Berkhouwer a été élu sous les couleurs député européen de 1956 à 1985 sous l’étiquette du Parti populaire libéral et démocrate néerlandais[1]. Au sein du Parlement de Strasbourg, il a rejoint le Groupe libéral et démocratique dont il a assuré la vice-présidence à deux reprises, de 1964 à 1966 et de 1979 à 1984[1]. Entretemps, il a présidé ce groupe pendant trois ans[1],[2].
Il a également été vice-président de la délégation du Parlement pour les relations avec l'Amérique latine[1].