autres qui avaient des taxobox champignon (comme Peronosporaceae avec une taxobox champignon depuis 2011, ou Phytophthora erythroseptica depuis 2010, avec à la création une taxobox hybride protiste/algue) ou même parfois algue (comme Phytophthora multivora, corrigé pour champignon depuis août 2012, et c‘est en voyant des champignons dans les algues que j’avais commencé à corriger).
Au passage, je découvre que c’est Pinof qui a mis le bandeau mycologie sur Oomycota !
Ma proposition : mettre des « taxobox champignon » pour tous les champignons. Éventuellement, supprimer l’affichage automatique du règne=Fungi pour éviter les confusions. TED 16 mai 2013 à 00:23 (CEST)
Qu'il y ait des flottements et que les connaissances évoluent c'est vrai. Mais il ne faut pas se servir de la complexité comme d'un écran de fumée. Je partage l'analyse de Salix. Amicalement. --Pinof (d) 16 mai 2013 à 07:49 (CEST)
Je ne me sers d’aucun écran de fumée. Je signale seulement que contrairement à ce qu’un esprit mal tourné pourrait comprendre des propos de Salix (en gros : ça a toujours été des taxobox protistes et le méchant TED veut tout changer), la situation réelle est très différente : la grande majorité des articles concernés ont toujours (ou depuis très longtemps) été avec des taxobox champignon (quelques taxobox protiste, voire algue, mais c’est une minorité, et j’ai corrigé divers articles depuis de nombreuses années sans que cela pose problème), et j’ai corrigé seulement 11 articles début mai (ainsi, tous les articles concernés avaient bien une taxobox champignon). Suite à quoi, Pinof a annulé mes modifications ainsi que modifié d’autres articles (13 en tout pour le moment, si je n’en ai pas oublié, il a continué malgré mes demandes et tentatives de discussion sur sa pdd, et il n’a arrêté seulement suite à la demande de blocage) : résultat, on se retrouve à nouveau avec une hétérogénéité dans les articles concernés.
Je re-propose d’enterriner officiellement ce qui se fait depuis de nombreuses années (et je pense que cela a déjà été discuté et validé quelque part dans les début de l’histoire des taxobox, mais je ne retrouve pas où) : mettre des « taxobox champignon » pour tous les champignons. Éventuellement, supprimer l’affichage automatique du règne=Fungi pour éviter les confusions. TED 16 mai 2013 à 12:10 (CEST)
(J'ai juste lu le résumé de Salix)
La taxobox ne concerne que la taxinomie (d'où son nom). Je ne vois donc aucune raison de laisser s'y imposer une définition non taxinomique (obsolète, si j'ai bien compris), ne serait-ce que pour la couleur. S'il le faut, changer le paramètre 'champignon' en 'fungi' pour ôter toute ambiguité pour les contributeurs. Cordialement. — PurpleHz, le 16 mai 2013 à 12:40 (CEST)
J'ai fait quelques menues retouches au résumé pour qu'on voit bien que ce n'est ni une lubie soudaine de TED, ni une légitimité absolue de Pinof, mais bien un compromis rédactionnel à trouver. -- Amicalement, Salix [Converser] 16 mai 2013 à 13:16 (CEST)
@ PurpleHz. Limiter les taxobox bleues aux Fungi parmi les « champignons » ne ferait que repousser le problème en augmentant le nombre d'articles pour lesquels se pose le problème du choix de la taxobox : tous les non-fungi deviendraient-ils automatiquement des protistes ? Sinon quoi d'autre, sans pour autant multiplier les paramètres à l'infini ? L'avantage du mot « champignons » est de coller à la notion de mycologie (donc au projet associé) l'inconvénient étant un contour flou qui génère des conflits aux frontières taxinomiques (j'ai bon là ?). -- Amicalement, Salix [Converser] 16 mai 2013 à 13:28 (CEST)
Conflit d’édition —
@Salix : merci !
@PurpleHz : tu confonds taxinomie, nomenclature et phylogénie ? La taxobox ne concerne effectivement que la taxinomie, pas la phylogénie. Si un nom de taxon ne recouvre pas un groupe monophylogénétique, ce n’est pas pour autant qu’il est obsolète et qu’il ne faut plus l’utiliser. Le terme champignon est bien utilisé (et circonscrit) par le CINB renommé en 2012 en Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes. TED 16 mai 2013 à 13:34 (CEST)
@Salix : le contour des champignons n’est pas flou : il est parfaitement défini (par le Code, par divers articles dont celui déjà cité et repris par Telabotanica, etc.). TED 16 mai 2013 à 13:36 (CEST)
Ok, mais ça ne colle à aucun règne, d'où le flou vu de chez nous Émoticône. Dans l'hypothèse où la taxobox "SkyBlue" serait limitée aux seuls Fungi, comme le propose PurpleHz, comment pourrions-nous traiter alors les exclus sans multiplier inutilement les couleurs et les paramètres ? -- Amicalement, Salix [Converser] 16 mai 2013 à 13:44 (CEST)
Trois couleurs pour les animaux, plantes et fungi, le reste des Eukaryota en une quatrième couleur. — PurpleHz, le 16 mai 2013 à 13:51 (CEST)
Tout à fait d'accord avec la proposition de PurpleHz, c'est il me semble trop complexe de vouloir aller plus loin pour l'instant.--Pinof (d) 16 mai 2013 à 14:08 (CEST)
@Salix : non, c‘est le nom de paramètre « règne des taxobox » qui est trompeur, et qu’il faudrait changer.
@PurpleHz : autant mettre tous les organismes de la même couleur, alors ! Je suis contre cette proposition. Le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes différencie justement depuis 2012 les algues, les champignons et les plantes, et nous avons les 3 « règnes des taxobox » (il faudrait un autre nom pour ce paramètre) qui correspondent ! Autant les utiliser plutôt que de régresser alors que le Code vient d’évoluer en ce sens. De plus, la proposition n’est pas réalisable techniquement (ou alors au prix de modèles très lourds) : on mélangerait dans les « taxobox eucaryotes » des organismes dépendant du CIN et d’autres dépendant du CINZ, avec des conventions différentes. TED 16 mai 2013 à 22:34 (CEST)
Pour parler clair. Mettre tous les non-fungui en vrac dans les eucaryotes poserait concrètement un problème d'italiques au dessus du genre, incompatible avec les taxons qui dépendent du CINZ. C'est bien cela ? -- Amicalement, Salix [Converser] 17 mai 2013 à 00:42 (CEST)
Plus d’autres joyeusetés comme se retrouver avec deux articles homonymes qui auraient des taxobox de la même couleur, en raison de l’indépendance des codes : une algue (ou un champignon, ou une plante) et un protiste peuvent avoir le même nom. TED 17 mai 2013 à 01:11 (CEST)
Abordons donc concrètement les questions techniques et voyons ce qui est irréalisable. Et peut-être pouvons nous montrer des exemples du portail mycologie où on visualiserait les problèmes. Si on considère les conventions d'italique comme quelque chose d'incontournable, il n'y a que deux codes donc qu'une seule bascule à rajouter si nécessaire. Pour les homonymie, ce n'est dans l'absolu pas impossible, mais ce ne serait qu'un banal cas d’homonymie comme on en rencontre par ailleurs. --Pinof (d) 17 mai 2013 à 08:56 (CEST)

Préambule du CIN :

« 8. The provisions of this Code apply to all organisms traditionally treated as algae, fungi, or plants, whether fossil or non-fossil, including blue-green algae (Cyanobacteria)[3], chytrids, oomycetes, slime moulds, and photosynthetic protists with their taxonomically related non-photosynthetic groups (but excluding Microsporidia). Provisions for the names of hybrids appear in Appendix I. » (le graissage est de moi)

Les protistes dépendent du CINZ : il n'ont pas d'italiques au dessus du genre. Les oomycètes dépendent du CIN : il doivent avoir de l'italique au dessus du genre. On ne peut donc pas mettre une taxobox protiste. Histoire d'enfoncer le clou : on ne peut pas mettre de taxobox protiste aux dinoflagellés ! Ce sont des protistes photosynthétiques, donc CIN.
L'histoire n'est pas de dire ce qui est un vrai champi (au sens traditionnel, au sens scientifique ou au sens du projet mycologie), ni ce qui est un vrai protiste : il s'agit avant tout par ce paramètre d'indiquer le choix du code de nomenclature idoine.
En un mot comme en cent, les oomycètes dépendent du CIN, pas de protiste qui tienne. Je suis de l'avis de TED, etc. Totodu74 (devesar…) 17 mai 2013 à 14:43 (CEST)

Comme l'a rappelé Hexasoft ci-dessus : Les règnes actuels sont : algue (Eukaryota), animal (Animalia), archaea (Archaea), bactérie (Bacteria), champignon (Fungi), protiste (Protista), végétal (Plantae), virus (Virus), eucaryote (Eukaryota), procaryote (Procaryote), neutre, test.
Il me semble donc que la première chose à faire est de remplacer le mot règne par un terme qui n'a aucune valeur de rang taxonomique, lequel Émoticône
Ensuite, je vois deux (ou trois) possibilités :
  1. la plus simple : conserver le terme champignons pour les taxobox bleues des Fungi, oomycètes etc.
  2. plus compliqué (sans compter que cette solution devrait sans doute être revue plus tard) : réserver le bleu pour les Fungi sensu stricto et adopter une nouvelle couleur et une nouvelle dénomination (laquelle Émoticône) pour tous les autres groupes de taxons de champignons qui dépendent du CIN (ou adopter une couleur distincte pour chacun de ces groupes, le plus complqiué à mettre en œuvre, mais peut-être le plus correct).
Cymbella (répondre) - 17 mai 2013 à 15:14 (CEST)
Pour le nom du paramètre, je propose « code » : on aurait ainsi des taxobox code algue, des taxobox code animal, des taxobox code végétal, des taxobox code champignon, etc. avec une référence d’une part aux Codes internationaux de nomenclature, et d‘autre part au code des couleurs de la charte graphique des taxobox, mais sans confusion possible avec un rang taxinomique. Il me semble qu’il suffit de corriger les pages de documentation des modèles et les pages d’aide sur les taxobox, car le nom du paramètre n’apparait pas ailleurs.
Pour le reste : je suis favorable à ta proposition 1, la plus simple, évidemment. TED 17 mai 2013 à 15:40 (CEST)
(conflit d'édition) La couleur est là pour indiquer le règne qui est notion tout à fait adaptée en mycologie, le règne des Fungi est parfaitement défini. La couleur n'est pas là pour distinguer le code de nomenclature. La taxobox concerne la taxinomie et aujourd'hui la classification est largement fondée sur la phylogénie en particulier pour les champignons. Le problème des italiques est un problème annexe qui peut facilement être réglé. Si il y a des problèmes réels, partons d'exemples concrets tirés du projet mycologie.--Pinof (d) 17 mai 2013 à 15:57 (CEST)
Conflit d’édition —
Pourrais-tu préciser « La couleur est là pour indiquer le règne[réf. nécessaire] » ?
Pourrais-tu préciser : « le règne qui est notion tout à fait adaptée en mycologie, le règne des Fungi est parfaitement défini[réf. nécessaire] »? La mycologie ne se restreint pas aux seuls Fungi, et il y a beaucoup d’autres champignons.
La couleur n’est pas là pour indiquer le règne au sens du rang taxinomique, mais pour indiquer le « règne des taxobox » dont tout le monde (sauf toi ?) sait très bien que ce n’est pas un rang taxinomique. D’où la proposition faite par plusieurs (et parfois depuis longtemps) de changer le nom du paramètre pour éviter les confusions. TED 17 mai 2013 à 16:07 (CEST) 
@Pinof : Les paramètres des taxobox ne sont pas de vrais règnes : prends algue, protiste ou eucaryote.
@ tous les autres :
  • 1. le statu quo ne me paraît pas bancal, en tout cas fortement opposé à mettre protiste (donc pas d'italiques) à quelque chose qui relève du CIN (italiques).
  • 2. Si quelqu'un a le courage de lancer un vote, la solution d'une couleur par code me paraît souhaitable : ce n'est pas la première fois que le découpage des règnes fait débat, et je pense que l'on a besoin d'un choc de simplification pour retrouver la croissance (euh, je m'égare Émoticône). Totodu74 (devesar…) 17 mai 2013 à 17:12 (CEST)
Conflit d’édition —
Si un paramètre s'appelle règne, il n'est pas illogique qu'il soit en lien avec les règnes, d'ailleurs voir ci-dessus dans cette discussion « La couleur est pour indiquer le règne il y a eu un glissement sémantique digne d'un tableau Magritte auquel je ne suis pas favorable.(pixeltoo le 14 mai) »
La mycologie prend encore en compte un certain nombre d'organismes autrefois assimilés aux champignons, mais cela n’empêche pas que le règne des fungi est une notion tout à fait adaptée en mycologie, la classification de Hibett et al. [1] est consensuelle et parle explicitement de règne. Que la notion de règne ne soit pas adapté à un portail sur les algues, je le conçois volontiers mais pour le portail mycologie distinguer les fungi des autres organismes non apparentés mais d'apparences similaires est logique et ne posent pas de problème particulier, sauf preuve du contraire mais à ce moment là il faudrait parler d'exemples concrets issu du portail. --Pinof (d) 17 mai 2013 à 17:47 (CEST)
Conflit d’édition — Se baser sur les codes plutôt que sur les règnes semble en une solution logique. Les scientifiques qui les ont adoptés ayant certainement bataillé bien plus qu'ici pour se répartir leurs billes (et nous devons éviter un découpage TI). De plus, cela faciliterait les choix rédactionnels au niveau typo et synonymies. Question : comment feraient ceux qui n'ont pas accès à ces bibles pour savoir quelle taxobox choisir ? Question subsidiaire : Liné1 peut-il adapter son précieux WBR à de tels paramètres ? -- Amicalement, Salix [Converser] 17 mai 2013 à 17:55 (CEST)

Référence :

  1. ↑ D.S. Hibbett, et al., « A higher-level phylogenetic classification of the Fungi », Mycological Research, vol. III, no 5 (2007), p. 509-547. [PDF] Lire.

La question était « Ne pourrions-nous pas utiliser le mot fungi pour le règne dans la boite de taxinomie ? », elle a été reformulée. « Toute la question est donc de décider si ces taxons, étudiés par les mycologues, doivent être pris ici pour des protistes ou des champignons ». Il faut déjà répondre aux questions posées. On peut tout faire, supprimer les couleurs ou substituer la notion de code à celle de règne, pourquoi pas mais la pratique ici était de pouvoir distinguer les fungi d'autres organismes fongiformes. Cette pratique du portail pose-t-elle un quelconque problème ? Citez au moins un exemple de champignon, où il peut y avoir une difficulté. --Pinof (d) 17 mai 2013 à 18:26 (CEST)

Tu oublies la question qui en découle immédiatement : « Dans l'hypothèse où la taxobox "SkyBlue" serait limitée aux seuls Fungi (...) comment pourrions-nous traiter alors les exclus ? », question qui peut invalider la première si on ne peut y répondre de façon satisfaisante. -- Amicalement, Salix [Converser] 17 mai 2013 à 18:45 (CEST)
Je n'oublie pas la question au contraire, c'est justement à cela que l'on essaie de répondre. La solution qui fonctionne actuellement, c'est d'utiliser comme outil protiste. Certes le terme ne recouvre plus un règne mais ce n'est pas insurmontable de même que pour algue ou eucaryote. La question est bien quelles difficultés rédhibitoire apparait quand on utilise cette méthode pour faire apparaitre Phytophthora ou Spongospora en kaki ? Par exemple quels italiques sont inacceptables ?--Pinof (d) 17 mai 2013 à 19:02 (CEST)
Euuhhh… je ne suis pas certain de ne pas mettre la zone, là. Je cherche Oomycètes : taxobox jaune. Je vois en passant qu'ils sons censés appartenir au règne des Chromalveolata. Moi, je veux bien. Je clique : Chromalveolata, taxobox verte. Pourquoi pas ? Mais on me dit aussi que mes oomycètes de départ sont des champignons. Champignon : taxobox bleue… Je commence à m'y perdre. Sauf que… Mais c'est bien sûr : jaune+vert = bleu. Tout rentre dans l'ordre. Si on veut Sourire diabolique. --Jymm (flep flep) 17 mai 2013 à 22:17 (CEST)
Sourire diabolique On se moque, on arrivera ensuite à "c'est pas simple", "on comprend pas" qui permettront d’amener on met tout en bleu ou on supprime la couleur. La couleur des Chromalveolata est une affaire pas facile mais qui nous éloigne de notre question. Le problème du portail est simplement de distinguer les eumycètes des autres "champignons".--Pinof (d) 17 mai 2013 à 22:51 (CEST)
Ce n’est pas le problème du portail, c’est la question de Pinof. Nous sommes plusieurs à avoir déjà dit que cela ne gênait pas que tous les champignons soient de la même couleur. Pourquoi veux-tu à tout pris que les Fungi soient d‘une autre couleur que les autres champignons ? Quel problème est-ce que cela pose que tous les champignons soient de la même couleur ? TED 17 mai 2013 à 22:57 (CEST) 
La différence de couleur a sa place ici parce que la taxobox concerne la taxonomie et que la couleur est un élément important pour distinguer des éléments taxonomiquement très différents. La différence de nature taxonomique est aussi grande entre un dauphin et un requin, qu'entre un ascomycète et un oomycète. Le problème est de même nature que de vouloir mélanger sous une même couleur des eucaryotes et des bactéries. Chaque portail peut avoir son appréciation. Le portail phycologie s'est engagé franchement à s'éloigner de la taxonomie au profit la notion d'algues (en gardant quand même des couleurs différentes entre ce qui est eucaryote et ce qui ne l'est pas). Vue la complexité de la taxonomie des algues, on peut comprendre le choix, la couleur ne pourrait qu'ajouter à la confusion. Pour la mycologie l'enjeu est très différent, nous avons un règne bien identifié et quelques groupes autrefois assimilés qui en ont été écartés pour des raisons taxonomiques. L'information apportée par les deux couleurs est clairement compréhensible et met en en évidence une distinction taxonomique importante qu'il serait dommage de ne plus pouvoir mettre en relief. On touche ici les vraies raisons du débat qui ne sont pas une erreur monumentale, des italiques inacceptables ou un glissement acté de la taxonomie vers les codes de nomenclature mais des questions de préférence qui peuvent être gérées différemment selon les portails. Les enjeux taxonomiques ne sont pas les même en phycologie et en mycologie.--Pinof (d) 18 mai 2013 à 08:39 (CEST)
  • « en tout cas fortement opposé à mettre protiste (donc pas d'italiques) à quelque chose qui relève du CIN (italiques) » Toto 17 mai 2013 à 17:12 - reprenant ce que j'ai détaillé plus haut en citant le CIN
  • « La solution qui fonctionne actuellement, c'est d'utiliser comme outil protiste » Pinof 17 mai 2013 à 19:02
C'est un dialogue de sourds ou je m'y trompe ? Totodu74 (devesar…) 18 mai 2013 à 12:13 (CEST)
Parlons pas dans le vide, pour Phytophthora ou Spongospora quel est le problème d'italique rédhibitoire ?
L'outil protiste est utilisé par exemple justement pour Phytophthora ou Spongospora en quoi est-ce un dialogue de sourds de le constater ? --Pinof (d) 18 mai 2013 à 12:40 (CEST)
Le problème d’italiques :
  • pour Spongospora, qui est un protiste dépendant du CINZ : il n’y a pas d’italiques pour les noms au-dessus du genre (non-compris), ce qui est normal pour un taxon régi par le CINZ, edit : comme pour Phythophtora ci-dessous, Spongophora étant bien un champignon, cf. page 10 du pdf déjà cité de l’article de Selosse et Durrieu
  • pour Phytophthora, qui est un champignon dépendant du CIN : il n’y a pas d’italiques pour les noms au-dessus du genre (non-compris), ce qui n’est pas normal pour un taxon régi par le CIN.
L’outil protiste est utilisé à tort (et non justement) pour Phytophthora qui n’est pas un protiste. C’est un dialogue de sourd dans la mesure où tu as voulu passer en force sur cet article, avec R3R alors que je t’avais prévenu sur ta pdd, et que tu as justement été bloqué pour cette attitude. TED 18 mai 2013 à 13:12 (CEST)
Le modèle "Modèle:Taxoboxoutils convention" a été modifié aujourd'hui à 13h01 par Totodu74, pour fausser le débat, on fait pas mieux. Avant la modification les taxon audessus du genre apparaissait en italique. voir dif
L'outil protiste est utilisé depuis la création de nombreux articles, on a pu le constater plus haut par les historiques. Pour Spongospora c'est TED lui même qui l'a utilisé. voir dif. C'est malvenu maintenant de détourner la question en ressortant des affaires de procédure. La requête aux administrateur appelait à un dialogue serein. --Pinof (d) 18 mai 2013 à 18:50 (CEST)
Cela ne change rien au fait que les protistes dépendent du CINZ et que les taxons au-dessus du genre ne s’écrivent pas en italiques pour Giardia, Leishmania, etc. Totodu74 n’a fait que corriger une erreur du modèle. Je ne m’étais pas rendu compte de ce problème avant que tu n’en parles. J’ai fait une erreur ci-dessus : Spongospora est bien un champignon, et je m‘en excuse (et j’ai fait aussi une erreur en corrigeant improprement la taxobox autrefois). Je corrige ci-dessus, et je résume à nouveau le problème des italiques :
  • pour Giardia, Leishmania, etc., qui sont des protistes dépendant du CINZ : il n’y a pas d’italiques pour les noms au-dessus du genre (non-compris), ce qui est normal pour un taxon régi par le CINZ,
  • pour Phytophthora et Spongospora, qui sont des champignons dépendant du CIN : il n’y a pas d’italiques pour les noms au-dessus du genre (non-compris), ce qui n’est pas normal pour un taxon régi par le CIN.
TED 18 mai 2013 à 19:58 (CEST)
Jusqu'à aujourd'hui, le fait est que Phytophthora et Spongospora était présentés correctement point de vue italique (et probablement Giardia, Leishmania de façon inadéquate mais cela n'a gêné personne). Il suffit de défaire la modification de Totodu74 pour retomber sur nos pieds. Ce serait évidement pas très élégant mais il suffit de créer un paramètre similaire à protiste avec un autre nom et le paramétrage adéquat pour que le problème soit réglé. --Pinof (d) 18 mai 2013 à 20:43 (CEST)
@Pinof : La modification faite par Totodu74 est tout à fait justifiée puisqu'elle consistait à corriger une erreur jusque là passée inaperçue. Réverter cette modification aboutirait à un affichage incorrect en italiques pour tous les autres protistes. Comme on se tue à te le répéter, c'est l'utilisation de la taxobox protiste qui est incorrecte pour les oomycètes et les myxomycètes. Pour info, au Jardin botanique national de Belgique, les myxomycètes sont étudiés par les mycologues, dans la section mycologie, avec les Fungi. Arrête de pin[of]ailler Émoticône ad nauseam sur cette question où manifestement personne ne partage ton point de vue ! - Cymbella (répondre) - 18 mai 2013 à 21:36 (CEST)
Modifier ce sur ce quoi on est entrain de discuter sans le dire, si cela ne pose pas de problème de conscience, je n'ai rien à rajouter. Bien sûr qu'il y avait une incohérence sur la convention protiste et je ne cherche pas à réverter. Merci pour le ad nauseam, c'est bien comme argument de dire que les mycologues étudient les oomycètes, on l' a dit au moins vingt fois et j'ai jamais prétendu le contraire et de même on a ici répété en boucle que le terme de protiste n'était pas adéquat, alors que je n'ai jamais contredit sur ce point. La discussion portait sur une question d'italique liée aux codes de nomenclature. Ce serait bien de ne pas faire diversion.--Pinof (d) 18 mai 2013 à 23:20 (CEST)
Si tu n’as jamais contredit que les protistes n’étaient pas adéquats pour les champignons, alors pourquoi as-tu mis « taxobox protiste » sur 13 articles concernant des champignons, ce qui t’a même valu un blocage ? Si tu es un tout petit peu de bonne foi, tu réverterais toi-même tes modifications sur ces 13 articles, qui sont restés pour le moment en l‘état (je ne peux y intervenir moi-même, car je ne souhaite pas entretenir la guerre d’édition, ou alors il faudrait qu’une tierce personne le fasse : la liste est ici). TED 19 mai 2013 à 00:08 (CEST) 

On est ici pour arriver à un consensus sur la couleur d'organisme autrefois assimilés au règne des Fungi, ce n'est pas le moment de dévier la discussion en invoquant des procédures de blocage. On peut naturellement considérer comme obsolète le terme protiste et il a le défaut de regrouper des organismes dépendant des deux codes. Protiste était utilisé comme un outil et le mot était peut-être mal choisi. Il n'empêche que jusqu'à hier, là où on utilisait la méthode 'protiste', il n'y avait pas de problème liés aux italiques pour la mycologie. Je propose que pour respecter lorsque c'est possible la valeur taxonomique des boite de taxonomie, et je ne suis pas le seul à m'être exprimé en faveur de ce point, de remplacer le mot "protiste" par deux termes qui pourraient être "eucaryote CIN" et "eucaryote CINZ", ce qui permettrait de continuer à utiliser dans la clarté les trois règnes d'eucaryote animalia, plantae et fungi qui sont reconnus et ne posent pas de problèmes. --Pinof (d) 19 mai 2013 à 08:11 (CEST)

Si les protistes suivent le code zoologiques rien ne justifie de ne pas respecter les conventions typographiques de ce groupe, c'est à ça que sert le sélecteur de « règne » (terme historique et mal choisi désormais, c'est clair). Le détourner de son rôle n'est vraiment pas une bonne idée.
Tu parles de la « couleur d'organisme autrefois assimilés au règne des Fungi » : sauf qu'actuellement il n'y a rien dans les taxobox qui traitent des « Fungi », juste un champs qui traite des « champignons », terme qui a un sens différent (ce sont les champignons au sens vernaculaire du terme). C'est la même chose par exemple que de rattacher les articles de reptiles et d'amphibiens à l'herpétologie : ces deux groupes sont distincts mais sont traités au sein d'un même sous-ensemble (bien que dans ce cas précis il n'y ait pas de problème de taxobox puisque tous sont considérés comme « animal » étant donné qu'on n'a jamais prévu de découpage taxobox à ce niveau-là).
Après découper les protistes en deux morceaux plutôt que d'utiliser le champs « champignon » pour sélectionner le bon code sur des « non-Fungi qui sont traités comme le sont les champignons » c'est pas se compliquer la vie pour rien ? Hexasoft (discuter) 19 mai 2013 à 10:13 (CEST)
Les protistes ne suivent pas plus un code qu'un autre puisque le terme regroupe des organismes dépendant des deux codes.
Cela ne pose pas de problème de rassembler des organismes taxonomiquement différents au sein d'un même portail.
Le règne a d'abord une signification taxonomique. Quand on voit un règne algue, on ne peut que constater un glissement, cela ne veut pas dire que c'est justifié partout et surtout que cela soit acté.
Il n'y a pas besoin de découper les protiste en deux pour le portail mycologie, si une complexité est requise, c'est pour traiter les protistes dans leur ensemble.
Ce qui m'inquiète le plus dans l'argumentaire précédent, c'est de laisser croire que l'on veut construire une usine à gaz. Avec ce genre de discours, on peut tout faire passer. --Pinof (d) 19 mai 2013 à 15:09 (CEST)
Tu dis « quand on voit un règne algue » : mais qui le voit ? Seuls les rédacteurs le voient, les lecteurs voient uniquement une couleur. Et encore une fois le terme « règne » n'a plus de sens depuis longtemps dans les taxobox. Si les articles considérés avaient un champs "convention taxobox=champignon" est-ce que ça poserait problème ? Car au final c'est exactement à ça que sert le champs règne actuellement : fixer les conventions thypographiques suivies, et fournir une unité de couleur à l'affichage afin que des articles relevant d'une même thématique aient des taxobox ayant une même couleur.
Je n'aurai pour ma part rien contre un renommage du champs « règne », mais dans la mesure où ça ne concerne que les rédacteurs je trouve que c'est se compliquer la vie pour rien, oui, et j'assume.
La question reste de savoir si on veut un découpage taxinomique ou un découpage thématique. Si le découpage est taxinomique il faut définir quels taxons supérieurs servent de frontière (donc ici typiquement clarifier ce qui devrait être CINZ et CIN). Si on veut un découpage thématique (qui peut d'ailleurs recouper des taxons précis) il faut définir de la même façon quels taxons supérieurs sont à l'intérieur de chaque thème.
Note : « Avec ce genre de discours, on peut tout faire passer » → avec tes « on peut tout faire passer » et autres « cela ne pose pas de problème de conscience » tu n'as de leçon à donner à personne, merci. Hexasoft (discuter) 19 mai 2013 à 16:00 (CEST)
Conflit d’édition —
Il n’y a pas de « règne algue », il y a un paramètre de taxobox algue (paramètre malencontreusement nommé « règne » mais sans lien avec Règne (biologie)). Il serait bon que tu arrêtes d’entretenir cette confusion que tu restes le seul à faire. Il a déjà été proposé de renommer ce paramètre, et depuis de nombreuses années, mais tout le monde (sauf toi apparemment) sachant bien de quoi il s’agit, il n’a jamais été jugé nécessaire de le faire.
Les protistes dépendent du CINZ, comme définis dans l’article 1.1.1 du CINZ (cf. aussi version française) : « Au regard du présent Code, le terme "animal" s’applique aux Métazoaires, ainsi qu’aux taxons de protistes lorsqu’ils sont traités comme des animaux en matière de nomenclature ». Le CIN ne parle des protistes qu’au sujet des protistes photosynthétiques (traités comme des algues), les autres étant dans les champignons, sans être qualifiés de protistes. Sur ce point aussi, il serait bien que tu cesses d’asséner des contre-vérités. TED 19 mai 2013 à 16:06 (CEST) 
Il y a des protistes gérés par les deux codes même si, lorsqu'on crée la notion de règne algue et de règne champignon, on s'en sort pour gérer les conventions typo. J'ai compris également que règne algue est un outil et pas un règne au sens taxonomique. Je comprend aussi la logique du portail phycologie. La question ici n'était pas de modifier le nom du paramètre mais de modifier champignon en fungi pour que cela corresponde effectivement à un règne. Nous sommes trois contributeurs à nous être exprimé dans ce sens lors de cette discussion. --Pinof (d) 19 mai 2013 à 17:54 (CEST)
Sauf que si on fait en sorte que champignon devienne Fungi, et donc corresponde à un règne « réel » ça veut dire qu'il faut recaser ailleurs tout ce qui est actuellement classé sous champignon et n'est pas Fungi. Donc définir tout ce qui est concerné et regarder où ils devraient aller. Tu en avais déplacé certains en protiste − je présume - dans ce but, ce qui pose problème sauf à clarifier aussi le « règne » protiste (cf ta proposition "eucaryote CIN" et "eucaryote CINZ). Il me semble que l'analyse des conséquences d'un éventuel changement est important, et à faire avant toute application.
Il reste que sur le fond je vois peu d'intérêt à avoir une catégorie (catégorie plutôt que règne, ça prête moins à confusion) « Fungi » plus un certain nombre d'autres à créées pour recaser ce qui ne serait plus champignon (mais ne sera pas protiste, par exemple) par rapport à une catégorie « champignon » au sens large (vernaculaire). La possibilité d'avoir des couleurs différentes ? Oui mais dans ce cas c'est juste une préférence de découpage, de ce qui doit être visuellement groupé avec d'autres ou pas. L'autre intérêt est d'avoir un champs "règne=Fungi", techniquement plus précis dans le cas des champignons Fungi, mais uniquement pour les rédacteurs, puisque les lecteurs ne le voient pas. Hexasoft (discuter) 19 mai 2013 à 19:39 (CEST)
Tout à fait d'accord, "règne=Fungi" serait techniquement plus précis pour les rédacteurs et éviterait les controverses. Pour les lecteurs le regroupement visuel des fungi et la distinction avec les autres organismes fongiformes est un réel gain de clarté.
Le recensement des organismes concernés est simple, les groupes sont peu nombreux et connus, la plupart ont d'ailleurs déjà été classé protistes par les contributeurs. Le problème de typographie ne posait pas jusque hier mais on peut voir maintenant comment techniquement le résoudre. --Pinof (d) 20 mai 2013 à 09:25 (CEST)
Les controverses, ce sont celles des rédacteurs, qui savent ce que « règne=champignon » veut dire. La controverse est pour moi sur le choix d'avoir un « groupe » des champignons contre avoir un « groupe » des Fungi plus d'autres groupes pour le reste des champignons non Fungi. La précision peut exister des deux cotés : une liste claire des taxons supérieurs que contient les « champignons » ou une liste claire des taxons supérieurs qui contiennent les « pas Fungi », c'est à mon sens aussi précis dans les deux cas.
C'est un choix sur lequel je n'ai aucune préférence (sauf une très légère préférence à ne pas changer les choses car c'est au final créer de nouveaux champs règne, modifier les bots et outils comme WBR pour qu'ils gèrent les changements, pour quelque chose qui − comme tu le dis toi-même − n'est au final qu'une controverse entre rédacteurs).
Pour la gain de clarté pour le lecteur j'ai personnellement des doutes : le lecteur lambda n'a probablement aucune connaissance des Fungi et ceux qui jardinent ont probablement encore dans la tête que le mildiou est un champignon. Modification ou pas c'est de toute façon au texte et à la classification dans la taxobox d'informer avant tout, car le lecteur lambda ne saura qu'il s'agit d'un "champignon pas Fungi" que si il a ouvert il y a peu un article sur un "Fungi" et remarque la différence de couleur de la taxobox. C'est par contre dans l'intro et le reste de l'article qu'il aura un accès clair à cette information.
Sur le problème typographique je suis totalement en opposition avec ta remarque : « Le problème de typographie ne posait pas (de problème ?) jusque hier ». Le fait que ça n'avait pas été remarqué jusqu'ici n'indique pas l'absence de problème. Après tout avant que tu (re)mettes certains taxons dans les protistes ça ne posait pas de problème… Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 10:40 (CEST)
Les organismes fongiformes qui étaient notés protiste apparaissaient en kaki et suivaient une convention typographique correcte. En ce sens, il n' y avait pas de problème. Que d'autre organismes protistes fussent présentés incorrectement et que personne ne l'ait remarqué est un autre question.
C'est justement parce que le lecteur qui jardine a dans la tête que le mildiou est un champignon que l'information visuelle est intéressante : Nous apportons de l'information véritable et contreintuitive et ceci dans une boite de taxonomie qui intéresse au premier chef ceux qui sont curieux de classification.--Pinof (d) 20 mai 2013 à 11:36 (CEST)
Oui. Je doute seulement du fait que les lecteurs aient une connaissance de nos codes couleurs (après tout c'est noté nul part pour un lecteur), et la différence avec les champignons n'est visible que par comparaison, donc pour un lecteur qui a remarqué et retenu la couleur des Fungi et qui remarque qu'ici ce ne serait pas la même (ce qui de toute façon − à part tenter une édition de l'article et comprendre nos modèles et le paramètre "règne" − ne lui dit pas ce que c'est). C'est pourquoi il me semble que l'impact pour le lecteur est minime. Ça ne veut pas dire qu'il ne faut pas éventuellement le régler.
Il me semble que tout le monde est d'accord sur le fait que le mildiou (par exemple) n'est pas un Fungi mais pour moi le point important est que ce soit clairement dit dans la classification de la taxobox et dans l'article.
Le reste est une question purement pragmatique de limite de découpage dans les thèmes de couleurs (nombre de thèmes et contenu de chaque thème). Après tout on a à l'heure actuelle 10 « règnes wikipédiens », et on peut en ajouter autant qu'on veut (thématiquement il me semble aussi valable de vouloir séparer les Fungi des mildious − qui sont vernaculairement des champignons − que de vouloir un thème différent entre des arthopodes, cnidaires, mollusques, nématodes… Mais le règne Animalia est bien plus stable coté classification − pour le moment en tout cas − que celui des « champignons »). Comme je l'ai dit je n'ai pas de préférence à part une légère pour l'économie de moyens (créer de nouveaux règnes n'est pas anodin en terme de maintenance). Si toutefois un (ou plusieurs) nouveaux règnes (thèmes) étaient créés une définition stricte de leur contenu devrait être fournie en préalable à leur mise en pratique réelle (et là c'est le mainteneur de modèles qui parle). Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 12:16 (CEST)
En cas de découpage plus fin, quel est l'intérêt pour le lecteur lambda de voir les taxobox changer de couleur au gré des hésitations taxonomiques, ou même pour le spécialiste - pour qui la couleur de nos box ne correspondrait à aucune norme officielle, alors que ça reste bien des « champigons » pour tous ? Sans compter que du point de vue accessibilité la couleur ne doit pas véhiculer d'information majeure. Sans parler de l'énergie dépensée inutilement sur Wp. pour un seul avantage : satisfaire quelques-uns des rares contributeurs en mycologie. -- Amicalement, Salix [Converser] 20 mai 2013 à 12:53 (CEST)

(conflit d'édition) Le règne des fungi est au moins aussi stable que celui des animalia. Trois règnes eucaryotes ont une réelle signification taxonomique, sont stables et reconnus et par là peuvent légitimement continuer à conserver leur identité visuelle dans les boite de taxonomie. Les indications visuelles kaki ou bleu sont particulièrement parlante pour qui parcourt le portail mycologie, je les trouve utiles et cela n’empêche pas non plus d'être attentif à la clarté dans le texte. On peut aussi revoir la présentation de notre portail où on pourrait utiliser les couleurs et présenter les oomycètes. Il n'y a pas besoin de méthodes complexes, les changements qui s'imposent sont seulement liés aux protistes animaux qui étaient mal traités. Pour la mycologie, on pourrait s'en sortir avec zéro création et zéro robot. On repositionne la convention typo protiste vers le CIN et on fixe une règle interne au sein du projet mycologie pour uniformiser les pratiques. Maintenant ce n'est pas très élégant, on ne peut pas ignorer les protistes animaux et il serait préférable de choisir des termes moins ambigus pour le rédacteur. Ce n'est probablement pas un problème technique très lourd.

@salix On ne cherche pas un découpage plus fin, distinguer les "champignons vrais" des "protistes" était déjà une pratique existante. Et à part à la marge, il n'a pas hésitations taxonomiques pour définir les fungi. Pour les protistes les choses ne sont pas fixées, c'est bien pour cela qu'il ne faut pas descendre plus fin. Une seule couleur pour les eucaryotes hors animalia, plantae, fungi est suffisante. Je suis d'accord, aussi que l'on peut supprimer les couleurs qui ne correspondent pas à des normes officielles mais la question n'est pas à poser ici, si on garde une identification couleur pour animalia et plantae, celle des fungi reste tout à fait cohérente. --Pinof (d) 20 mai 2013 à 13:51 (CEST)

Tu as dit plus haut : « le terme de protiste n'était pas adéquat, alors que je n'ai jamais contredit sur ce point », et tu n’as toujours pas répondu à ma question : « Si tu n’as jamais contredit que les protistes n’étaient pas adéquats pour les champignons, alors pourquoi as-tu mis « taxobox protiste » sur 13 articles concernant des champignons ? » Et tu re-proposes encore de traiter des champignons comme des protistes, et en particulier les Oomycètes qui ne sont pas des protistes. Ce serait bien que tu répondes clairement à cela.
La convention « protiste » est majoritairement utilisée sur WP pour des protistes animaux (environ 130 articles, alors qu’il y a environ 13 articles sur des champignons concernés actuellement par cette taxobox protiste) : si on suit ton raisonnement, on ne résout rien du tout : on déplace le problème sur les 130 protistes animaux qui n’auraient plus de couleur, tout ça pour 13 articles sur les champignons. Ce n‘est pas réaliste du tout.
Enfin, le règne des Plantae n’est pas stable du tout : selon les sources, on y trouve seulement les plantes vertes, d’autres y mettent tous les végétaux verts (plantes vertes + algues vertes), d’autres y ajoutent les Rhodophyta et les Glaucophyta, et d’autres encore les Euglènophytes, voire même les Phaeophyceae, etc. TED 20 mai 2013 à 14:08 (CEST) 
S'il y a effectivement une large majorité d'articles protistes CINZ il me semble malvenu de les basculer en CIN. En pratique je ne vois pas comment on peut réaliser « avec zéro création et zéro robot » ce que tu indiques : « On repositionne la convention typo protiste vers le CIN et on fixe une règle interne au sein du projet mycologie pour uniformiser les pratiques » → quid des protistes CINZ existants (ou à venir) ? On leur met quoi dans comme thème ? En dehors de "protiste" les seuls thèmes qui sont CINZ sont "animal" et "eucaryote". Animal me semble un peu déplacé pour bon nombre d'entre eux, quant à eucaryote c'est un thème qui sert normalement pour les taxons (très) supérieurs, avant d'atteindre les thèmes existant à partir grosso-modo du règne (d'ailleurs il n'y a que 6 articles utilisant ce thème, ce qui est cohérent).
Pour moi on en revient au même point : soit on table sur l'exactitude taxinomique et on crée des thèmes basés là-dessus soit on table sur des thèmes « thématiques » où on met ce qu'on veut du moment que ça cadre avec un thème qui a une réalité. Le premier cas me semble délicat ne serait-ce que par le fait que la classification continue d'évoluer aujourd'hui dans certaines branches concernées, et que ça conduirait je pense à trop de thèmes. Le deuxième cas repose la question de départ (la mienne, en tout cas) : thème « champignons » au sens vernaculaire du terme contre thème « Fungi » + un certain nombre d'autres pour ranger ce qui n'est pas Fungi ce qui correspond il me semble (à la louche) à « protistes CIN » (dont les 13 articles à l'origine de la question) + « protistes (les actuels, CINZ) » (les protistes existant sur WP non concernés par le code CIN) + sans doute 1 ou 2 autres (les Oomycètes ne sont pas des protistes et se distinguent aussi des algues). Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 15:10 (CEST)
Tiens, une idée s’il faut renommer le paramètre « règne des taxobox » : « thème » me semble bien : aucune connotation en taxinomie, pas de confusion avec les Codes. TED 20 mai 2013 à 16:34 (CEST)

@ Pinof. J'ai rappelé que « la couleur ne doit pas véhiculer d'information majeure », pas qu'il faille l'évacuer forcément en totalité, toutefois ces arguments ne doivent pas être causes de modifications par ailleurs sans grand impact pour le lecteur : « L'information apportée par les deux couleurs est clairement compréhensible »[réf. nécessaire] ou « Les indications visuelles kaki ou bleu sont particulièrement parlante pour qui parcourt le portail mycologie »[réf. nécessaire]. Si on multiplie des paramètres "règnes" dans le but de distinguer visuellement (par exemple) des protistes-CIN et des protistes-CINZ, c'est aussi multiplier les couleurs et leur donner une importance qu'elles ne devraient pas avoir. Idem si on met les non-fungi dans une infobox eucaryote fourre-tout juste pour qu'ils n'apparaissent pas avec une taxobox bleue. Comme le rappelle Hexasoft, c'est le corps de l'article qui compte. Donc, entre créer tout un tas d'infobox multicolores, pour des taxons plus ou moins instables, et simplement changer le nom d'un paramètre "règne" mal nommé, on ne devrait pas hésiter (encore faut-il que ce soit vraiment utile !) -- Amicalement, Salix [Converser] 20 mai 2013 à 16:15 (CEST)

[conflit d'édition) On table sur l'exactitude taxonomique pour le portail mycologie avec d'une part les fungi et d'autre part les autres. Fungi est stable, les autres n'évoluent pas non plus puisque justement on ne cherche pas des classements fins. Les autres cela signifie les oomycètes, nous avons actuellement dans le portail 20 taxons, les myxomycètes avec 11 taxons, les plasmodiomycètes 2 taxons, les plasmodiomycètes 2 taxons, les Labyrinthulomycetes et les acrasiomycètes chacun 1 taxon. Il n'y aura pas de mal même sans robot à modifier un terme si besoin. Quand au protistes CINZ ils peuvent garder le nom protiste, ce n'est pas le problème du portail mycologie et je ne vois pas l'intérêt de faire des découpages fins et cela ne me semble pas du tout gênant non plus qu'ils gardent aussi la couleur kaki donc on n'augmente pas le nombre de couleur. Ce qui oblige à faire deux groupes, c'est uniquement des conventions d'italique. --Pinof (d) 20 mai 2013 à 16:36 (CEST)
« On table sur l'exactitude taxonomique pour le portail mycologie avec d'une part les fungi et d'autre part les autres[réf. nécessaire] » ???? pourquoi dis-tu cela, alors que justement, c‘est le contraire qui est fait. Tous les taxons (sauf les Oomycètes qui manquent et qu’il faudrait ajouter) sont présentés dans le Portail.
Tu as encore détourné la conversation, et tu n’as pas répondu à la question : « Si tu n’as jamais contredit que les protistes n’étaient pas adéquats pour les champignons, alors pourquoi as-tu mis « taxobox protiste » sur 13 articles concernant des champignons ? » Pourrais-tu répondre ? et au moins réverter tes modifications puisque tu as reconnu toi-même que ce n’étais pas adéquat. Cela permettrait aussi de discuter dans un climat plus calme qu’avec 13 articles sur lesquels tu as imposé ton point de vue, contre celui des autres et en dépit de la discussion. TED 20 mai 2013 à 16:54 (CEST)
(conflit) Oui, c'est comme ça que marchent les taxobox. Donc ta proposition implique de créer un thème puisque c'est le sélecteur unique à la fois de la couleur et de la convention typographique (ou de modifier la structuration des modèles de taxobox ce qui est nettement plus pénible et risqué).
M'enfin là où je trouve ça illogique c'est que tu insistes sur le fait que la couleur est importante pour ne pas mélanger les Fungi et les « champignons non Fungi » mais par contre tu trouves totalement anodin d'avoir du kaki pour deux groupes sémantiquement différents. Je rejoins d'ailleurs Salix ci-dessus : la couleur est un plus, pas une base, et comme je l'ai déjà dit je doute fortement que le lecteur lambda sache à quoi correspondent les couleurs (ce n'est indiqué nulle part) ni même qu'il y a des couleurs différentes s'il ne navigue pas entre des articles de thèmes différents.
Il me semble que ton seul propos (si j'ai bien compris) est que tu veux que "règne=champignon" veuille dire "ce sont des Fungi", et que tu ne veux pas que ça veuille dire "thème des champignons au sens vernaculaire", et pour cela tu veux « mettre les non-Fungi hors du bleu ». C'est bien ça ? Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 17:02 (CEST)
(conflit)TED tu accomplissais des changements multiples alors que tu savais qu'il y avait une discussion en cours, la méthode s’apparentait à un passage en force. Je n'ai pas répondu à cela parce qu'il s'agit ici de trouver un consensus pas de relancer des requêtes aux administrateurs. Si j'ai dit que le terme protiste n'était pas adéquat, c'est pour reconnaitre que le terme est ambigu car il recouvre une division un peu obsolète. Mais c'est un outil suffisant pour distinguer les fungi des autres organismes fongiformes. Quand on parle d'exactitude taxonomique, c'est pour distinguer une démarche "règne=algue" qui ne ne recoupe pas la classification actuelle d'une démarche "règne=fungi" où on s'appuie sur un règne actuellement clairement défini. --Pinof (d) 20 mai 2013 à 17:32 (CEST)
Il me semble que tu inverses les rôles et l’ordre des événements : j’ai fait les changements restreints (pour coller au reste), et ensuite tu as défaits et tu as répandu les erreurs sur d’autres pages, et persisté malgré une discussion que j’ai ouverte sur ta pdd.
La démarche « règne = champignon » est la même que « règne = algue ».
Je note que tu ne réponds toujours pas aux questions : pourquoi mettre protiste, alors que tu ne contredis pas que ce n’est pas adéquat ? Et il y avait une autre question à laquelle tu n’as pas répondu : en quoi est-ce gênant d‘utiliser la même couleur pour les Oomycètes et les Fungi ? Ce sont tous des champignons ! Pourquoi faudrait-il deux couleurs pour les champignons ? TED 20 mai 2013 à 17:40 (CEST) 
J'aimerai aussi savoir si ce que j'ai compris de ta vision des choses est correct ou pas : « tu veux que "règne=champignon" veuille dire "ce sont des Fungi", et que tu ne veux pas que ça veuille dire "thème des champignons au sens vernaculaire", et pour cela tu veux « mettre les non-Fungi hors du "bleu" » ». Est-ce bien ça ou pas ? Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 17:45 (CEST)

« Il me semble que tu inverses les rôles et l’ordre des événements » Il suffit de consulter les historiques des 35 articles concernés pour constater que la séparation entre fungi et non fungi est ancienne et bien ancrée. Différents contributeurs ont fait ce choix spontanément et c'est même le choix qu'a fait TED lui même pour Spongospora. Ce qui me ennuye surtout dans le discours de TED, c'est la persistance de l'utilisation du mot erreur pour ce qui n'est qu'une question de préférence et de choix.

« La démarche règne champignon est la même que règne algue » Tout à fait d'accord et le reproche que l'on peut faire, c'est de coller aux champignons une démarche qui a été conçue sur mesure pour les algues.

Ta question TED, j'y ai répondu ci-dessus, le terme protiste n'est peut-être le mieux choisi mais c'est un outil qui répond correctement à nos besoins de distinction entre champignons vrais et autres organismes. Le moins que l'on puisse dire, c'est qu'à devoir répéter plusieurs fois la même chose, la discussion perd en lisibilité.

La vision des choses que je défends est : "règne=champignon" veut dire ce sont des Fungi et ne signifie pas thème des champignons au sens large et c'est pour cela que les non-Fungi apparaissent hors du "bleu". --Pinof (d) 20 mai 2013 à 21:37 (CEST)

Donc j'ai bien compris. Or le 3ème message de cette (longue) section, de mon fait, indiquait :
« Si division il devait y avoir ça reviendrait à changer le rôle du règne (au sens taxobox du terme) champignon qui actuellement correspond au terme vernaculaire champignon tel qu'il semble être véhiculé par diverses publications pour en faire un élément précis de classification, donc tenter de le faire cadrer avec un taxon précis. Ceci impliquerait probablement de revoir tout ce qui est sous le terme vernaculaire pour tout remettre à plat ».
Il est dommage que tu n'es jamais indiqué jusqu'à présent que c'était exactement ça que tu voulais… Tu n'es pas très clair et tu pars dans tous les sens alors que j'avais il me semble résumé correctement ce que tu cherches à faire dès le début.
Et les conséquences de ta vision sont simples : changement du nom de « règne » de champignon à fungi (ça c'est simple) et création d'au moins un règne supplémentaire pour ranger les actuels champignons non Fungi dans des cases qui ne soient pas ineptes. Et ta proposition de te « débarrasser » des non Fungi dans les protistes n'est pas acceptable : on ne fait pas le ménage chez soi en refilant la saleté aux autres.
Sur le fond la question pour les gens ici reste bien telle que je l'ai posé au 5ème commentaire de cette section (donc il y a très longtemps) : « À mon sens soit on fait plusieurs « groupes généraux » permettant de découper les « champignons » actuels en plusieurs thèmes distincts, soit on utilise un seul thème (vernaculaire) et on retrouve les autres infos dans la classification ».
C'est le choix qu'on doit faire, et non renommer champignon en fungi qui est une conséquence logique d'un éventuel choix pour la solution que tu défends.
Bref dès le début il me semble que j'avais bien saisi ce que tu veux, et j'avais déjà exposé les conséquences de ce choix (et surtout indiqué là ou se trouve vraiment le choix à faire et non pas juste sa conséquence). Lis-tu ce que j'écris ? Hexasoft (discuter) 20 mai 2013 à 22:01 (CEST)
Entièrement d’accord avec Hexasoft.
Pinof, tu gagnerais à faire « une présentation de tes propos plus académique en distinguant bien ce qui est fait, ce qui est connu (avec des références précises), ce qui est connu mais de manière empirique (observations récurrentes ou expérimentations) », mais je crois savoir que tu sais déjà tout cela (puisque c’est dans le compte-rendu de suivi de ta thèse à mi-parcours).
Pour la chronologie des événements, je ne partage pas du tout ton analyse : j’ai corrigé quelques articles début mai, pour beaucoup plus qui étaient déjà en « champignon » (si je reprends le décompte que tu as fait plus haut des articles présents sur le portail : une quarantaine d’article au moins, amis je pense qu‘il y en a plus, alors que je n’en ai touché que quelques uns). Pour Spongopora, j’ai déjà reconnu avoir fait une erreur, et elle date de plusieurs années.
Tu n’as toujours pas répondu à ma question : comment peux-tu en même temps dire que le terme « protiste » n’est pas adéquat pour des champignons, et qu’il faut l’utiliser pour des champignons ? Ce n‘est pas du tout un « un outil qui répond correctement à nos besoins de distinction entre champignons vrais et autres organismes ».
La vision que tu défends : « "règne=champignon" veut dire ce sont des Fungi et ne signifie pas thème des champignons au sens large et c'est pour cela que les non-Fungi apparaissent hors du "bleu" », et bien nous ne sommes pas d’accord avec cela, et tu confonds encore Fungi et champignon, et « règne des taxobox » et Règne (biologie).
Je suis d’accord avec toi sur un point : avoir à te répéter plusieurs fois la même chose, cela fait que la discussion devient illisible. TED 20 mai 2013 à 22:47 (CEST) 
« Si division, il devait y avoir ... », mais il y a division et cela fonctionnait. Avant de poursuivre un débat sur les "règnes des taxobox", je tiens à mettre un holà ferme sur les méthodes inacceptables de TED. Il se permet de se lancer dans des inquisitions et se servir d'éléments qu'il aurait récupérés pour donner un tour personnel au débat. Ce genre de méthode est contraire à l'esprit de Wikipédia et est totalement inadmissible. --Pinof (d) 21 mai 2013 à 08:59 (CEST)
Quelles divisions existent ? Je parle des champignons (vernaculaires). Et comme toujours tu donnes un élément dans un coin, rien de détaillé, en faisant l'impasse sur le reste, et en casant autre chose dans la foulée. Jamais tu ne traites correctement les éléments avancés dans une discussion.
Encore une fois j'avais compris ce que tu voulais faire dès le début, mais tu n'as jamais été foutu d'indiquer que tu avais bien été compris avec pour résultat cette section interminable, à cause de ton habitude de ne jamais traiter correctement et complètement les éléments qu'avancent les autres.
Quant à TED je n'en ai rien à faire. Si tu réponds à une remarque que j'ai fait tu y réponds de façon claire ou pas. Ça commence vraiment à être pénible. « mais il y a division et cela fonctionnait » ça ne veut rien dire, ça ne précise rien, ça n'indique rien, et c'est de toute façon une partie minuscule des remarques que j'avais fait.
Le point de départ reste le même : tu poses une question qui pour moi a des conséquences qu'il faut évaluer, et surtout la question que tu poses est une conséquence naturelle d'un choix en amont à faire sur le sens donné à "règne=champignon".
Je fais un résumé dans une section distincte. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 10:02 (CEST)

Résumé

Les faits :

  • « champignon » est un terme vernaculaire, comme définit dans l'article correspondant ou sur le portail mycologie. Personne ayant un minimum d'expérience en biologie ou ayant lu les articles correspondant ne peut croire que ça veut dire Fungi.
  • le champs « règne » des taxobox signifie « thème » et rien d'autre. La liste des thèmes existant est facile à trouver. Il existe actuellement 8 thèmes (en excluant les deux réservés aux taxons de très haut rang). Et ce thème n'est accessible qu'aux rédacteurs, pas aux lecteurs. Par exemple le thème « algue » regroupe les algues rouges, brunes, vertes ainsi que d'autres organismes, ces diverses organismes n'ayant pas le même règne taxinomique.
  • certains articles non Fungi sont classés champignons depuis au moins 2010. D'autres sont classés protistes. D'autres sont même classés algues.
  • dans une vision taxinomique des choses la plupart (tous ?) des champignons non Fungi ne peuvent pas être classés dans les protistes, ou en tout cas certainement moins que dans les champignons, et pas plus que dans les Fungi. En faire des protistes c'est déplacer ton problème ailleurs, pas le résoudre.
  • quasiment tous les articles sur les champignons non Fungi ont le portail mycologie qui « est la science étudiant les champignons au sens large » (c'est écrit dessus, sous cette forme ou une similaire, depuis au moins 2010). Note : on peut aussi renommer "règne=champignon" en "thème=mycologie", hein.

Ce que tu veux :

  • que "règne=champignon" veuille dire "thème=Fungi" (ta question était « ne pourrions-nous pas utiliser le mot fungi pour le règne dans la boite de taxinomie »). Et j'indiques « thème » car ça reste un thème, c'est comme ça que sont faites les taxobox.
  • que les champignons vernaculaires non Fungi ne soient plus « en bleu » donc utilisent un autre sélecteur de thème. Tu proposes qu'ils soient éjectés dans les protistes.

Ce que je dis :

  • ça implique forcément de créer un nouveau thème « champignons non Fungi » a minima, ou des thèmes plus précis pour y ranger ces éléments sans valider explicitement un classement thématique qui n'a pas de sens.
  • la vraie question est donc pour moi non pas de décider « que "règne=champignon" veuille dire "thème=Fungi" » mais de savoir si on veut découper le thème des champignons pour réduire son périmètre, et savoir ce qu'on fait des éléments qui restent sur le carreau.

Le travail initial à faire est donc selon moi :

  • de lister exhaustivement tout ce qui est « champignon » (tout ce qui a le portail mycologie, je présume)
  • pour chaque entité qui n'est pas Fungi déterminer à quel thème existant il s'accorche avec le plus de logique
  • le cas échéant déterminer la liste des thèmes à créer pour obtenir des thématiques cohérentes pour ces entités

À partir de là chacun sera à même de voir l'existant et les conséquences du changement, et sera à même d'indiquer son avis sur la question. Le changement de nom champignon→Fungi ne sera qu'une conséquence logique de ce choix, pas l'élément de choix.
Et merci Pinof de répondre complètement. Si des faits te semblent erronés, indiques-le clairement. Si j'ai mal compris ce que tu veux, indiques-le clairement et donne clairement et synthétiquement ce que tu veux. Si le travail à faire et less conséquences conséquences que j'indique te semblent erronées, indiques-le clairement. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 10:02 (CEST)

Les faits :

  • « Champignon » est un terme vernaculaire est comme tel a un contour incertain, que certain comme Selosse, utilise le terme le champignon au sens large (sens large est précisé dans le résumé) ne serait ce que pour des raisons didactiques est un fait. Que ce soit une vérité incontournable et intangible, contestée par personne, ce n'est pas vrai. Dans notre portail, il est écrit « Malgré leur nom, les myxomycètes ne sont plus considérés comme des champignons mais classés parmi les protozoaires. » Pour les oomycètes, on peut voir par exemple : « Une classe particulière de ces microorganismes appartient au groupe des oomycètes, organismes eucaryotes filamenteux longtemps assimilés aux champignons, mais cependant plus proches des algues brunes et des diatomées » ici. Fungi, c'est quand même un mot latin traduit par champignons et son équivalent eumycète est encore plus explicite et est traduit par champignons vrais. Mais on peut voir les choses différemment et gloser à l'infini. C'est pour cela que d’emblée, j'ai proposé que l'on parle de Fungi pour éviter toutes ambigüités.
  • Le champs « règne » des taxobox mycologie signifie « règne » et rien d'autre. Faire glisser la notion de règne vers la notion thème est une dérive qui n'est pas actée. L'outil adapté à la notion de thème, c'est le portail. Et même pour le "thème" algues, on utilise deux couleurs pour distinguer des groupes taxinomiquement totalement différent. En mycologie la notion de règne est parfaitement identifiée A comprehensive phylogenetic classification of the kingdom Fungi. règne=champignons ne me dérangerait pas outre mesure, vu que l'utilisation du mot règne laissait bien comprendre que l'on parlait de Fungi, le règne des champignons au sens large n'a pas de sens. règne=Fungi, c'est 100% clair pour la mycologie mais on n'a pas à se fixer sur une approche trop rigide si on utilise Groupe=Fungi cela nous permettrait de continuer à utiliser la notion de règne, pertinente en mycologie, tout en laissant un peu de souplesse à ceux qui ont choisi d'autres approches pour d'autres domaines.
  • Certains articles non Fungi sont classés champignons depuis au moins 2010. D'autres sont classés protistes. D'autres sont même classés algues. C'est vrai, il n'y avait pas toujours d'uniformité et une règle interne pourrait être préconisée. La multiplication des règles internes a néanmoins le défaut de générer des conflits et de complexifier le système. Dans notre cas si l'on utilise un vocabulaire approprié (règne et Fungi) aucune règle n'est nécessaire.
  • Dans une vision taxinomique des choses, les "champignons" non Fungi ont été classés dans les protistes. Cela correspond à vision un peu dépassée (celles de Woese en 1977) mais pas si fausse que cela. Encore aujourd'hui vouloir faire des découpages fins au sein des "protistes" reste une entreprise téméraire. De toutes façons comme on l'a rappelé souvent le terme n'apparait pas au lecteur.
  • Les articles sur les champignons non Fungi sont dans le portail mycologie ne confondons pas la notion de thème et de règne.

Les questions :

  • L'objet de ma demande est que "règne=champignon" veuille dire "règne=Fungi" (la question était « ne pourrions-nous pas utiliser le mot fungi pour le règne dans la boite de taxinomie »). Remplacer règne par thème est changer profondément la signification de la boite de taxinomie et ce n'est pas acté mais on peut effectivement changer le nom du paramètre pour permettre de concilier des approches différentes. Si on utilise charte=Fungi et charte=eucaryote CIN, cela peut résoudre la question.
  • L'objet de ma demande est que les champignons vernaculaires non Fungi ne soient pas « en bleu » donc utilisent un autre sélecteur. Je ne propose pas qu'il soit éjecté dans les protistes, c'est une présentation partiale des choses. Je constate que c'était une pratique (même si elle n'était pas systématique).

Les solutions :

  • Dire que ce serait une demande de changement qui impliquerait la création d'un nouveau "règne" et des difficultés techniques est une présentation partisane. L'utilisation du "sélecteur protiste" permettait une présentation typographique correcte. Seulement la discussion a permis de mettre en lumière le fait que les protistes animaux étaient mal gérés. Ceci ci dit, cela n'évacue pas le problème. Si la conventions des italiques est jugée importante, nous avons effectivement besoin de deux sélecteurs.
  • La question de définir précisément ce que sont les "champignons" non fungi ne pose pas de problème. Il s'agit des oomycètes, nous avons actuellement dans le portail 20 taxons, des myxomycètes avec 11 taxons, des plasmodiomycètes 2 taxons, des Labyrinthulomycetes et des acrasiomycètes chacun 1 taxon. Puisqu'ils sont présentés comme des "champignons", on pourrait utiliser un sélecteur de type "eucaryote CIN".

--Pinof (d) 21 mai 2013 à 13:48 (CEST) --Pinof (d) 21 mai 2013 à 13:13 (CEST)

« Faire glisser la notion de règne vers la notion thème est une dérive qui n'est pas actée » : c'est l'inverse, ne mélange pas tout. Les règnes des taxobox ne sont à l'heure actuelle considérés comme des règnes au sens taxinomique du terme par aucun biologiste wikipédien, à part toi semble-t-il. Le fait qu'il y ait une adéquation précise pour (par exemple) les plantes et les animaux n'est dû qu'à la stabilité des classifications qui fait qu'il y a adéquation entre les thèmes (et le vernaculaire) et la taxinomie. Typiquement les algues vertes, rouges et brunes utilisent le thème algue et ne font pas toutes partie du même règne. Les thèmes ont toujours été un compromis entre domaine d'étude (ce sont les mêmes qui étudient les organismes du même thème, qui publient…), l'exactitude taxinomique et conserver une certaine simplicité et stabilité aux taxobox − afin de ne pas changer tous les 4 matins les éléments existants.
Je ne vois pas en quoi dire que ça implique de créer un nouveau règne est partisan. Tu dis toi-même juste après que « Si la conventions des italiques est jugée importante, nous avons effectivement besoin de deux sélecteurs » → c'est pas du moquage ? Tu insistes sur une couleur de taxobox (en disant que ça va troubler les lecteurs) qui n'a d'autre fondement que celui qu'on veut lui donner sur WP mais tu considères comme pas très grave de ne pas suivre les conventions typographiques qui font partie des codes que nous suivons (et qui eux sont normalisés internationalement, et non uniquement sur fr.WP comme la couleur). Donc oui, ta proposition implique la création d'un nouveau thème et c'est vouloir masquer ça qui me semble partisan.
Pour ta dernière solution ce n'est rien de plus que ce que j'ai déjà dit il y a longtemps, à savoir que ce que tu veux est de créer un thème additionnel pour y caser les champignons non-Fungi. Note qu'au départ tu as tenté de tout jeter dans les protistes en balançant les saletés qui te dérange chez les autres. J'ai seulement indiqué qu'un groupe additionnel est un minimum. Je ne connais pas assez ces groupes biologiques pour savoir s'il y a un sens à ce qu'ils soient thématiquement ensembles sans les Fungi. Avec les Fungi ils forment les champignons « ancienne école » − les vrais et les faux − mais seuls ce n'est peut-être pas pertinent, je ne sais pas. Ce n'est pas parce que les thèmes ne sont pas tous collés aux règnes qu'ils ne doivent pas avoir une logique interne.
La question reste bien de savoir si on veut créer un (ou plusieurs) thème additionnel dans le but de ne pas grouper visuellement les Fungi avec les champignons non-Fungi. :Si la réponse est oui il est logique de renommer le thème champignon en Fungi, on aura alors un thème qui concorde avec un règne, et au moins un thème de plus pour un certain nombre d'organismes qui ont plus ou moins chacun leur règne et aucune place puisqu'actuellement rangés soit dans les champignons soit rangés dans les protistes sans que ça n'ait de sens.
Si la réponse est non il est logique de laisser le thème sous le nom de champignon, qui a un sens vernaculaire à même d'englober aussi les champignons non-Fungi si on en croit l'article et l'entête du portail mycologie.
Pour moi les avantages de la première solution sont :
  • plus simple (règne = Fungi dans la taxobox systématiquement)
  • séparation visuelle des Fungi et des autres
Et les inconvénients :
  • un thème (au moins) de plus à gérer
  • séparation visuelle des Fungi et des autres (c'est aussi un inconvénient : ce ne sont pas de vrais champignons mais ce sont quand même des champignons, et on accède à certains de ces articles à partir du portail mycologie qui « est la science étudiant les champignons au sens large »)
Symétriquement ne rien changer (et donc rapatrier les champignons non-Fungi dans le thème) a des avantages :
  • unité thématique (couleur) correspondant au portail associé
  • pas de thème à créer
Et des inconvénients :
  • même thème pour des organismes appartenant à des règnes (taxinomiques) différents
  • il faut une liste précise des taxons non-Fungi pour savoir lesquels ranger dans le thème champignon
Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 16:52 (CEST)


La piste de Salix

Pinof dit : « L'objet de ma demande est que règne:champignon veuille dire règne:Fungi ». Et les autres participants ne comprennent pas pourquoi. Et bien justement, pourquoi ?

Enquête :A ce jour, sur Oomycota, on voit côté code ceci :
{{Taxobox début | protiste | Oomycètes |...}}
{{Taxobox | règne | Chromalveolata }} (rendu pour le lecteur)


et il ne veut pas de la modification de TED qui donne ceci :
{{Taxobox début | champignon | Oomycètes |...}}
{{Taxobox | règne | Chromalveolata }} (rendu pour le lecteur)

Or je ne vois nulle part écrit « règne|champignon », par plus que « règne|protiste », mais bien à chaque fois « règne|Chromalveolata » et dans la seconde version, le changement de paramètre n'affecte apparemment que la charte graphique et pas la toxinomie, « champignon » serait donc seulement un paramètre charte/thème de la taxobox.


Maintenant si on regarde un article 100% Fungi comme Agaric, on voit côté code ceci :
{{Taxobox début | champignon | ''Agaricus'' |...}}
{{Taxobox | division | Basidiomycota }}
et, oh surprise ! La taxobox Agaric affiche pourtant entre les deux une ligne « règne Fungi » alors qu'aucun code {{Taxobox | règne | Fungi }} n'a été écrit. Si on ajoute cette ligne de code, il s'affiche alors deux lignes « règne Fungi » superposées. Il en est de même pour les animaux et les plantes : la ligne règne est incluse automatiquement dans la charte de la taxobox.


Bon sang ! Mais c'est bien sûr ! En y regardant de plus près, TED avait pensé à ajouté un |règne=cacher }} pour que la ligne « règne Fungi » ne s'affiche pas dans la taxobox bleue des Oomycota[4] !


Ma question est donc : sommes-nous obligés d'inclure l'affichage automatique du rang « règne » dans le rendu des taxobox puisqu'elles ne correspondent visiblement plus aux classifications mais aux projets ? -- Amicalement, Salix [Converser] 21 mai 2013 à 15:50 (CEST)

Pour protiste le problème se pose pas car il n'y a pas d'affichage de règne, protiste ne sert bien que de sélecteur et pour fungi, c'est cohérent avec le reste du portail où dans la classification fungi est assimilé à champignon (voir Les grandes divisions des champignons). Dans ce cas de figure de la mycologie, l'affichage automatique du règne reste une facilité intéressante.--Pinof (d) 21 mai 2013 à 16:10 (CEST)
Est-ce une facilité si intéressante que cela ? C'est bien ça qui a déclenché toute cette discussion et qui est à l'origine de ta demande, non ? Si donc c'est une facilité que tu apprécies sur 99,9% des articles du projet Mycologie (une ligne de moins à écrire dans la taxobox des Fungi), en quoi ça dérange d'ajouter |règne=cacher }} aux rares non-Fungi dépendant du projet mycologie, plutôt que de réclamer le bouleversement de toute la palette des taxobox ou bien d'amener la supression du règne pré-rempli des 99,9% de Fungi, tout ça pour s'épargner la peine d'ajouter un paramètre de 12 caractères à une poignée d'articles ? -- Amicalement, Salix [Converser] 21 mai 2013 à 16:32 (CEST)
C'est {{Taxoboxoutils premier parent}} qui gère le fait d'ajouter ou non une ligne {{Taxobox | règne | Un truc variable}} au début de la Taxobox.
Actuellement, pour toutes les chartes bizarre (nouveau nom pour le paramètre règne), on ajoute {{Taxobox | domaine | Eukaryota }}.
Mais pour certaines chartes, on pourrait ne rien ajouter (mais il faudrait un bot pour ajouter dans les articles existants)
Amitiés Liné1 (d) 21 mai 2013 à 17:17 (CEST)
(conflit d'édition) Ce n'est pas la ligne règne qui est à l'origine de la demande, elle ne pose pas de problème, on connait "règne=cacher" et dans dans notre cas il y avait de toute façons pas besoin de l'utiliser, ni pour les "champignons" ni pour les "protistes". Attention, on laisse croire que ma demande aboutirait à faire quelque chose de complexe. D'abord je ne demande rien de nouveau. Je demande simplement que le règne des champignon, puisse continuer à être traité comme les règnes des animaux et des végétaux et que l'on puisse continuer à utiliser une autre couleur pour les organismes qui ne sont plus considérés comme des champignons (au sens règne des Fungi). La modification voir dif en cours de discussion n'a pas contribué à éclaircir le débat mais je n'élude pas le problème des italiques, cependant cela ne doit pas aboutir à brouiller les cartes. Je crains surtout que l'on présente les choses de telle manière que le réflexe soit "oh là cela à l'air compliqué, on nous embête, mettons tout de la même couleur".
Est ce que techniquement rajouter une charte type "Eucaryote CIN" exactement similaire à "protiste" mais avec une convention pour les italiques différente est difficile ? --Pinof (d) 21 mai 2013 à 17:26 (CEST)
Sur les 8 thèmes actuels des taxobox (je ne compte pas eucaryotes et procaryotes qui servent uniquement à des taxons de rang très élevés) les virus ne correspondent pas à un règne (car n'ayant pas de sens pour eux), les algues correspondent à plusieurs règnes, les protistes sont rattachés à un règne qui n'a d'existence qu'en classification classique est est reconnu comme paraphylétique (donc sera sans doute éclaté à terme).
Il faut préciser également que si le paramètre "règne=cacher" existe c'est bien pour gérer les thèmes qui ont des éléments issus de règnes différents.
Ajouter un thème n'est pas difficile mais n'est pas facile non plus : il y a beaucoup de modèles qui utilisent le règne pour décider de diverses choses dans nos taxobox, et ce sont des modèles sensibles (utilisés par des 10aines de milliers d'articles), et il faut aussi modifier le CSS de wikipédia. C'est en tout cas moins simple que de modifier les caractéristiques d'un thème existant. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 17:48 (CEST)
Si la charte "protiste" est récupérée pour les animaux et qu'il faut de toute façon penser un jour à l'éclater, pouvons nous sans trop de difficulté créer la charte "Eucaryote CIN" ? Dans la charte champignon existante était-il complexe de la modifier pour la valeur du paramètre ? C'est-à-dire remplacer charte=champignon par charte=fungi. .--Pinof (d) 21 mai 2013 à 18:03 (CEST)
Changer le nom d'un « règne » est assez facile, il faut juste valider partout la présence du terme (de mémoire on n'a jamais renommé, peut-être parce que chacun savait que ce n'est qu'un terme conventionnel, peu importe sa valeur…).
Ce qui est compliqué c'est la transition pour les articles existants : on ne peut corriger les articles tant que le nom n'est pas changé, et on ne peut changer le nom sans casser tous les articles. La technique consiste à dédoubler le paramètre (champignon et fungi en même temps), puis à corriger tous les articles utilisant ce champs, puis enfin à détruire la duplication.
Je dirais oui que c'est plutôt chiant à faire. Hexasoft (discuter) 21 mai 2013 à 18:32 (CEST)
Ce n'est effectivement qu'une question de terme conventionnel qui n'apparait pas aux lecteurs. Il n'est pas nécessaire de changer. Pour bien faire les choses, il nous faudra tout de même probablement faire une charte pour les protistes végétaux.--Pinof (d) 22 mai 2013 à 08:45 (CEST)

Vote

Les discussions ont été longues, il serait temps de penser à conclure pour éviter de laisser les choses en l'état, c'est-à-dire à moitié faites (sans même juger de ce qui est souhaitable). Je propose de procéder à un vote afin de déterminer si on garde le thème (ou la charte) champignon comme actuel (pour tous les champignons, Fungi et « non-Fungi »). En fonction du résultat, on pourra voir dans une deuxième étape comment créer le thème « fourre-tout » pour les non-Fungi, "Eucaryote CIN" ou autre. Qu'en dites-vous ? Totodu74 (devesar…) 24 mai 2013 à 16:19 (CEST)

Assez d'accord. Il me semble que tout le monde voit quelle est la proposition initiale et ses conséquences (même si ça aurait pu être bien plus court). Trancher là-dedans aura au moins l'avantage de savoir à terme que faire de tous les taxons « entre-deux-chaises ». Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 17:15 (CEST)
Non il me semble prématuré pour procéder à un vote. D'ailleurs s'il on décide maintenant nous risquons d'opter pour le terme français par défaut alors qu'il est ambigu et ne correspond à aucun système de classification actuel. --pixeltoo (discuter) 24 mai 2013 à 20:00 (CEST)
Tu ne donnes pas là un avis objectif, qui prendrait en compte longueur et consistance des discussions, mais tu juges en donnant ton avis : « nous risquons d'opter pour [un terme ambigu] »... Totodu74 (devesar…) 24 mai 2013 à 20:20 (CEST)
Évidemment je juges en donnant mon avis. Où est le mal à ça ?--pixeltoo (discuter) 24 mai 2013 à 21:16 (CEST)
Je pense aussi qu'il est grand temps de passer à un vote et je suis tout à fait d'accord avec la proposition de Totodu74 de commencer par une seule question, celle qui est à l'origine de ce débat qui tourne en rond ! - Cymbella (répondre) - 24 mai 2013 à 21:06 (CEST)
Les proposition sont biaisés. Un vote ne sera que prématuré comme pour les couleurs des infobox tantot. --pixeltoo (discuter) 24 mai 2013 à 21:16 (CEST)
Je pense que tout le monde a compris ce que Pinof propose. La question se résume à avoir une charte « Fungi » au lieu de « champignon », contenant donc uniquement les Fungi d'un coté, ou d'avoir une charte « champignon » contenant les champignons (Fungi et faux champignons). Qu'y a-t-il d'autre ?
Tu dis « nous risquons d'opter pour le terme français par défaut » : oui, et ? Si d'aucuns veulent ce terme c'est un choix à faire (à clarifier), et c'est tout. Que cette option possible ne te plaise pas c'est une chose, mais que reste-t-il à argumenter ? On a bien compris que certains veulent une charte non ambigue pour désigner les champignons vrais, et que d'autres veulent une charte recoupant les champignons au sens vernaculaire du terme. Quoi qu'on choisisse il y aura des déçus. Je suis pour passer au vote, comme je l'ai dit. Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 21:44 (CEST)
Note : d'ailleurs tu dis que les propositions sont biaisées. Tu n'as fait aucune proposition, il me semble. Biaisée en quoi ? Et si c'est biaisé pourquoi tu n'as pas réagit avant ? C'est pas comme si c'était une discussion express, quand même. Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 21:53 (CEST)
Il faut clarifier la proposition alternative. Champignons non-fungi ou faux champignons qui sont des définitions négatives ne sont pas acceptables. Il faut s'en référer à une classification. --pixeltoo (discuter) 24 mai 2013 à 21:55 (CEST)
Non : « il faut s'en référer à une classification » est ton point de vue. Le point de vue d'autres est que les taxobox n'ont pas vocation à classer par règne. On peut, on n'est pas obligé.
Tu as tout à fait le droit de vouloir t'en référer à une classification pour les champignons. D'autres préfèrent s'en référer à une thématique vernaculaire. C'est le seul point d'achopement et les discussions peuvent se poursuivre à l'infini il n'y a pas de vrai ou de faux là-dedans : le code couleur des taxobox est une convention interne ne dépendant que des choix des wikipédiens. Il est évident que chaque thème doit avoir une base définissable ne serait-ce que pour que son périmètre soit définit correctement, mais il y a plusieurs choix possibles (comme c'est le cas pour d'autres thèmes, comme c'est le cas des portails et projets qui n'ont plus forcément de rapport avec les classifications).
Le choix à faire est bien là : veut-on un thème basé sur le sens vernaculaire des champignons ou sur la classification (=Fungi). Dans le premier cas les faux champignons (ré)intègrent le thème comme avait commencé à le faire TED. Dans le deuxième cas le thème deviendra probablement Fungi et il faudra réfléchir à un thème pour recevoir les faux champignons à moins qu'ils puissent être intégrés dans des thèmes existants (ce qui ne semble pas être le cas à première vue). Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 22:40 (CEST)
J'ajouterai que :
1. si je ne suis pas contre conserver les termes algue et champignon, c'est parce que ce sont eux qui sont retenus dans l'intitulé même du nom du CIN : Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes. À la base je me disais que la seule position justifiable était « un code de nomenclature = une charte » (ou alors « un règne biologique = une charte » mais le découpage ne fait pas consensus, et ne va ni dans le sens du statu quo ni dans le changement proposé par Pinof qui propose un fourre-tout "eucaryote CIN"). Vu que le CIN est clairement défini comme étant [algue+champi+plante], le statu quo m'apparaît finalement comme convenable.
2. Nous ne sommes pas stupides, il a été répété cinquante-douze fois depuis le début de la discussion que champignon n'est pas un clade, un taxon encore d'actualité et que c'est un regroupement vernaculaire et hétéroclite. C'est en connaissance de cause que nous sommes pourtant plusieurs à ne pas vouloir séparer les Fungi des autres.
3. Pour les définitions en négatif, il n'y a pas beaucoup d'autres solutions. Pinof suggère bien que charte champignon soit pour Fungi et que les autres soient des "eucaryote CIN" ou autre.
4. Je répète que dans la situation actuelle, on a des chartes incohérentes (ex : Oomycota (ocre) et Saprolegnia (bleu)).
On peut continuer à discuter, mais si les un ne veulent s'arrêter de discuter que quand les autres se seront rangés à leur avis, ça ne va pas le faire… Totodu74 (devesar…) 24 mai 2013 à 23:09 (CEST)
Est-ce qu'une proposition formulée comme ci-après paraîtrait correcte ?
Somme-nous pour garder la charte champignon comme actuelle (pour tous les « champignons », sens large) ou pour la réserver aux seuls Fungi, et employer une autre pour les Oomycètes, Myxomycètes (entre autres) ?
Totodu74 (devesar…) 24 mai 2013 à 23:15 (CEST)
J'ajouterai que la définition des "non-Fungi" ou "faux champignons" n'est pas une définition négative. Le portail mycologie, l'article mycologie et l'article champignon expliquent ce que « champignon » recouvre et indiquent bien ce que sont les champignons « vrais » et pourquoi les autres étaient considérés comme des champignons et ne sont plus aujourd'hui des Fungi mais sont toujours traités de champignons et étudiés historiquement par les mycologues.
Plutôt que « comme actuelle » (puisqu'une partie des Oomycètes sont mal classés dans les protistes) utiliser « au sens vernaculaire − à savoir les Fungi, les Myxomycètes, les Oomycètes (et d'autres selon ce que décideront les spécialistes) − ».
De toute façon quelque soit le choix fait il faudra bien à un moment ou un autre définir ce qu'il y a sous ce terme vernaculaire, ne serait-ce que pour la santé du portail et des articles. Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 23:23 (CEST)
Le portail n'est pas une source. Je te conseilles plutôt de t'en référer à un bouquin de taxonomie qu'à Wikipédia. Ensuite je vois qu'on continue de parler d'algues bien que cette catégorie a fait l'objet d'un vif débat sur WP:LCB. Faites au mieux moi je laisse tomber.--pixeltoo (discuter) 24 mai 2013 à 23:38 (CEST)
« un bouquin de taxinomie » : ai-je jamais prétendu que les « faux champignons » sont des « vrais champignons », des « Fungi » ? Non. Par contre je prétends, et je ne suis pas le seul, que le terme vernaculaire « champignon » recouvre plus que les Fungi, comme le disent portail et articles, des articles de divers auteurs, des dictionnaires… Si ce que disent tous ces gens est faux c'est grave… La question est bien de vouloir utiliser une charte recoupant strictement les Fungi ou bien une charte recoupant le terme vernaculaire. Que la seconde solution ne te plaise pas semble clair et tu rejoins l'avis de Pinof sur ce point. Hexasoft (discuter) 24 mai 2013 à 23:47 (CEST)
Une petite précision au passage : je n’ai pas « commencé » à (ré)intégrer les champignons, j’ai « continué » à la faire, comme je le fais régulièrement depuis plusieurs années, sans que cela ait jamais posé le moindre problème jusqu’à maintenant, et de nombreux articles sur les champignons ont bien été créé avec la charte / le thème champignon dès le départ, et l’ont conservé sans que cela ait posé le moindre problème jusqu’à maintenant. TED 25 mai 2013 à 00:17 (CEST)
J'avoue avoir parlé de « commencé » vis-à-vis du début de cette histoire, mais comme je l'avais indiqué quelque part dans le foutoir plus haut il y a des articles de faux-champignons utilisant la charte champignon depuis (au moins) 2010 Émoticône sourire.
Bon, on vote alors ? Au final on a toujours le même choix : d'un coté certains veulent que le premier champs d'une taxobox signifie "règne" et corresponde à un découpage taxinomique − pour ce qui nous concerne ici qu'on utilise "Fungi" ou qu'on dise que "champignon"="Fungi" − et d'un autre coté certains veulent que le premier champs d'une taxobox signifie « charte » ou « thème » et corresponde à un découpage thématique − pour ce qui nous concerne ici qu'on utilise "champignon" pour tout ce que recoupe le terme vernaculaire champignon. Comme le disait Totodu74 plus haut l'analyse précise des conséquences peut se faire une fois le choix fait (dans le premier cas décider où on range les champignons non Fungi, dans le deuxième cas mettre dans la charte ces champignons non Fungi).
Ci-dessous une formulation de vote à valider. Hexasoft (discuter) 25 mai 2013 à 11:50 (CEST)

Avis

Pour un découpage taxinomique des champignons (champignon devient Fungi, les non-Fungi devront trouver une charte d'accueil éventuellement à créer), et donc contre un découpage vernaculaire des champignons :

  1. …

Pour un découpage selon les codes de nomenclature (champignon reste et comprend tous les champignons vernaculaires tels que définis dans les divers articles ici et ailleurs), et donc contre un découpage taxinomique des champignons :

  1. …

Neutre :

  1. …
OK pour cette formulation. - Cymbella (répondre) - 25 mai 2013 à 12:10 (CEST)
Va aussi pour cette formulation. Totodu74 (devesar…) 27 mai 2013 à 12:13 (CEST)
J'aurais plutôt mis découpage taxinomique versus découpage selon les codes de nomenclature. C'est moins TI que de se référer au langage vernaculaire, non ? -- Amicalement, Salix [Converser] 27 mai 2013 à 12:45 (CEST)
D'accord avec Salix, sa formulation étant bien meilleure que mon bafouillage Émoticône sourire. Totodu74 (devesar…) 27 mai 2013 à 12:58 (CEST)
J'ai modifié en fonction. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 17:57 (CEST)

Réticences à ce stade vis à vis d'un vote

Tout d’abord pouvoir utiliser deux couleurs dans le portail mycologie n’est pas une erreur monumentale à réverter dans l'urgence. C’est un premier point à acter.

  • La solution 1 utiliser champignon=fungi permet d’être cohérent avec le portail qui s’articule sur la classification des champignons. Faire dériver la notion de taxinomie vers une notion vague de thème n’est pas consensuelle. Je l’ai constaté sur la page de discussion de Liné1 où a été traité le passage de règne à charte et la notion un portail une couleur n’a pas de fondement.
  • La solution 2 utiliser champignon=tout ce qui était traditionnellement considéré comme champignon est fortement sujette à une notion de point de vue et comment peut-on imaginer qu’un vote interne va pouvoir décréter que les myxomycètes sont des champignons. On ne peut pas non plus se raccrocher aux codes de nomenclature pour la classification qui fixeraient par exemple que les microsporidies ne sont pas des champignons.--Pinof (d) 31 mai 2013 à 18:13 (CEST)
Excuse-moi mais tout ça est ton avis, non ? Le principe de travail collaboratif c'est que c'est la communauté qui décide, pas toi.
Ton premier point : personne n'a dit qu'utiliser 2 couleurs était impensable. L'avis à donner est justement sur ce choix.
« La solution 1 utiliser champignon=fungi permet d’être cohérent avec le portail qui s’articule sur la classification des champignons » : non, ça permet d'être cohérent avec ta vision des choses. Merci d'accepter que d'autres puissent avoir une vision différente, qui est que champignon=champignon permet d'être cohérent avec le portail qui s'articule sur les champignons, ou avec l'article champignon.
« Faire dériver la notion de taxinomie vers une notion vague de thème n’est pas consensuelle » : encore et toujours ton avis. Et si c'était consensuel ça serait déjà fait. Le principe de choisir est de trancher (comme, par exemple, l'utilisation des "ë"). Et puis il n'y a aucune dérive. Tu es le seul à croire que le premier paramètre est un règne au sens classification du terme. D'ailleurs si c'était un élément de classification on aurait utilisé les noms scientifiques, bien moins sujets à doute. C'est d'ailleurs la seule chose qu'à décidé de faire Liné1, à savoir remplacer "règne" par "charte" dans les documentations afin de refléter ce que sont les taxobox (Liné1 et moi-même sommes bien placé pour le savoir : nous avons créé les taxobox actuelles ainsi que les précédentes).
« est fortement sujette à une notion de point de vue » : de toute façon vouloir mettre Fungi ne fait que déplacer que "point de vue" → il faudra bien déterminer les laissé-pour-compte (quand tu proposais de créer un "Eucaryote CIN" c'était bien pour y ranger ces éléments, non ? Il faudra donc bien les définir quoi qu'il en soit.
Et comme c'est écrit plus haut la question est charte=Fungi ou charte=champignon, rien d'autre. Déterminer ce qui va sous ce dernier terme sera de toute façon à déterminer, mais indépendant de la solution choisie.
Donc, merci d'accepter que chacun ici a bien compris ce que tu voudrais et pourquoi tu le voudrais, et surtout d'accepter qu'on peut en toute connaissance de cause ne pas être de ton avis.
Note par ailleurs que je n'ai personnellement que peu de préférence entre les deux solutions, si ce n'est que comme ce n'est qu'un choix éditorial j'ai tendance à choisir celui de moindre changement. Mais ton comportement est excessivement pénible car à chaque fois on a vraiment l'impression que tu ne lis pas ce qu'on écrit, que tu es incapable de supposer qu'on puisse avoir compris ton point de vue sans le partager, que tu ne traites jamais les éléments exprimés mais que tu en sors d'autres. Et surtout tu ne sais pas admettre que les autres puissent choisir ce qui ne t'agrée pas. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 18:30 (CEST)
Note : « Réticences à ce stade » → c'est quand même amusant. J'ai indiqué plus haut que j'avais compris ce que tu voulais dès les premiers échanges. Les kilo-octets qui ont suivi sont pour moi liés au fait que tu ne lis pas ce qu'on dit et que tu pars dans tous les sens. On aurait pu limiter tout ce temps et ce bruit, donc le « à ce stade » en est encore « à ce stade » en grande partie par ta faute. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 18:35 (CEST)
La solution changeant moins de chose c'est aussi choisir la solution de facilité celle des conservateurs et refuser de reconnaître ses erreurs c'est pas vraiment l'esprit wiki.--pixeltoo (discuter)
Blablabla, pixeltoo, qui toujours critique et jamais ne propose.
Il ne s'agit pas d'erreur pour moi. C'est un choix de thème. Ce thème peut être les « champignons », en accord avec l'article champignon et la thématique du portail mycologie, ou ça peut être les Fungi, en accord avec la taxinomie des Fungi. Les deux ont du sens, les deux imposent de bien décider ce qui est champignon-sans-être-Fungi. Que tu es une préférence c'est ton droit. Merci de ne pas considérer que je n'ai pas ce droit ou que ma préférence est une erreur. En gros : ne viens pas m'asséner tes vérités, elles m'indiffèrent. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 19:21 (CEST)
Conflit d’édition — TED a parlé d'erreur monumentale. La notion de protiste pour la couleur n'avait jamais été mise en cause auparavant. Je n'ai pas fait le portail, ni les articles qui ont choisit protistes ou algues. Pour le "ë", vous avez choisit de le supprimer, j'ai défendu mon point de vue mais je remarque qu'au départ c'était présenté non pas comme une convention à choisir mais comme une erreur monumentale. De toute façon, ce n'est pas une méthode envisageable que d'établir par vote une règle interne pour dire les myxomycètes sont des champignons. --Pinof (d) 31 mai 2013 à 19:33 (CEST)
Parler d'erreur, alors qu'il s'agit d'un choix de pure convention est une erreur, il faut savoir le reconnaitre. Quand à savoir ce qui est fungi, les mycologues l'ont fixé, nous sommes tous d'accord et quand à déterminer ce qui est traditionnellement traité par les mycologues et peut concerner le portail, je ne vois pas de problème non plus, il existe une longue tradition de littérature bien ancrée. Pour ce qui est de la notion de thème, c'est une notion bien floue et assimiler un portail à un thème puis à une couleur est une pratique bien dangereuse. Si on décide de faire un portail sur les amibes ou les hétérokontes qui arbitrera les couleurs entre portails ? --Pinof (d) 31 mai 2013 à 19:51 (CEST)

Je vais faire une proposition. Une idée qui me trotte depuis un moment. Je peux détailler mais je vais l'énoncer de façon résumée. Un dernier recours pour les personnes qui se sentiraient lésées par l'issue du vote serait de laisser la possibilité en utilisant judicieusement les feuilles de styles le choix des couleurs et donc de leur découpage. --pixeltoo (discuter) 31 mai 2013 à 19:58 (CEST)

@Pinof : tu vas arrêter avec ce que TED à dit ou pas ? Il me semble qu'ici tu parles avec moi, non, comme je l'ai dit avant je n'en ai rien à faire de ce qu'intel t'a dit ou pas, quand tu réponds à ce que je dis tu évites de parler des autres, merci.
Oui, Fungi est fixé. Ce qui est champignon aussi même si ça varie plus. Pour le reste : « flou, dangereux » → c'est ton avis. Encore une fois merci de respecter le fait que d'autres n'ont pas ton point de vue en toute connaissance de cause.
Au final c'est quoi le propos ? On attend que toi tu dises qu'on peut choisir ? De toute façon tu ne voudras jamais valider un choix si tu penses qu'il ne sera pas dans le sens de ce que tu veux. On attend un argument décisif que tu n'as pas eu l'occasion de placer dans les kilo-octets précédents ?
@Pixeltoo : je ne comprends pas de quoi tu parles. S'il s'agit de permettre à tout un chacun de choisir des préférences personnelles pour visualiser les « chartes » sous une forme différente ça ne peut servir qu'à contenter quelques éditeurs réguliers. Le lecteur lambda a la configuration par défaut et verra donc ce qu'on aura choisi comme thème par défaut. Et c'est bien ça qu'on choisi. Parce que sinon chacun peut librement surcharger son CSS pour − par exemple − n'avoir aucune couleur dans les taxobox… Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 20:09 (CEST)
Si je me rappelle bien si on est encore là c'est de ne pas avoir introduit un nouveau paramètre par souci de simplicité. Or ce paramètre peut très bien être externaliser vers Wikidata. Qu'est-ce qui peux intéresse le lecteur ? Connaître l'état actuel de la science ou bien de continuer avec les croyances d'antan. Ensuite contenter l'éditeur régulier c'est aussi contenter ceux qui font l'encyclopédie ça peut devenir un outil pour eux pour repérer le domaine qui les intéresses (ie les Algues parmi les plantes).--pixeltoo (discuter) 31 mai 2013 à 20:22 (CEST)
Je n'ai pas dit que c'était « mal » de pouvoir configurer les choses. Simplement que c'est sans doute déjà possible quoi qu'il en soit.
Au passage non, on en est pas là à cause de « ne pas avoir introduit un nouveau paramètre », mais parce que tout le monde ne considère pas comme une solution allant de soit d'ajouter un paramètre. Peux-tu toi aussi supposer que les gens sont grands et capables de faire − comme toi − des choix basés sur des éléments factuels sans forcément arriver à la même conclusion que toi ? Ça s'appelle supposer la bonne foi, voire supposer que les autres sont pourvus d'un cerveau et capables de s'en servir.
Quant à « croyances d'antan » c'est ton POV. De toute façon croire que la couleur va illuminer les lecteurs sur la classification me semble être plus qu'utopique. Et il n'y a pas de croyance, il y a une classification qui évolue et il y a un terme vernaculaire existant, qui est largement en retard sur cette classification. C'est le contenu des articles qui doit expliquer tout ça.
Le point de vue de certains est qu'un thème champignon (en fait le terme "mycologie" serait plus adapté que "champignon" à mon sens si ce choix devait être fait, mais ça reste un nom de convention interne après tout) est tout autant valide qu'un autre. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 20:36 (CEST)
Conflit d’édition —Je parle de TED parce que sa façon d'intervenir génère des problèmes. Beaucoup d’énergie a été déployée pour supprimer le ë, je me suis incliné, oui ou non ? Les myxomycètes sont des champignons, est ce que c'est un choix que l'on peut résoudre par vote ?--Pinof (d) 31 mai 2013 à 20:44 (CEST)
Question générer des problèmes vous êtes tous les deux à égalité. À mon sens beaucoup d'énergie n'a pas été déployée pour supprimer le ë, c'est surtout toi qui a déployé beaucoup d'énergie à refuser le choix des autres. Faut-il qu'on aille dans ton sens pour « préserver l'énergie » si on n'est pas de ton avis ?
Quant aux myxomycètes la question se pose, mais ce n'est pas celle en cours. À moins que tu prétendes que l'acceptation dans le langage du terme français « champignon » il n'existe que les Fungi la question du choix de la charte se pose pour les champignons non Fungi et c'est le propos de cette décision. Savoir ce qui est encore « champignon » ou pas est un problème à résoudre dans tous les cas. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 21:03 (CEST)
Je n'en reviens pas que tu ne puisses admettre qu'il puisse exister pas de croyances. Toutes les classifications se valent ? --pixeltoo (discuter)
Mais de quoi tu parles ? Les termes vernaculaires n'ont rien à voir avec la classification. Et peux tu ré-écrire « que tu ne puisses admettre qu'il puisse exister pas de croyances », ce n'est pas clair. Je ne vois pas ce que viennent faire les croyances là-dedans. Le mot « champignon » s'applique en français à un certain nombre d'organismes. La classification se base sur des éléments scientifiques (même si elle évolue). Les deux évoluent de leur coté. Il est certain que le terme champignon continue d'évoluer et il est probable que cette évolution se fera dans le sens de la classification. En attendant on n'a pas à occulter le sens du terme français mais au contraire à expliquer clairement ce qu'il recouvre et en quoi il n'est pas en accord avec les analyses scientifiques.
On ne parle pas de la même chose. De toute façon vu ton opinion affichée sur le traitement des termes vernaculaires je ne vois pas trop l'intérêt de parler de ça avec toi… Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 21:36 (CEST)
Conflit d’édition —Je ne me fais pas trop d'illusion le choix se fera sur la facilité, c'est à dire ici sur une certaine connivence. A partir du moment où l'on pourra dire, même en tirant sur la corde, que les deux choix sont possibles, les habitués viendront plussoyer. C'est le choix à la popularité, vous me l'avez expliqué sur ma page de discussion. Mais ce n'est pas productif. Je suis le projet mycologie depuis sa création, je constate bien que le nombre de contradicteurs de TED diminuent. Les deux premiers cas dont je me souviens, c'est le fondateur du portail puis le réalisateur du déploiement du portail. Je n'ai pas suivi tous les tenants et les aboutissants, mais ils sont partis suite à des conflits avec TED. Si on veut du contenu, on doit aussi débattre sur la façon de faire, c'est finalement aussi important que les accents ou la couleur. Pour repartir sur la réponse à Pixeltoo, on n'occulte pas la notion traditionnelle de champignon, c'est le rôle du portail d'établir un thème pas celui de la boite de taxinomie.--Pinof (d) 31 mai 2013 à 21:48 (CEST)
Mais bien sûr : si je ne suis pas d'accord avec ta façon de voir, c'est de la « facilité », de la « connivence », de la « popularité », du suivisme. Et bien sûr je suis non productif.
Ne t'en déplaise je suis assez grand pour me faire mon opinion tout seul, à partir des éléments qu'indiquent les autres (toi y compris), et j'estime avoir les mêmes capacités que toi à tirer des conclusions.
Pour le reste baste, il est inutile d'en discuter encore. Tu n'as pas la même opinion que moi. La différence est que je ne considère pas que tu es ceci ou cela de par ton opinion qui n'est pas la mienne, ce qui n'est visiblement pas ton cas. Hexasoft (discuter) 31 mai 2013 à 22:16 (CEST)
Pour l'aspect productif, je juge sous l'angle du portail mycologie et de son contenu, pour Epichloe, une fois la suppression du tréma acquise, le sujet n’intéressait plus personne, il n'y a plus eu le moindre apport, ne serait-ce que pour rectifier les liens interlangue. Tu veux un vote, l'avenir jugera, je propose :
  1. Charte=Fungi, la couleur a une valeur de classification et les Fungi uniquement apparaissent en bleu.
  2. Charte=mycologie, la couleur n'a pas de valeur de classification, tous les boites du projet apparaissent en bleu.

--Pinof (d) 1 juin 2013 à 09:00 (CEST)

C'est exactement ce qui est proposé plus haut, si ce n'est qu'on gardait le terme "champignon". Pour le ë oui et ? Comme pour tout le reste ça se fera à son rythme. Il y a des tas de choses qui encore à l'heure actuelle ne respectent pas les conventions en biologie. Préciser le cadre d'utilisation c'est éviter d'accumuler de nouveaux trucs. Par ailleurs il faudrait que je réactive la détection des "caractères invalides dans les noms scientifiques" ce qui permet d'avoir les articles concernés. Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 09:25 (CEST)
« Pour le ë oui et ? » "et" c'est que les règles ne servent à rien, s'il n'y a pas de contenu sinon j'écrivais à TED le 3 mai « Tu peux changer les choses et imposer une nouvelle règle interne qui dit que les oomycètes sont des champignons et doivent apparaitre en bleu. Propose la dans le projet mycologie, je participerai au débat mais cela me semble une démarche bien contreproductive », je vous laisse opérer, on verra donc comment les choses vont évoluer. --Pinof (d) 1 juin 2013 à 09:43 (CEST)
Et s'il n'y a pas de règle chacun fait ce qu'il veut avec des articles utilisant des conventions différentes, c'est mieux ? Mais ceci a déjà été débattu et − comme dit plus haut − ce serait bien de considérer que d'autres peuvent avoir un avis « éclairé » différent du tiens.
Pour champignon : est-ce que pour toi le terme français veut dire exactement Fungi ? Merci de répondre à cette question.
Pour moi la réponse est clairement non au regard des dictionnaires, articles, sites et autres qui continuent de présenter − par exemple − les mildious comme des champignons, même si un bon nombre prennent soin de préciser que se ne sont pas des « vrais » champignons.
Et de toute façon la question n'est pas là. La question est de savoir si les articles du portail mycologie sont présentés avec une même charte ou si les articles du portail mycologie sont présentés avec 2 (ou plusieurs) chartes graphiques basées sur la taxinomie. Tu considères comme affreux de mettre le bleu champignon sur des non-Fungi, d'autres considère que l'inverse est affreux, ou encore (c'est mon cas) que ça n'a aucune importance car c'est un regroupement thématique arbitraire qui dépend de nos choix.
Au passage, s'il n'y a que ça pour te faire plaisir, je vais créer les articles sur les espèces d'Epichloe. Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 10:08 (CEST)
Une règle peut être utile et nous n'en avions pas définie explicitement.
Pour champignon, on retrouve souvent une bonne correspondance entre fungi et champignon mais l'usage varie encore. J'ai justement essayé d'éviter des débats inutile en utilisant règne=Fungi. Si c'est un débat qui s'avérait nécessaire, je ne me défilerait pas référence à l'appui.
Les boites de taxinomie ne sont pas tout à fait arbitraires. Elle ne sont pas seulement un thème, elles ont un lien avec la taxinomie. Que fais tu si des portails amibes ou hétérokontes voulaient définir leur propres couleurs ?
Sur Epichloë, c'est une digression mais c'est quand même intéressant. Comment veut-on privilégier l'apport de fond dans Wikipédia ? Un premier point est que je trouve l'outil de Line1 bien fait utile et que je sais m'en servir mais générer des squelettes en masse avec des robots par des contributeurs très éloignés du sujet ne me semble pas spécialement pertinent si l'on veut favoriser le contenu. Ce n'est bien sûr qu'une opinion.
Ce que tu demandais, c'était d'arriver à un consensus par un vote, tu peux te lancer puisque tu es exactement d'accord avec la proposition :
  1. Charte=Fungi, la couleur a une valeur de classification et les Fungi uniquement apparaissent en bleu.
  2. Charte=mycologie, la couleur n'a pas de valeur de classification, tous les boites du projet apparaissent en bleu.

--Pinof (d) 1 juin 2013 à 11:19 (CEST)

Je ne trouve pas les débats inutiles. Comme je l'ai dit plus haut il faudra de toute façon définir ce qui relève de la mycologie (hors Fungi) ne serait que pour savoir dans quelle charte les ranger (si #1 choisi) ou lesquels ranger dans champignon (si #2 choisi).
Pour prendre un exemple qui me concerne je n'ai rien contre la création de thèmes plus précis. Si d'aventure le portail herpétologie voulait une charte « herpétologie » ça ne me semblerait pas plus curieux qu'une charte « algue » (ou même « virus » dans lequel sont rangés des entités dont on n'est pas certain qu'ils soient effectivement des virus). Et cette charte contiendrait deux groupes de taxons inférieurs au règne, distincts. Comme je l'ai dit pour moi la couleur n'est rien d'autre qu'un classement thématique permettant d'afficher une unité de couleur entre des articles biologiques ayant une unité de thème (le portail herpétologie). La taxinomie se fait dans la lignes de classification et dans l'article, et la couleur n'est pas assez porteuse de sens pour le lecteur à mon sens pour lui accorder plus que le statut de convention interne (de toute façon le lecteur ne sait pas à quoi correspondent ces couleurs). Note : il est certain qu'avant ce type de création − que nous n'envisageons pas car semble-t-il aucun d'entre-nous n'accorde beaucoup d'importance à la couleur de la taxobox) − on soumettrait la question aux biologistes de WP car ça concerne tout le monde.
Pour les Epichloë le fond est à privilégier. Mais depuis près de 5 ans que le portail existe les Epichloe n'ont jamais été créées. Est-ce qu'un article comme Epichloe amarillans que je viens de créer est un frein à tout développement de fond ? On y trouve la classification correcte de ce champignon, une introduction indiquant ce que c'est, la publication originale ainsi que des liens vers les classifications. C'est une base qui sera sans doute bien plus facile à retoucher et compléter par un mycologue de passage que s'il lui faut créer un article à partir de rien (lui ne connait probablement pas le logiciel de Liné1 et sans doute pas bien la syntaxe wiki comme par exemple l'insertion de références). Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 11:45 (CEST)
Ce qui relève de la mycologie (hors Fungi) ne pose pas de problème. Il s'agit des oomycètes, des myxomycètes, des plasmodiomycètes, des Labyrinthulomycetes et des acrasiomycètes. Le choix de la charte protiste se tenait. Le terme protiste lui même n'est pas complètement obsolète, c'est celui que je retrouve dans deux articles récents (Exploring slime mould diversity in high-altitude forests and grasslands by environmental RNA analysis Auteurs: Kamono, Akiko; Meyer, Marianne; Cavalier-Smith, Thomas; et al. Source: FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY Volume: 84 Issue: 1 Pages: 98-109 DOI: 10.1111/1574-6941.12042 Published: Avril 2013) ( Ecological niche models reveal the importance of climate variability for the biogeography of protosteloid amoebae Auteurs : Aguilar, Maria; Lado, Carlos Source: ISME JOURNAL Volume: 6 Issue: 8 Pages: 1506-1514 DOI: 10.1038/ismej.2012.12 Published: aout 2012). Mais on peut choisir aussi un terme plus consensuel.
Associer une charte de taxinomie à un portail n'est pas (à mon avis) logique et est source de problème.
Créer des ébauches en masse par robot finit par nuire à la qualité et certains Wikipédias, par règles internes, interdisent cette méthode. Pour ma part dans certains cas, je trouve les ébauches utiles mais ne nous dispersons pas trop. --Pinof (d) 1 juin 2013 à 14:35 (CEST)
Tu trouves que ce n'est pas logique et source de problème. Je trouve que ça se défend autant qu'un choix taxinomique, et je ne vois guère de problème possible, puisque ça ne concerne que les rédacteurs. Chacun sa vision des choses.
Les protistes restent connus mais sont un groupe paraphylétique, il est fort probable que ce taxon fourre-tout éclate à moyen terme, ce sera à mon sens un groupe amené à changement, sauf si on conserve un regroupement vernaculaire « protiste ». Toutefois, contrairement à « champignon », je doute que ce terme français ait un grand impact chez les francophones (il n'a pas à mon avis − mais je peux me tromper − d'existence dans la langue parlée) ce qui fait que ce cas me semble différent de celui des champignons.
Pour les ébauches WP.fr n'interdit pas ce genre de chose. De toute façon qui a parlé de robot ? Pas moi en tout cas. Je n'ai pour ma part jamais créé d'article que je n'ai édité manuellement, même si je suis aidé par divers programmes pour collecter les éléments initiaux (par exemple aucun robot ne résoudra le nom complet des auteurs, ou ne trouvera la publication originale, ou lira cette publication pour indiquer de quelle plante un champignon est le parasite). Et des articles j'en ai créé plusieurs milliers. Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 14:47 (CEST)
Oui, créer des ébauches avec des outils automatiques n'est pas interdit, on peut quand même se poser des question de l'impact sur la qualité. Ceci dit Epichloe amarillans m'intéresse, j'avais envie de m'y lancer et de le compléter.
Oui, on peut créer un portail herpetologie et choisir une charte mais cela posera des problèmes de cohérences pour des organismes qui se retrouvent dans plusieurs portail.
Oui, on peut éclater les protistes. On leur conservera ou non la même couleur, cela complexifie les choses mais cela ne change pas notre question qui est de marquer différemment les Fungi des "protistes".
Impact sur la qualité ? En quoi les articles créés ont un impact sur la qualité ? La qualité de quoi d'ailleurs ? Les infos sont sourcées, l'article respecte les conventions, il est référencé (wikiliens, catégories, portail…). Il y a bien plus à craindre d'ébauches créées par des novices qui peuvent passer inaperçu de tous (par l'absence de catégorie et portail par exemple). J'en vois régulièrement. Sérieusement, peux-tu dire en quoi la qualité peut être impactée ? Et, encore une fois, je n'ai jamais parlé de robots, je parle uniquement d'articles créés par des humains en utilisant les outils disponibles, comme le sont les 4 articles d'Epichloe créés.
Il n'y a pas plusieurs portails. Dans la biologie on met toujours et uniquement le portail le plus précis : portail herpétologie, mais pas portail zoologie ni portail biologie (je ne parle pas des portails relatifs, comme ceux liés à des pays (faune endémique) ou autre : on n'utilise pas une infobox "maritime" pour les poissons même si le portail est présent). Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 15:30 (CEST)
La question des ébauches est intéressante mais hors sujet, traitons là plutôt ailleurs.
Peut-être as tu raison et que les recouvrements entre portails sont inexistants. Cela ne me semble pas si évident par exemple entre le Portail:Microbiologie et le Portail:Mycologie. Pourquoi se compliquer les choses, on a deux concepts différents le portail et la boite de taxinomie, pourquoi vouloir les mélanger ?--Pinof (d) 1 juin 2013 à 15:51 (CEST)
Et pourquoi vouloir les séparer ? Comme je l'ai dit l'un et l'autre ont des avantages et des inconvénients. Mais, à la base, je ne partage pas ton point de vue sur le sens de la « charte » : tu lui donnes un rôle que je lui refuse et à partir le là ce que le code couleur signifie n'est pas la même chose, forcément.
Pour les ébauches c'est toi qui soulève le problème, pas moi. Tu dis que les règles ne servent à rien sans contenu, et quand j'indique que je peux créer ce contenu et tu embrayes sur des questions de robot et de qualité. Les robots je n'en ai jamais parlé, et la qualité je tente de comprendre en quoi une ébauche correctement faite peut nuire à la qualité (la qualité de quoi ? du portail ?). D'ailleur si je regarde par exemple Phellinus chrysoloma que tu as créé en quoi est-il mieux que les 4 articles que j'ai créé vis-à-vis de la qualité ? Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 16:16 (CEST)
Le terme règne était inapproprié, on est passé au terme charte, ce qui permet de concilier différentes approches par contre la notion de thème pour la boite de taxinomie est quelque chose qui t'es propre. Si tu veux que portail et boite de taxinomie soient confondus nous ne sommes effectivement pas d'accord (même pour le portail phycologie, il y a deux "chartes" différentes).
Oui des outils permettent d'avoir une bonne qualité au point de vue de l'uniformité et de de la présentation et aussi assurent une plus grande fiabilité pour recopier le contenu d'autres bases de données que la notre mais le contenu va bien au delà et, à mon avis, on ne fait un bon qualitatif que lorsque l'on arrive à intéresser à notre projet des personnes qui dominent leur sujet. C'est une digression, que j'ai été amené à faire suite à tes remarques sur ma conduite pendant un débat précédent mais pour des soucis de lisibilité je préférerais que nous continuions cette discussion ailleurs. --Pinof (d) 1 juin 2013 à 16:53 (CEST)
Thème ou charte. Je ne suis pas encore habitué à ce terme, qu'on a mis uniquement pour clarifier ce point qui était clair pour la plupart des autres. Il s'agit bien d'une charte pour la boîte de taxinomie. Ce qui nous différencie est que tu considères que la charte doit avoir un lien strict avec la taxinomie, moi non. Je ne veux pas forcément que charte et portail soit confondu. Par contre je n'ai aucune opposition à ce qu'il le soit, pour moi les deux choix sont valides car je ne considère pas comme toi que la couleur des taxobox a la moindre valeur taxinomique (seul élément visible pour le lecteur).
Pour la « digression » je ne vois pas de débat puisque je ne comprends pas de quelle qualité tu parles. Tu as créé − par exemple − Phellinus chrysoloma et tu es supposé être une personne « qui domine le sujet ». En quoi les créations que j'ai fait ont-elles un impact de qualité différent des tiennes ? En quoi la présence ou l'absence de cet article va changer l'attitude de ceux qui « dominent le sujet » ? Je ne vois vraiment pas ce qui peut être à traiter à ce sujet (« la question des ébauches est intéressante mais hors sujet, traitons là plutôt ailleurs ») : ni toi ni moi n'avons le droit d'interdire à qui le veut de créer des ébauches, par les méthodes qu'il veut, et les ébauches que j'ai faite sont du même niveau que celles que tu as créé. En l'absence d'élément factuel ce point est une non-discussion. Hexasoft (discuter) 1 juin 2013 à 17:22 (CEST)
D'après Pinof on délaisse ces articles car « le sujet n’intéressait plus personne, il n'y a plus eu le moindre apport ». Hum, de tels encouragements pour la moindre ébauche créée par un autre sont-ils propres à attirer les foules Émoticône ?... Allo quoi ! On est sur Wikipédia ! -- Amicalement, Salix [Converser] 1 juin 2013 à 18:46 (CEST)
Nous sommes d'accord que charte et portail n'ont pas à être obligatoirement confondus. Je considère effectivement qu'il serait logique que l'on puisse maintenir un lien entre charte et taxinomie pour la boite de taxinomie. --Pinof (d) 2 juin 2013 à 18:55 (CEST)

Utiliser une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ? (suite)

Voir plus haut le début du débat commencé en mai.

La question préalable est : sommes-nous dans l’erreur quand nous utilisons une couleur différente dans la boite de taxinomie pour distinguer les champignons d’autres organismes très éloignés mais d’apparence similaire ?— Le message qui précède, non signé, a été déposé par Pinof (discuter)
J'ai posé ici une question précise. La réponse est non, il ne s'agit pas d'erreur. Les oomycètes et les fungi appartiennent à des groupes très différents. Utiliser deux couleurs différentes n'est pas de l'ordre de l'erreur. Maintenant vous pouvez établir une règle interne pour que la couleur n'ait pas de valeur de classification et que toute les boites du projet apparaissent en bleu. --Pinof (d) 5 juin 2013 à 10:57 (CEST)
Tu es le seul à avoir parlé d’« erreur monumentale lorsque l'on utilise une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ? » Je répète ici ce que je t’ai mis hier soir sur ta pdd : J’ai parlé d’erreur au sujet du classement des Oomycètes dans les protistes, et pas au sujet d’autre chose, et je persiste : les Oomycètes ne sont pas des protistes. Ils étaient autrefois classés dans les champignons et sont maintenant dans les Stramenopiles, et les Stramenopiles ne sont pas des protistes. Pinof, tu as reconnu toi-même que : « on a ici répété en boucle que le terme de protiste n'était pas adéquat, alors que je n'ai jamais contredit sur ce point », alors il serait bon que tu arrêtes, et que tu cesses de prétendre qu’il n’y a pas d’erreur (ou alors, tu n’es pas cohérent dans tes propres propos). Et pour montrer ta bonne volonté, pourrais-tu restaurer les taxobox champignon (avec le paramètre règne=cacher) sur toute la série d’articles concernés ? TED 5 juin 2013 à 12:50 (CEST)
Je pose une question, tu réponds à autre chose, évidement cela ne fait pas avancer les choses et tu parles toujours en terme d'erreur à effacer. Le terme protiste est encore utilisé en 2013 pour des organismes autrefois rattachés aux champignons (voir plus bas "Exploring slime mould diversity ..." ou "Ecological niche models reveal ... "). Là n'est pas la question, protiste était non visible et utilisé uniquement en tant que choix de charte. J'ai évité de poser la question de la définition du terme protiste, tout comme j'ai évité de soulever la question de la définition du terme vernaculaire champignons pour éviter les débats inutiles. Le choix était de pouvoir utiliser deux couleurs bleu et kaki. Toi tu veux que désormais tout doit apparaitre en bleu, fais ta proposition et fais la valider. --Pinof (d) 5 juin 2013 à 14:05 (CEST)
Je ne réponds pas à autre chose, je signale que ton postulat de départ est faux dans ta question : tu poses la question « Peut-on parler d'erreur monumentale lorsque l'on utilise une couleur différente pour les oomycètes et les fungi ? », or je n’ai jamais parlé d’erreur monumentale lorsque l'on utilise une couleur différente pour les oomycètes et les fungi. J’ai parlé d’erreur monumentale quand tu classes les Oomycètes dans les protistes. Je parle d’Oomycètes, et tu réponds en parlant d’autre chose que les Oomycètes : tu ne comprends vraiment pas ? ou tu ne lis simplement pas ?
Je ne veux pas que désormais tous les champignons soient en bleu et je n’ai pas à faire valider une proposition, puisque c’était déjà le cas avant que tu ne t’amuses à en repeindre en jaune (en passant en force, ce qui t’a valu un blocage), et c’est ta proposition qui n’est pas validée. TED 5 juin 2013 à 14:40 (CEST)
Je n'ai pas dit que tu as dit que ... J'ai posé une question qui me semble un préalable, je n'ai pas parlé de TED. Si tu veux proposer une règle qui uniformise tout en bleu propose la que veux tu que je te dise ? --Pinof (d) 5 juin 2013 à 14:50 (CEST)

Ta question ici « sommes-nous dans l’erreur quand nous utilisons une couleur différente dans la boite de taxinomie pour distinguer les champignons d’autres organismes très éloignés mais d’apparence similaire ? » n'a aucun intérêt : tout ceci est débattu par ailleurs, je ne vois aucun intérêt à cette insistance de ta part alors que toi-même tu as pour habitude de ne pas répondre clairement aux choses.
Tu as reconnu par exemple que les oomycètes ne sont pas des protistes mais alors pourquoi as-tu rangé ces derniers dans les protistes ? Toi qui insiste pour avoir une charte en accord avec la classification des Fungi tu sembles te moquer complètement de ce qui peut arriver aux autres taxons.
Quant à cette question : tu connais déjà l'avis de chacun (sauf à penser que quand quelqu'un dit vouloir regrouper les oomycètes avec les Fungi sous une charte "champignon" il a en fait l'intention de faire quelque chose qu'il considère lui-même comme une erreur…). Peux-tu arrêter de faire perdre du temps à tout le monde en brassant des choses qui n'apportent rien. Ou alors (pour la je ne sais combien-t-ième de fois) tente l'expérience d'être précis dans ce que tu veux et pourquoi. Hexasoft (discuter) 5 juin 2013 à 14:51 (CEST)

@Pinof : si, tu m’as attribué cela ici.
La réponse à la question a déjà été donnée ici : « La question 1 (« erreur monumentale ») étant une fausse question (« faut-il différencier les champignons des champignons ? »), le vrai problème est en fait un faux problème. »
Donc je rejoins Hexasoft : pourrais-tu arrêter de faire perdre du temps à tout le monde ? TED 5 juin 2013 à 15:12 (CEST)
@TED oui j'ai réutilisé ton vocabulaire grandiloquent et pour la réponse à ma question tu as botté en touche, de toute de façon maintenant, je n'insiste plus alors arrête de tourner en rond, tu veux uniformiser et effectivement on observait des pratique divergentes, alors prend en compte les propositions qui ont été retenues et assume un minimum. Dans la requête aux administrateur que tu as suscitée, il t'a été de demandé de faire approuver les modification que tu envisageais par un consensus et on invitait à initier cette discussion. --Pinof (d) 5 juin 2013 à 17:07 (CEST)
… soupir…. -- Amicalement, Salix [Converser] 5 juin 2013 à 17:26 (CEST)
Émoticône... - Cymbella (répondre) - 5 juin 2013 à 22:01 (CEST)
bored Hexasoft (discuter) 6 juin 2013 à 00:00 (CEST)

Cela vous ennuie et bien moi aussi. En tout cas je suis plutôt content si il l'on s'abstient d'établir une règle pour que sur Wikipédia les oomycètes doivent apparaitre comme des champignons. Je regardais encore ce colloque à Paris, il y a deux jours. « Premières Journée Collections Mycologiques 4 juin 2013 à Paris, Amphi Coléou à l'AgroParisTech, 16 rue Claude Bernard de 10h à 17h30. Au niveau national, de nombreuses collections de champignons et oomycètes (mais aussi bactéries et virus) ont été constituées au gré des thématiques de recherches dans différentes équipes, tous instituts confondus. ». Les champignons et les oomycètes sont bien considérés comme deux notions distinctes.--Pinof (d) 6 juin 2013 à 09:23 (CEST)

Ce qui nous ennuie c'est ta manie de parler en boucle de choses qui n'apportent rien, de ne pas traiter les choses sur le fond, en bref de ne pas être efficace pour exprimer les choses. Ça a déjà été dit et visiblement c'est totalement vain. Hexasoft (discuter) 6 juin 2013 à 09:36 (CEST)
On n'accorde pas forcément la même importance aux mêmes points mais ce n'est effectivement pas très efficace d'insister avec un interlocuteur qui réfute d'emblée la question. Sinon par ailleurs, j'ai initié le débat, répondu à toutes les demandes et avancé des propositions. --Pinof (d) 6 juin 2013 à 12:30 (CEST)
Je cite les PF : « Recherchez le consensus ». Or les palabres tournent en rond, les médiateurs ont échoué et le vote a été refusé par droit de véto... On fait quoi ensuite ? Si on s'en réfère à l'article consensus scientifique : « Le consensus implique un accord général, mais pas nécessairement à l'unanimité ». Code international de nomenclature versus intitulé d'un colloque, qui fait le poids ? -- Amicalement, Salix [Converser] 6 juin 2013 à 13:09 (CEST)
C'est quoi cette histoire de droit de véto ? C'est quoi cet argument de Code international de nomenclature contre intitulé d'un colloque ? Cela ne correspond pas du tout à l'état du débat. --Pinof (d) 6 juin 2013 à 13:28 (CEST)
C'est plus ou moins de l'obstruction que tu fais. En parlant de l'intitulé du colloque, Salix fait référence à ta dernière intervention, qui ne fait pas avancer le schmilblick. L'état du débat en est, comme à son premier jour, comme résumé dans la proposition de vote d'Hexasoft : le paramètre charte doit-il avoir une logique taxinomique ou pas (vernaculaire, thématique, nomenclaturale). Il serait bon de passer au vote. Totodu74 (devesar…) 6 juin 2013 à 14:19 (CEST)
Conflit d’édition — « Cela ne correspond pas du tout à l'état du débat » ? Pourtant Réticences à ce stade vis à vis d'un vote est bien l'exercice d'un droit de véto. Et l'argument avancée par les uns est « ils sont cités dans le préambule 8 du Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes », versus dernier argument contradictoire avancé « Je regardais encore ce colloque (...) : Au niveau national, de nombreuses collections de champignons et oomycètes (mais aussi bactéries et virus) ont été constituées au gré des thématiques de recherches dans différentes équipes, tous instituts confondus. ». C'est un peu condensé, je te l'accorde, mais cela résume bien àmha l'état actuel de ce débat qui tourne en rond. -- Amicalement, Salix [Converser] 6 juin 2013 à 14:24 (CEST)

Cette section "erreur monumentale" a été ouverte pour une question de méthode de travail. Prétendre détenir la vérité est peu propice au dialogue. Pour moi c'était un point essentiel à souligner mais je n'insiste plus cela ne sert pas. Vous pouvez cependant relire ci-dessus, d'emblée il est affirmé que les myxomycètes et les oomycètes sont des champignons. La référence d'un colloque récent, permet au moins de relativiser cette affirmation. Quand à parler de droit de véto pour la section "Réticences à ce stade vis à vis d'un vote", il suffit de lire pour comprendre qu'il n'en est rien. J'ai écrit "Ce que tu demandais, c'était d'arriver à un consensus par un vote, tu peux te lancer puisque tu es exactement d'accord avec la proposition :

  1. Charte=Fungi, la couleur a une valeur de classification et les Fungi uniquement apparaissent en bleu.
  2. Charte=mycologie, la couleur n'a pas de valeur de classification, tous les boites du projet apparaissent en bleu."

La proposition a été également été précisée sur ma page de discussion, où avait lieu une digression sur l'influence des ébauches sur la qualité du projet. --Pinof (d) 6 juin 2013 à 17:30 (CEST)

C'est plus ou moins ce que je résumais :
  1. charte=Fungi ; la couleur a un rôle taxinomique
  2. charte=champignon ; la couleur a un rôle thématique ou nomenclatural
On lance le vote ? Totodu74 (devesar…) 6 juin 2013 à 18:58 (CEST)
C'est quand vous voulez. -- Amicalement, Salix [Converser] 6 juin 2013 à 19:57 (CEST)

Remplacer mycologie par champignon, c'est prendre parti pour dire que Fungi est différent de champignon. C'est aussi introduire un biais technique. Une proposition est avantagée parce que plus simple, il n'y a pas besoin de changer les modèles. J'avais proposé :

  1. Charte=champignon, la couleur a une valeur de classification, champignon étant pris au sens strict et les Fungi uniquement apparaissent en bleu.
  2. Charte=champignon, la couleur n'a pas de valeur de classification, tous les boites du projet apparaissent en bleu, champignon étant pris au sens large.

Autre chose, la consultation intervient après les échanges d'arguments, il nous faut donc la placer plus loin après la discussion.--Pinof (d) 6 juin 2013 à 22:59 (CEST)

Si tu veux que « charte=bidule » remplisse automatiquement le champ règne=Fungi et que les non-Fungi en soient exclus (donc suppression du paramètre règne=cacher, devenu inutile) autant énoncer la chose clairement à l'usage de tous ceux qui seront amenés à participer au projet et mettre « charte=Fungi». -- Amicalement, Salix [Converser] 6 juin 2013 à 23:26 (CEST)
Oui, le terme Fungi serait la solution la plus propre, comme c'est expliqué dans la section Fungi ci-dessous. Mais actuellement, c'est le paramètre champignon qui remplit automatiquement le champ règne=Fungi. On peut donc aussi continuer comme cela et régler la question pour une convention interne. L'important, c'est qu'aucune des propositions de l'alternative, ne soit désavantagée par des considérations techniques. Donc soit on utilise Fungi et mycologie soit on retient champignon pour les deux.--Pinof (d) 7 juin 2013 à 09:04 (CEST)
Si on te suit, quelle que soit l'issue du vote cela donnerait donc plein de travail à notre Hexasoft convalescent... Il est plus simple àmha d'avoir au moins un choix qui laisse son ulcère en paix, non ? Puisque l'une des options est totalement invisible pour les lecteurs Émoticône. -- Amicalement, Salix [Converser] 7 juin 2013 à 09:55 (CEST)
Non ce n'est pas obligé. Si l'on retient le paramètre champignon cela permet de continuer à travailler sans faire de changements techniques. Et pour les non fungi, l'usage de "protiste" (qui est totalement invisible pour les lecteurs) permettait jusqu'à récemment de travailler conformément aux usages en ce qui concerne les italiques. --Pinof (d) 7 juin 2013 à 10:23 (CEST)
La gestion des italiques pour toute la taxobox est récente, et les protiste étaient fautifs typographiquement parlant (la charte protiste n'était appliquée qu'à des protistes animaux avant tes modifs). Les oomycètes n'étant pas des protistes, on ne va pas utiliser cette charte pour ça. Il faudrait en créer une nouvelle, mais si on crée de nouveaux découpages dès que quelqu'un a une lubie, on ne s'en sort pas. Il faut choisir un critère non subjectif de nos découpages ; le découpage que tu proposes me paraît subjectif (pourquoi ne pas couper en deux végétal et animal, après ça ?). Totodu74 (devesar…) 7 juin 2013 à 10:30 (CEST)

La charte des protistes n'était pas utilisées que pour les protistes animaux et dans la plupart des cas ce n'est pas moi qui ait créé les boites de taxinomie et fait le choix de "protiste" dans les articles en question. La modification récente de la taxobox "protiste" est de ton fait. Les zoologistes n'avaient jusqu'à présent rien remarqué, ce qui n’empêche pas de corriger. Mais la modification au cours de discussion est quand même de nature à fausser le débat et en toute logique si l'on doit créer une nouvelle charte, c'est pour les zoologistes qui avaient une notation incorrecte. Quoiqu'il en soit, on n'est pas obligé de polémiquer et pour pouvoir retrouver la possibilité d'une pratique qui était existante, il nous faut simplement refaire la charte "protiste" sous un autre nom. Le découpage n'est pas subjectif. Le règne des Fungi est bien défini et les "protistes" fongiformes traditionnellement étudiés par la mycologie sont bien connus. Il s'agit essentiellement des myxomycètes, des oomycètes et plasmodiomycètes qui appartiennent à des groupes très différents (hétérocontes, amibes et rhizaria). Il y a une logique à faire des découpages plus fins mais c'est une autre question qui n'est pas d'actualité parce que si on mélange les problèmes, on ne s'y retrouve plus. La question est simplement de pouvoir continuer à distinguer Fungi et "protistes" fongiformes. --Pinof (d) 7 juin 2013 à 12:07 (CEST)

Pourquoi les champingons auraient-ils droit à un redécoupage, et pas les plantes, les animaux ? Totodu74 (devesar…) 7 juin 2013 à 12:49 (CEST)
Il ne s'agit pas d'un redécoupage, ni d'une proposition nouvelle, ni d'une lubie, les champignons en tant que règne des Fungi sont une identité stable et bien délimitée.--Pinof (d) 7 juin 2013 à 13:51 (CEST)
On ne suit pas un découpage par règnes. Plusieurs tels découpages existent, et ne font pas consensus ([5], [6]). Du coup, c'est arbitraire de redécouper les champis. Totodu74 (devesar…) 7 juin 2013 à 14:04 (CEST)
Je vois qu'il n'y a pas beaucoup de consensus formulés. En tout cas je ne vois nul part acté qu'il n'y a plus de lien entre la couleur et la classification et encore moins que la notion de règne ait été remplacée par celle de code, dans ce cas il n'y aurait plus de couleur pour les champignons qui dépendent du même code que les plantes. La notion de règne n'est pas évidente mais, elle reste pertinente en mycologie. En tant cas, il y a un usage assez fort au sein du projet mycologie pour distinguer les fungi des "protistes". Et ce qui est certain, c'est qu'au sein de ce projet, il n'y a jamais eu de décision prise pour utiliser une couleur unique liée au portail.--Pinof (d) 7 juin 2013 à 17:39 (CEST)
Rien n'a été acté, mais personne ne prétend que le découpage actuel est taxinomique. Je le souhaiterais nomenclatural, d'autres le qualifient de thématique mais au final, c'est le même résultat. — Le message qui précède, non signé, a été déposé par Totodu74 (discuter), le 8 juin 2013 à 14:48

@Salix : c'était pas un ulcère, et maintenant j'ai été opéré ça va mieux ;) Hexasoft (discuter) 8 juin 2013 à 11:58 (CEST)

@Hexasoft : Il a pourtant de quoi en attraper un Émoticône. Bon rétablissement. - Cymbella (répondre) - 8 juin 2013 à 14:01 (CEST)

Quand on n'arrive pas à se mettre d'accord, on vote !

Pour plusieurs chartes en mycologie, s'appuyant sur un découpage taxinomique (« charte=champignon » devient charte=Fungi ou reste inchangée, avec « champignon » pris dans le sens Fungi exclusivement, c'est pas le problème pour le moment). Les non-Fungi devront être répartis dans une ou plusieurs chartes distinctes, éventuellement à créer (à l'exclusion du « bleu-Fungi »). Et donc contre un découpage vernaculaire plus large, d'une couleur unique, s'appuyant sur le code de nomenclature des champignons :

  1. Pour garder un repère visuel qui était en cohérence avec le portail. Uniformiser est un retour en arrière, cela renforce une vision passéiste. D'autre part le libellé de la question est un peu trompeur, il n'y a pas le code de nomenclature des champignons et la mise en avant des codes de nomenclature au détriment de la classification va un peu plus contribuer à favoriser l'aspect formel au détriment de l'apport de connaissances. La boite de taxinomomie est par construction liée à la classification. Le code de nomenclature dans la boite n'a un rôle évident que pour la typographie. On opère un glissement de la boite de taximomie vers des groupements fourre-tout à l'image des algues. La primauté de l'identité des portails sur la classification est un germe de confusions futures. La solution retenue actuelllement n'entraine pas de multiplication de couleur, les organismes fongiformes utilisent la charte protiste et sont kakis.--Pinof (d) 8 juin 2013 à 07:41 (CEST)
  2. Pour cette solution. Ce repère visuel est important pour le lecteur et permet de situer l'espèce. Utiliser une même couleur pour les champignons (eumycètes et oomycètes) et d'autres organismes comme les myxomycètes tendrait à assimiler ces groupes phylogénétiquement très éloignés et aux modes de vie bien distincts; et amenerait donc a de nombreuses erreurs. Ce n'est pas parce que ces organismes ont été étudiés par une même discipline dans le passé qu'il faut conserver ces nomenclatures. Je pense que les eumycètes, les oomycètes, les myxomycètes etc. devraient avoir chacun leur propre charte et pourquoi pas les regrouper toutes dans le domaine de la mycologie. Pierre Gr
  3. Pour cette solution. Il est clair que les oomycètes, oomycota ou pseudofungi sont maintenant des Hétérokontes (avec les Ochrophytes et les Bigyres [Classe des Bygira, Cavalier-Smith T, Chao EE , 06]) et doivent représenter leur groupe propre, maintenant très éloigné phylogénétiquement (ça va faire 20 ans! (Van der Auwera G et al 95)). Même si leur mode de nutrition ressemble à celui des champignons, ça n'est définitivement plus de la mycologie.--Breugelius (d) 10 juin 2013 à 07:40 (CEST)
  4. Pour : taxobox bleue = Fungi. — PurpleHz, le 10 juin 2013 à 22:46 (CEST)
  5. Pour idem. --pixeltoo (discuter) 11 juin 2013 à 10:39 (CEST)

Pour une charte unique en mycologie, s'appuyant sur les codes de nomenclature (« charte=champignon » devient charte=mycologie ou reste inchangée, avec « champignon » pris au sens large, c'est pas le problème pour le moment). Les non-Fungi sont considérés comme étant des champignons au sens vernaculaire plus large et relèvent de la même charte, avec la même couleur que les Fungi. Et donc contre un découpage taxinomique en mycologie, selon qu'ils sont Fungi ou non-Fungi, avec des articles répartis dans une ou plusieurs chartes distinctes, éventuellement à créer (à l'exclusion du « bleu-Fungi ») :

  1. Pour Pour toutes les raisons ci-dessus et ailleurs. « la couleur ne doit pas véhiculer d'information majeure », c'est le corps de l'article qui compte. Si on multiplie des paramètres "charte" dans le but de distinguer visuellement (le terme choisi étant invisible du lecteur, hormis la typo et la couleur) les différents règnes en mycologie, c'est aussi multiplier les couleurs et leur donner une importance qu'elles ne devraient pas avoir. En cas de majorité pour la solution n°1, resterait encore à décider de ce qu'on fait des non-Fungi. Créer tout un tas d'infobox multicolores, pour des taxons plus ou moins instables, c'est multiplier encore les sources de conflits comme celui-ci. En fait, je suis favorable à une réduction, voire une uniformisation totale, des couleurs de taxons en biologie. -- Amicalement, Salix [Converser] 7 juin 2013 à 19:55 (CEST)
  2. Pour selon tous les arguments déjà développés, et pour garder « champignon » comme dans le titre du Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes, alors que le Congrès international de nomenclature botanique a justement écarté un autre titre avec botanique, phycologie et mycologie (argument déjà développé et avec les références à l’appui sur la page de discussion de Pinof). TED 7 juin 2013 à 20:42 (CEST)
  3. Pour cette solution la plus simple et qui n'empêche en aucune manière de donner une information systématique complète dans l'infobox pour préciser la position des non-Fungi. - Cymbella (répondre) - 7 juin 2013 à 22:00 (CEST)
  4. Pour sans préférence forte. Idem ci-dessus. J'aurai tendance à garder une modification plus en profondeur pour une refonte globale. Hexasoft (discuter) 7 juin 2013 à 22:13 (CEST)
  5. Idem avis précédents, grosso modo. Totodu74 (devesar…) 8 juin 2013 à 14:48 (CEST)
  6. plutôt Pour et entièrement d'accord avec Cymbella. La couleur de l'infobox ne sert finalement qu'à donner une idée très très générale du domaine dans lequel se trouve le sujet. Pour une information plus complète, on a tout de suite tout ce que l'on veut dans l'infobox. Et puis si on commence à multiplier les couleurs différentes pour les infobox, on finira par se retrouver avec Gibberella en bleu outremer, Nectria en bleu mésange et Calonectria en bleu électrique. --Vladjoachim (d) 11 juin 2013 à 09:23 (CEST)

Neutre :

  1.  Neutre On m'a invité à venir donner mon avis sur cette discussion, alors voilà. Je n'ai pas tout lu en détail, ça fait quand même un sacré pavé, mais aucune des solutions proposées ne me semble appropriée. J'ai toujours été contre le fait que le paramètre "règne" des taxobox soit utilisé pour indiquer un "thème". Le découpage en plusieurs thèmes plus ou moins arbitraires me semble relever d'un "travail original", ce n'est donc pas encyclopédique. Ma position a toujours été d'opter pour une vraie classification. Cela pourrait être vu comme contrevenant au principe NPOV, mais voilà, il n'existe qu'une seule classification publiée (celle de Cavalier-Smith, 6 règnes). En effet, le cladisme étant contre la paraphylie, empêche d'autres auteurs de proposer des règnes alternatifs (plusieurs sont forcément paraphylétiques). Dans cette solution les champignons (au sens du plan d'organisation et du mode de vie) seraient éclatés dans les 4 règnes suivants : Bacteria (pour les actinomycétales par exemple), Protozoa (pour les myxomycètes), Fungi (pour les champignons dits vrais) et Chromista (pour les pseudochampignons dont font partie les oomycètes). Quand au mot "protiste", il désigne pour moi un grade évolutif. Il se définit par l'absence de tissus différenciés chez un eucaryote. Certains champignons, même vrais, en font partie (les levures par exemple). En ce qui concerne la typographie j'ai également défendu mon opinion pour une uniformisation sur la base du CINZ. Evidemment, tout ce chaos wikipédien n'a que pour origine le chaos de la recherche scientifique dans ce domaine qui trouve lui-même son origine dans l'incohérence du paradigme (cadre idéologique) dominant qu'est le cladisme hennigien (refus dogmatique de la paraphylie, du concept de grade, et de tout un tas d'autres choses utiles pour organiser le monde vivant). Je sais que beaucoup de wikipédiens sont absolument contre ces opinions-là, je ne suis pas venu polémiquer une n-ième fois (encore une fois je suis  Neutre en ce qui concerne le débat actuel), je suis simplement venu donné mon avis (qu'il soit recevable ou non) par simple politesse parce qu'on me l'a demandé. --Iossif63 (d) 8 juin 2013 à 17:03 (CEST)
    Je suis, comme toi, partisan d'un découpage nomenclatural (voire d'une couleur unique). On a juste redécoupé le végétal et l'animal selon les déclarations des codes... Totodu74 (devesar…) 9 juin 2013 à 11:45 (CEST)
  2.  Neutre. Idem Iossif, en insistant sur le fait que je suis, apparemment de même que Toto le Noir, pour une limitation drastique dans le nombre des couleurs utilisées dans les taxobox, étant donné mon problème de vision des couleurs. Cdlt, VonTasha (d) 9 juin 2013 à 13:06 (CEST)

Impasse

Le vote ci-dessus semble être dans l'impasse. 5 contre 6, et 2 neutres. J'aurais pu changer mon vote neutre pour qu'on obtienne une égalité parfaite, mais je crois que la démonstration est faite que finalement le problème qui a été soulevé n'a pas de solution parce qu'il a été formulé de manière trop restreinte. Les vraies questions sont les suivantes : Que doivent contenir les taxobox ? Une classification "classique" avec des rangs ? Une claDification sans rangs ? Les deux ? Puisque de toute manière aucune classification ni cladification ne fait l'unanimité au sein de la communauté scientifique, sur quel(s) auteur(s) doit-on s'appuyer ? Il n'y a rien d'étonnant à ce que le système de taxobox de Wikipédia soit chaotique si chaque contributeur répond à ces questions d'une manière différente (Combien accepte-t-on de règnes ? Que contiennent-ils ?). La logique impose deux solutions radicales pour endiguer ce chaos : soit choisir une classification et s'y tenir, soit supprimer le système des taxobox (dans ce cas, une discussion complète de la phylogénie et de la classification a lieu dans une section appropriée de l'article). --Iossif63 (d) 14 juin 2013 à 12:36 (CEST)

A. Comprends tu le rôle typographique du paramètre charte (une partie de cette discussion a été de faire disparaître le mot règne qui prêtait à confusion) ? Ta proposition des 6 règnes de Cavalier-Smith ne règle pas le problème : les Chromista par exemple, contiennent des taxons à gérer en typo CIN et d'autres en typo CINZ. Idem pour Protozoa. 1. À moins que l'on fasse deux paramètres (un pour la joulie couleur, l'autre pour la typo) ? Ça me paraît peu souhaitable. 2. Redécouper en Chromista-CIN et Chromista-CINZ ? Ça permet une gestion comme pour A.1. mais avec un seul paramètre.
B. À partir de là (reste à savoir si on est d'accord avec A.) un découpage cohérent avec la nomenclature s'impose. S'ensuit que pour les couleurs, soit 1. on utilise une couleur unique (et charte ne sert qu'à la typo) ; soit 2. on utilise 4 couleurs (CIN, CINZ code bactérien et code virus) ; soit 3. on reste au statu quo en disant que ce statu quo est cohérent avec les codes (le CIN divise végétal/champi/algue et le CINZ divise protiste/animal).
C. Mon avis à moi : concernant A. je ne suis pas pour deux paramètres pour une couleur dont seuls nous connaissons le sens. Les trois solutions proposées en B. me semblent donc s'imposer d'elles-mêmes : un découpage systématique n'est pas souhaitable. Maintenant, solution 1., 2. ou 3. ? Je m'en fous. Totodu74 (devesar…) 14 juin 2013 à 13:07 (CEST)
Je ne peux que plusser. Iossif63 : la question n'est pas et n'a jamais été de définir le contenu des taxobox. Chaque portail, thème, … suit une classification (qu'on peut d'ailleurs préciser avec le paramètre "classification=XXX" dans la taxobox pour que ce soit clairement affiché dans celle-ci).
La question et les achoppements portent uniquement sur le regroupement visuel (ou thématique, ou chartesque) des « vrais » et « faux » champignons. Donc en gros, à taxobox strictement identique dans son contenu, savoir si une taxobox décrivant un Fungi doit avoir ou pas la même couleur qu'une taxobox décrivant un oomycète. Rien de plus et rien de moins. Il ne s'agit que d'une divergence de thème, certains voulant un thème commun au « portail mycologie » (pour faire simple) et d'autre voulant signifier la différence entre les Fungi et les faux champignons, et ce par le choix d'une couleur distincte.
La solution de suivre une classification donnée n'est pas per se une solution à cette question, sauf à décider de créer une couleur par règne.
La solution de supprimer les taxobox soigne la maladie en tuant le patient Émoticône sourire, mais est actuellement inapplicable pour tous les taxons qui n'ont pas de classification phylogénique. Hexasoft (discuter) 14 juin 2013 à 13:28 (CEST)
+1 Pour faire court : oui, on est dans l'impasse. Et je suis aussi 100% d'accord avec l'analyse de Totodu74. On ne parle pas ici du contenu des Taxobox mais bien de leur aspect visuel (charte=couleur et typo), leur contenu ne changerait pas, quelle que soit la solution adoptée. Et moins les chartes seront dépendantes des aléas de classifications, mieux la pérennité de l'encyclopédie s'en portera et ceux qui ont des problèmes visuels aussi. -- Amicalement, Salix [Converser] 14 juin 2013 à 13:32 (CEST)
Séparer fond et forme comme vous le faites est impossible. La couleur véhicule une information. Cette information s'appuie soit directement sur une source (classification d'un auteur X par exemple, ou un code de nomenclature Y), soit est un POV ou un travail original (votre statu quo ou une modification de celui-ci, un découpage arbitraire en suivant plus ou moins une soi-disant interprétation de l'esprit des codes de nomenclature). Je maintiens donc ce que j'ai dit ci-dessus. --Iossif63 (d) 14 juin 2013 à 14:30 (CEST)
Moi aussi je maintiens Émoticône sourire. Le POV existe depuis le début des taxobox, donc bon… Et la couleur n'a pas à être porteuse d'information (c'est pourquoi plusieurs personnes d'ailleurs prônent de virer ces différences de couleur).
De toute façon le POV est déjà présent de partout : d'où sort d'avoir des bandeaux d'ébauche sur tel ou tel thème ? D'où sort d'avoir des portails sur tel ou tel thème ? Pourquoi une ébauche gecko, un portail herpétologie et une couleur "animal" ?
Et il n'est certainement pas plus POV de considérer une unité de thème basée sur le champs d'application d'un portail que sur la définition d'un règne dont la définition (ou l'existence) varie d'une source à l'autre.
Pour la dernière phrase tu en fais un peu trop Émoticône sourire : « arbitraire », « plus ou moins », « soi-disant », « esprit des codes » → trop d'emphase tue le message. Hexasoft (discuter) 14 juin 2013 à 14:42 (CEST)
L'interprétation de l'esprit des codes de nomenclature n'est là que pour dire que le statu quo n'est pas si catastrophique et défendable. Elle (l'interprétation) ne me paraît pas tirée par les cheveux et parti comme c'est je ne pense pas que les participants du projet mycologie acceptent de mélanger leurs champis avec des plantes Émoticône.
Mais comme je l'ai déjà dit je ne tiens pas à le défendre plus que ça, et un découpage selon les codes tout court (4 couleurs) ou une couleur unique, ça me va aussi. Je suis simplement contre un découpage taxinomique. Es-tu d'accord que le découpage taxinomique est difficilement conciliable avec le respect des conventions typographiques ? (Autrement formulé, quelle approche proposes-tu pour concilier les deux : A.1., A.2., A.3. La typo ? f*ck this shit! : typo unique... ? Émoticône) Totodu74 (devesar…) 14 juin 2013 à 14:47 (CEST)
D'accord avec Toto, Hexasoft et Salix. No more comments. - Cymbella (répondre) - 14 juin 2013 à 14:49 (CEST)
Comme le rappel Toto le paramètre « charte » regroupe actuellement trois choses : 1. définir la convention typographique suivie (CIN ou CINZ) 2. sélectionner une couleur 3. pré-insérer une ligne "règne" en début de taxobox (ou pas) selon le cas. Le premier est nécessaire (sauf à dire qu'on se moque de suivre les conventions typographiques des différents domaines). Le dernier est purement pratique (ne pas avoir à mettre une ligne en plus quand on rédige la taxobox).
Note : j'ai jeté un œil aux autres « gros » wikipédias : de.WP → couleur unique (ceci dit ils ne respectent pas les conventions typo partout) ; en.WP → 11 couleurs, basées chacune sur des ensembles de 1 à 7 « règnes » selon les cas ; nl.WP → 8 couleurs basées visiblement sur des « thèmes » (par ex. protiste+algues+protozoa) ; it.WP → 9 couleurs basées sur 10 règnes. Hexasoft (discuter) 14 juin 2013 à 15:12 (CEST)
J'aurais tendance à rejoindre l'avis de Toto. N'est-on pas en train de se prendre la tête pour des détails inutiles ? La seule manière de mettre tout le monde d'accord est de réduire la taxobox au dénominateur commun, ou autrement dit appliquer le principe KISS. Ma proposition actuelle : une seule couleur (le rose cochon Émoticône), une seule typographie (on vote pour savoir si on applique universellement celle de zoologie ou celle de botanique, dans les deux cas nous ne sommes techniquement pas en contradiction avec les codes). --Iossif63 (d) 14 juin 2013 à 15:39 (CEST)
Comme je l'ai dit je n'ai rien contre une seule couleur (mais je n'ai rien non plus contre plusieurs couleurs tant qu'elles sont rattachées à un regroupement déterminable). Si il y avait une seule couleur je serai toutefois partisan de ne pas reprendre l'une des couleurs existantes si possible. Ou alors un dégradé, des hachures de plusieurs couleurs ? Émoticône sourire Hexasoft (discuter) 14 juin 2013 à 16:27 (CEST)
Mieux vaut éviter l'arc-en-ciel Émoticône (je sors). - Cymbella (répondre) - 14 juin 2013 à 16:56 (CEST)
Dégradé d'arc-en-ciel, caca d'oie qui mélange tout, noir et blanc, bleu-Projet:Biologie pour ne pas faire de jaloux... Si on passe à une seule couleur, croyez-vous qu'ont ait une chance de se mettre d'accord sur le choix de cette couleur en sein de la biologie Sourire diabolique ? -- Amicalement, Salix [Converser] 14 juin 2013 à 17:45 (CEST)
On peut innover : ultraviolet ou infrarouge Émoticône Hexasoft (discuter) 14 juin 2013 à 22:59 (CEST)

Concrètement, on fait quoi ? et retour sur la question de départ : les Oomycètes sont-ils des protistes ?

Est-ce qu’on créée autant de chartes pour les eucaryotes qu’il y a de règnes d’eucaryotes ? Voici une liste (tirée de Uniprot, et on retrouve la même sur EBI dans l’onglet « Navigation »), à compléter car elle n’est peut-être pas exaustive, et il y aura des règnes à couper en deux pour CIN et CINB (en reprenant la proposition de Pinof) :

  • Alveolata
  • Amoebozoa
  • Apusozoa
  • Centroheliozoa
  • Cryptophyta
  • environmental samples
  • Euglenozoa
  • Fornicata
  • Glaucocystophyceae
  • Haptophyceae
  • Heterolobosea
  • Jakobida
  • Katablepharidophyta
  • Malawimonadidae
  • Opisthokonta
  • Oxymonadida
  • Parabasalia
  • Rhizaria
  • Rhodophyta
  • Stramenopiles
  • unclassified eukaryotes
  • Viridiplantae
  • + les non-eucaryotes que j’ajoute pour mémoire : les procaryotes (Archaeae et bactéries) et les virus

Et en attendant, est-ce qu’on laisse les Oomycètes dans les protistes où Pinof les a rangés ? (parce que c’est tout de même le point de départ de tout cela) Iossif63, toi qui semble avoir une bonne connaissance des différentes classifications existantes ou ayant existé : peux-tu nous dire dans quelle(s) classification(s) les Oomycètes sont des protistes ? TED 15 juin 2013 à 01:50 (CEST)

Autant que je sache, il n'y a que Lynn Margulis qui classait les oomycètes dans son "Protoctista" (mais elle y met aussi les éponges...). Pour Whittacker, les oomycètes faisait partie de "Fungi" (mais son système comportait de nombreuses autres erreurs, comme les algues brunes qui faisaient partie des plantes). Si on remonte jusqu'à Haeckel, les champignons au sens large étaient tantôt parmi "Plantae", tantôt parmi "Protista". De nos jours, le terme de protista est plutôt admis comme désignant un grade évolutif (pas de différenciation tissulaire). Tous les règnes eucaryotes comportent des protistes : les animaux (avec Myxozoa), les champignons (levures, microsporidies, etc.), les plantes (glaucophytes, chlorelles, etc.), les chromistes (oomycètes, paramécies, cryptophytes, etc.), et enfin tous les protozoaires sont des protistes (myxomycètes inclus). Par ailleurs, les oomycètes n'ont jamais été considérés comme des protozoaires. --Iossif63 (d) 15 juin 2013 à 10:36 (CEST)
Pourquoi ne pas calquer les "chartes" des taxobox sur les codes de nomenclature qui définissent les règles propres à des ensembles d'organismes, en distinguant :
Cymbella (répondre) - 15 juin 2013 à 12:05 (CEST)
Cette idée avait déjà été proposée, mais certains ont insisté pour garder une couleur différente pour "algue"/"champignon"/"plante" pour le code de botanique, de même que finalement on a conservé le statu quo en ce qui concerne les dichotomies "animaux"/"protiste" et "eubactérie"/"archébactérie"... Mais honnêtement, même si cela nous fait plaisir en tant que spécialistes, y a-t-il un intérêt pour le lecteur lambda de voir un clin d’œil si tel ou tel taxon dépend de tel ou tel code ? Cela ne risque-t-il pas de créer de la confusion, par exemple en faisant croire à tort que chaque code de nomenclature correspond à un règne ? D'autant que comme cela a déjà été soulevé par qqun d'autre, certains taxons dépendent de plusieurs codes... --Iossif63 (d) 15 juin 2013 à 13:29 (CEST)
C'est une question de règles et de typographie. S'il est clairement dit à quel(s) code(s) obéit chaque ensemble d'organismes (et non règne), une taxobox/charte/code supplémentaire rassemblant les taxons dont la nomenclature est régie par plusieurs codes pourrait être créée. Les différents champs de la taxobox sont là pour préciser la systématique. En ce qui concerne les couleurs, ce n'est tout au plus qu'un support visuel du code lié à la taxobox, elles ne devraient pas donner une information différente ou complémentaire ; àmha tout peut être de la même couleur. Le lecteur lambda se tracasse-t-il de savoir si Phytophtora est un Chromalveolata, un Protiste ou un Fungi ? L'essentiel est de lui fournir l'information et de lui dire à quelles règles la nomenclature de cet organisme obéit, pas besoin d'essayer d'y ajouter un message subliminal. - Cymbella (répondre) - 15 juin 2013 à 15:02 (CEST)
Comme dit auparavant : WP indique que certains éléments ne doivent pas être porteurs seuls d'information, dont la couleur ; je ne suis pas sûr que le lecteur lambda remarque ces couleurs ; quand bien même, il faut regarder plusieurs articles différents pour voir qu'il y a des couleurs différentes ; et enfin le lecteur n'a jamais accès à quelque chose lui permettant de savoir ce que signifient ces couleurs (quelles couleurs correspondent à quoi).
Après, de même que pour les autres infobox (acteur/auteur/peintre…), pour les bandeaux d'ébauche, pour les portails, pour les catégories… on peut bien définir des regroupements thématiques dans la mesure où le thème est clairement identifié. Mais ça reste un regroupement interne à WP (par ex. les chartes des taxobox servent à ranger les articles dans des catégories de maintenance comme "article avec auteur manquant", "article à illustrer"… pour faciliter la vie à chaque groupe de rédacteur).
Faire une charte par règne paraît infaisable (trop de règnes, certains trop fluctuants), et d'ailleurs à ma connaissance aucun WP ne fait ça, tous regroupent au moins quelques règnes ensembles (quand le critère de sélection est le règne, bien sûr).
Reste à mon sens :
  • aucune charte (comme de.WP) → une seule couleur "rose-cochon-arc-en-ciel", et en ce cas la charte devient simplement le code typographique suivi (CIN ou CINZ)
  • une charte par code → virus, bactérie, zoologie, plantes+champignons+algues (je laisse les plantes cultivées de coté)
  • idem ci-dessus mais en considérant que "plante+champignon+algue" signifie qu'il faut distinguer ces 3 domaines (proposition initiale de TED)
Reste que pour les 2 derniers cas il faut être certain que le contour de champignon et algue est clairement précisé dans les codes correspondants, sinon c'est juste déplacer la question un peu plus loin. Hexasoft (discuter) 15 juin 2013 à 15:27 (CEST)
Ces définitions ne sont pas précisées dans les codes, elles sont laissées à la libre interprétation des taxonomistes spécialistes de ces domaines. La première option que tu cites est de loin la plus simple à mettre en place et qui soulèvera le moins de débats wikipédiens dans l'avenir. --Iossif63 (d) 15 juin 2013 à 20:37 (CEST)
Comprend pas la question, pour moi, il n'y a plus de protistes [Simonite T, Protists push animals aside in rule revamp (Novembre 2005). Nature 438] et les Oomycota sont devenu des Pseudofungi soit des biflagellés (Bikont) comme les plantes ... --Breugelius (d) 15 juin 2013 à 23:13 (CEST)
@Breugelius : refnec ? (personnellement, c‘est ta réponse que je ne comprends pas)
@Iossif : le Code international de nomenclature botanique a changé de nom et est devenu le Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes. Il n’existe donc plus de « code de botanique » contrairement à ce que tu sembles le dire, et il y a donc une cohérence à garder les trois termes algues, champignons et plantes. Surtout que les mycologues de WP étaient très fortement opposé à l’idée de regrouper les champignons avec les plantes. Il faut savoir parfois chercher un équilibre entre les positions des uns et des autres, en particulier quand certains sont assez radicaux dans leurs propositions (qu’il s’agisse de mettre 23 couleurs différentes ou de n’en mettre qu’une seule, et contrairement à ce que tu dis, cette proposition soulèvera beaucoup de débats). Je suis plutôt partisan d’un juste milieu à faire évoluer pas à pas.
Concernant la définition des champignons et des algues : c’est très clair, là aussi au contraire de ce que tu affirmes.
Pour les protistes : nous sommes nombreux à avoir déjà dit, et depuis plusieurs années, qu’il faudrait supprimer les taxobox protistes, et les regrouper avec les animaux, mais tant qu’ils contiennent les Oomycètes et d’autres champignons, ce n’est clairement pas possible.
Pour les bactéries et Archaea : le Code international de nomenclature bactérienne a été récemment renommé Code international de nomenclature des Procaryotes. Donc il devrait y avoir moyen de regrouper archaea + bactérie + procaryote. Ce serait à discuter avec les projets et contributeurs concernés.
Pour les taxons dépendant de plusieurs codes : cela n’existe pas ! Les codes sont tous indépendants les uns des autres. TED 15 juin 2013 à 23:50 (CEST) 
Pour moi les Protistes et les Oomycètes n'existent plus: fini, terminé, nada, c'était des foure-tout bien facile pour le XIXe et XXe siècle et si vous voulez faire de Protiste un article (dans les animaux) expliquant le pourquoi — pourquoi pas! Par contre, il reste les Pseudofungi [Riisberg I, Orr RJ, Kluge R, et al. (May 2009). "Seven gene phylogeny of heterokonts". Protist 160 (2): 191–204.] , qu'on peut éventuellement appeler ex Oomycètes, parce qu'on les croyait champignons par leur mode de reproduction assez semblable, mais qui portent bien mieux leur nom de Pseudofungi et sont à classer en vert botanique [Cavalier-Smith T, Chao EE (April 2006). "Phylogeny and megasystematics of phagotrophic heterokonts (kingdom Chromista)". J. Mol. Evol. 62 (4): 388–420.]. Ça règle tout. --Breugelius (d) 16 juin 2013 à 05:14 (CEST)
Tu te trompes Breugelius. Pseudofungi est un embranchement qui regroupe deux classes : Oomycetes et Hyphochytrea. Quant à protista, comme je l'ai souligné, ce n'est plus un taxon, mais un grade. Si vous voulez garder une dichotomie dans le code de zoologie, vous pouvez utiliser le terme de Protozoa, qui désigne encore actuellement un taxon. Quant au "code de botanique", c'est simplement plus court à dire et à écrire que "Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes". Et de toute façon, la phycologie et la mycologie restent des sous-disciplines de la botanique. Pour les taxons dépendant de plusieurs codes, c'est toi-même TED qui avait fait cette remarque je ne sais plus où, par exemple avec les euglénophytes et les euglénozoaires qui portent un double nom à cause du chevauchement des juridictions des codes (ou encore les dinozoaires et les dinophytes...). Enfin pour les définitions claires de "champignons"/"algues"/"plantes" j'attends toujours une citation provenant du dernier code de botanique. --Iossif63 (d) 16 juin 2013 à 10:14 (CEST)
Iossif63 : si tu avais pris le temps de lire ce qui est écrit au-dessus, tu aurais vu ce que j’ai écrit le 14 mai 2013 à 15:28 (et que j’avais déjà écrit sur la pdd de Pinof le 2 mai 2013 à 19:54). Je cite :
Les Oomycètes et les Myxomycètes sont des champignons. Cf. toutes les références que j’ai déjà données sur ta pdd :
TED 16 juin 2013 à 12:37 (CEST)
Cela ne donne toujours pas une circonscription claire et non ambigüe de ces trois termes. Je vois par exemple dans ce même préambule 8 que les microsporidies, pourtant des champignons au sens large (appartenant à cette guilde écologique) comme au sens strict (appartenant au règne Fungi), sont exclues du code de botanique... Le passage "photosynthetic protists with their taxonomically related non-photosynthetic groups" n'est pas clair non plus. Cela voudrait dire que les euglènes par exemple sont considérées comme des algues. Mais que dire du genre Peranema qui n'a jamais possédé de chloroplaste ? Est-ce une algue ? Doit-on aussi inclure les trypanosomatides et les bodonides dans les algues également (puisque ce sont des euglénozoaires) ? Je ne parle même pas du problème des alvéolés... De plus, le code de botanique empiète explicitement sur le domaine de la bactériologie en voulant continuer à régir la nomenclature des cyanobactéries. --Iossif63 (d) 16 juin 2013 à 13:19 (CEST)
On ne va pas refaire toute l’histoire de la mycologie et de la la phycologie. Oui, il y a des choses qui peuvent paraître étrange aujourd’hui, mais qui se comprennent très bien si on regarde comment on en est arrivé là. Les microsporidies dépendent du CINZ, et pas du CIN : c’est un fait. Oui, les euglènes sont des algues (et dépendent du CIN), et non Paranema n’est pas une algue (et dépend du CINZ, tout comme les Trypanosomides, etc.), mais il n’y a pas de taxon qui dépendent des deux à la fois. Oui, les cyanobactéries ont très longtemps été considérées comme des algues, et même le Code de nomenclature des procaryotes reconnaît ce fait, et ne les a pas inclus. À ma connaissance, les discussions sont toujours en cours pour le transfert des cyanobactéries du CIN vers le CINProcaryotes. Cela n’a pas beaucoup d’incidence : les deux codes reposent sur les mêmes principes dans les grandes lignes (règle de priorité, typographie), et tout le monde reconnaît aujourd’hui que les Cyanobactéries sont des procaryotes.
Un autre moyen de bien comprendre ce que recouvrent chaque Code de nomenclature, c’est de regarder les listes de taxons qu’ils publient (noms valides, invalides, rejetés, etc.). Les bases de données en ligne sont aussi des sources pour savoir ce que recouvre chaque code, par exemple : Index Fungorum et MycoBank pour les champignons, ou AlgaeBase pour les algues.
NB : Iossif63, tu n‘as pas répondu à ma question : à ton avis, est-ce que les Oomycètes sont des protistes ? TED 16 juin 2013 à 14:11 (CEST)
Si si j'y ai répondu, les oomycètes appartiennent au grade protista parce qu'ils n'ont pas de tissus différenciés. --Iossif63 (d) 16 juin 2013 à 15:42 (CEST)
Pour les contributeurs qui ne sont pas familiers avec ces notions, pourrais-tu expliquer ce qu’est un grade, pourquoi c’est bien, pourquoi ce n’est pas bien, et quelles sont les différences avec un clade ? TED 16 juin 2013 à 22:14 (CEST)
Le mot "grade" a deux sens. Un grade peut d'abord désigner un groupe d'organismes qui partagent le même état pour un caractère donné. On se fiche de savoir si le caractère est primitif ou dérivé. Un grade peut donc être polyphylétique et contenir des réversions, voire des convergences (surtout en cas de parallélophylie). Les cladistes utilisent donc sans arrêt la notion de grade sans même le savoir pour constituer leurs matrices de caractères. La deuxième utilisation du mot "grade", surement la plus courante, concerne le grade d'organisation. C'est un élargissement du premier sens puisque cette fois-ci on ne prend pas en compte un seul caractère mais l'ensemble des caractères. C'est une sorte de "mesure" de la complexité de l'architecture globale d'un organisme. Par exemple on dira que les procaryotes correspondent à un grade d'organisation assez simple que l'on peut définir avec un chromosome attaché à la membrane plasmique avec une transcription et une traduction simultanée. Les eucaryotes correspondent à un grade d'une complexité organisationnelle plus élevée, avec un génome plus étendu contenu dans un noyau bimembrané, une transcription en conséquence découplée de la traduction avec des niveaux de régulation supplémentaires, tout ceci associé à un cytosquelette et un système d'endomembranes flexible permettant endo- et exocytose.
GRADE, CLADE et TAXON sont trois notions indépendantes mais non exclusives. Le clade est un groupe holophylétique : un ancêtre et tous ses descendants. Ce genre de groupe n'est pas nécessairement homogène en terme de plan d'organisation et ne constitue donc pas forcément un grade. Un taxon, comme unité de la classification, se doit d'être homogène. Cette homogénéité peut refléter aussi bien un grade qu'une diversité équilibrée des plans d'organisation.
Exemples :
  • Eukaryota : c'est un grade, un clade et un taxon à la fois
  • Prokaryota : c'est un grade et un taxon, mais pas un clade (paraphylie)
  • protista : c'est un grade, mais ni un taxon, ni un clade (polyphylie)
  • pisces : idem, les poissons sont un grade paraphylétique, mais représentent une trop grande diversité pour ne constituer qu'un taxon, ils sont donc subdivisés en 3 taxons (Agnatha, Chondrichthyes, Osteichthyes)
  • opisthokonta : c'est un clade qui regroupe Choanozoa, Animalia et Fungi, mais ce n'est ni un taxon (aucune homogénéité), ni un grade (pas de plan d'organisation commun)
  • unimembrana : regroupe les archébactéries, les eubactéries G+ et les eucaryotes, c'est à la fois un clade et un grade d'organisation (simplification de l'enveloppe par rapport aux eubactéries G-), mais ce n'est pas un taxon (trop de diversité)
  • Chromista : à la fois taxon et clade, mais pas un grade car l'organisation topologique complexe du système d'endomembranes issue de l'endosymbiose secondaire a été perdu à de multiples reprises.
La stupidité du cladisme dans cette histoire est de vouloir supprimer les notions de grade et de taxon, et de ne garder que le clade comme unité de classification (du coup, pour rajouter à la confusion, le mot de "taxon" est utilisé comme synonyme de "clade"). La conséquence de cela est que les groupes constitués ne sont pas homogènes (les crocodiles sont regroupés avec les oiseaux plutôt qu'avec les lézards par exemple) et qu'on en arrive à des absurdités comme le fait que les êtres humains soient maintenant inclus de le groupe des "poissons osseux" (voir à ce sujet Am I a bony fish? de Brummit). Le système obtenu n'est par définition pas du tout une "classification". Les cladistes confondent les trois termes taxonomie/systématique/phylogénétique, aussi bien dans le langage que dans la pensée. Pourtant les choses sont claires à distinguer. On a l'équation simple Systématique = Taxonomie + Phylogénétique. L'un des rôles de la phylogénétique est de reconstituer l'histoire évolutive des organismes, autrement dit reconstruire des arbres. L'un des rôles de la taxonomie est de découper ces arbres en taxons homogènes (para- ou holophylétiques) pour produire une classification pertinente. Pour une liste non exhaustive des auteurs les plus connus qui explicitement adopté cette démarche, voir l'article Systématique évolutionniste. Voilà l'état du débat aujourd'hui, les cladistes et les évolutionnistes campent sur leurs positions depuis des dizaines d'années et les définitions des termes les plus fondamentaux de la systématique sont en plein au cœur de la controverse. --Iossif63 (d) 17 juin 2013 à 20:19 (CEST)
Merci Iossif pour ces explications très claires. N'ayant jamais abordé cela au cours de mes études (je n'ose pas dire de quand ça date Émoticône), je devrais venir me recycler en suivant tes cours ! - Cymbella (répondre) - 17 juin 2013 à 22:26 (CEST)
Je dois reconnaître que c'est une sacré belle explication qui mériterait de devenir un article ... mais dès lors que proposes-tu ? Des articles spécifiques oomycètes, pseudofungi tout en commençant par leur définition Protista est un grade qui ... ? — Le message qui précède, non signé, a été déposé par Breugelius (discuter), le 17 juin 2013 à 22:35
Merci aussi Iossif et je plussoie Breugelius, cela mériterait de figurer dans un article. -- Amicalement, Salix [Converser] 18 juin 2013 à 11:07 (CEST)

(marée basse) Concrètement, si on fait un grade protiste pour les Oomycètes, il faudra aussi y ranger les levures (Saccharomyces et autres), alors que ce sont clairement des Fungi. TED 18 juin 2013 à 00:22 (CEST)

J'avais pensé créer l'article grade évolutif, je n'ai pour l'instant rédigé qu'une courte explication dans l'article d'homonymie grade. La notion est assez largement utilisée dans l'article plan d'organisation. Mon soucis est que je n'ai pas de sources secondaires là-dessus, seulement des sources primaires. Et même parmi les sources primaires, je ne parviens pas à mettre la main sur les deux plus importantes : « Huxley J. 1959. Clades and grades. In Cain A.J. (ed) Function and taxonomic importance. Systematics Association, London. » et « Huxley JS. Evolutionary process and taxonomy with special reference to grades. Upps Univ Arssks. 1958;6:21–38. ». Si jamais vous en avez des copies, cela m'intéresse !
TED, tu as raison, les levures sont des protistes. C'est tout le problème des catégories existantes pour le paramètre Charte des taxobox, elles se chevauchent et ne sont pas homogènes par leur nature.
algue : guilde (notion d'écologie)
animal : clade et taxon (pas un grade en raison de la simplification extrême des mésozoaires et surtout des myxozoaires)
archaea : clade, grade et taxon
bactérie : dans le sens d'eubactérie, il s'agit seulement d'un grade
champignon : au sens strict, clade, grade et taxon ; au sens large c'est une guilde (commme les algues)
protiste : seulement un grade
végétal : seulement un grade, mais si cette catégorie est utilisée dans le sens de "plante terrestre", c'est-à-dire Cormophyta, c'est un clade, un grade et un taxon
virus : rien du tout, ce n'est pas vivant, c'est du ressort des classifications biochimiques
--Iossif63 (d) 18 juin 2013 à 17:01 (CEST)
C'est, me semble-t-il, une raison de plus pour calquer les chartes des taxobox sur les codes de nomenclature !
@Iossif : Nous possédons à la bibliothèque les références que tu cherches. Si tu me communiques ton mail par mail privé, je peux t'envoyer un pdf de ces deux articles mais je ne pourrai pas le faire avant le 27 juin car je suis en congé jusqu'à cette date.
Cymbella (répondre) - 18 juin 2013 à 17:30 (CEST)
+1 pour calquer les chartes des taxobox sur les codes de nomenclature : cela évite d’avoir à choisir parmi tout cela, et les codes ne se chevauchent pas, au contraire des clades / grades / taxons. TED 18 juin 2013 à 18:39 (CEST)
Et pourtant, on trouve facilement certains taxons qui portent un nom pour le CINZ et un nom pour le CIN. Exemple : la classe Euglenoidea (CINZ) = la classe Euglenophyceae (CIN) ; de même la classe Dinoflagellida (CINZ) = la classe Dinophyceae (CIN). Exemple de Source. Certains auteurs utilisent explicitement les deux codes à la fois pour donner deux noms différents à un même taxon, par exemple l'embranchement Kathablepharida (CINZ) = la division Katablepharidophyta (CIN). Source. Certains auteurs rejettent quant à eux explicitement l'application du CIN aux cyanobactéries, dinzoaires et euglénozoaires. Voir le matériel supplémentaire de cet article. @Cymbella : Cela m'intéresse, je t'enverrai un mail d'ici le 27 juin Émoticône --Iossif63 (d) 19 juin 2013 à 14:26 (CEST)
S'il y a deux noms, on peut créer deux pages, avec une taxobox sur chacune, dont l'une pourrait être une redirection. - Cymbella (répondre) - 19 juin 2013 à 14:41 (CEST)
Deux pages différentes « dont l'une pourrait être une redirection » ? Comment fais-tu ça ? -- Amicalement, Salix [Converser] 19 juin 2013 à 15:06 (CEST)
@Iossif63 : ce sont bien deux noms différents, chaque nom dépendant d’un code, et non pas un seul nom dépendant de deux codes. Il me semble que le contenu n’est pas tout à fait le même non plus : les taxons d’algues ne comportent que les organismes photosynthétiques.
@Cymbella et Salix : une page avec les deux noms, et une redirection ? ou deux pages différentes (sans redirection) ? TED 19 juin 2013 à 16:50 (CEST)
Je proposais deux pages pour pouvoir mettre une taxobox sur chacune, se référant, le cas échéant à deux codes différents, par ex.
  • [[Hocus pocus]] est une espèce de Dinoflagellida (taxobox charte CINZ), classé par XXXX dans les Dinophyceae sous le nom de [[Hochus pochus]] ;
  • [[Hochus pochus]] est une espèce de Dinophyceae (taxobox charte CIN), classé par YYYY dans les Dinoflagellida sous le nom de [[Hocus pocus]].
Si l'une des deux classifications l'emporte très nettement, un des deux articles pourrait n'être qu'une redirection (qui peut être catégorisée), sinon l'un des deux serait un {{article court}} de façon à pouvoir y placer une infobox.
@Salix : en effet ma suggestion n'était pas très claire (ni très réalisable) !
@TED : deux pages différentes ou une page et une redirection
Cymbella (répondre) - 19 juin 2013 à 22:12 (CEST)

Pour revenir à la question toujours non-résolue des Oomycètes : on les laisse dans les taxobox-protiste ? Auquel cas, il faudrait y ranger aussi certains organismes dépendant des Fungi (levures), mais je doute que cette solution soit appréciée. Ou on les remet dans les taxobox-champignon comme avant ? (au sens champignon et non au sens Fungi). TED 22 juin 2013 à 03:12 (CEST)

Ce qui est certain, c'est que, où que se dirige cette discussion, les oomycètes et compagnie n'ont pas à être typographié CINZ. Je remet la charte champignon, après il sera toujours possible de renommer en protozoaire ou autre, de redécouper, de ne faire que quatre ou une couleur, etc. Totodu74 (devesar…) 24 juin 2013 à 18:14 (CEST)
Oui, il n'y a pas d'ambigüité là-dessus, tous les auteurs que je connais sont d'accord pour que Pseudofungi soit régit par le code de botanique. --Iossif63 (d) 25 juin 2013 à 10:21 (CEST)
Les oomycètes, myxomycètes et Plasmodiophoromycetes n'on pas à être typographié CNIZ et personne ne nie qu'ils soient régis par le code de "botanique". --Pinof (d) 26 juin 2013 à 08:48 (CEST)
Dans ce cas, pourquoi veux-tu à tout prix leur coller une infobox « protistes », alors que la nomenclature (et par conséquent la typographie dans l'infobox) des protistes est régie par le CINZ Émoticône - Cymbella (répondre) - 26 juin 2013 à 23:04 (CEST)
Ce n'est d'ailleurs pas logique que la typographie de l'infobox protiste soit automatiquement celle du CINZ puisqu'il y a également des protistes "botaniques". --Iossif63 (d) 27 juin 2013 à 08:53 (CEST)
C'est bien, ce qui fausse le débat, la possibilité d'utiliser des protistes "botaniques" a été supprimée. Je n'ai jamais soulevé de critiques contre ceux qui accordent de l'importance aux italiques dans la boite de taxinomie et je ne veux pas à tout prix écrire "protiste" ni rajouter une nouvelle couleur, j'estime simplement, comme d'autres, que le marquage visuel qui était possible dans la boite pour distinguer les vrais champignons d'organismes très différents puisse être maintenu.--Pinof (d) 27 juin 2013 à 09:31 (CEST)

Conclusion

La proposition pour une charte unique en mycologie a été retenue, il ne s'agit pas d'une règle ou d'une recommandation qui aurait été obtenue à l'issue d'un consensus. C'est un état de fait : Toutes les taxobox "protiste" ont été basculées en taxobox "champignon".--Pinof (d) 27 juin 2013 à 07:23 (CEST)