Avant chaque réunion, le président du Conseil doit préparer les séances et en établir l'ordre du jour provisoire[5]. Afin qu'un sujet soit inscrit dans celui-ci, les demandes d'inscription de la part des autres membres doivent être effectuées au moins 10 jours avant la réunion[6]. Sept jours au minimum avant la réunion, tous les documents « nécessaires aux délibérations » doivent être transmis aux membres du Conseil spécial[7].
Au début de chaque réunion, l'ordre du jour est adopté[8].
Les votes se déroulent dans l'ordre alphabétique[9]. Le Conseil spécial des ministres connaissait une division des types de votes à l'unanimité, la majorité absolue ou la majorité simple[10].
L'unanimité était acquise par une approbation de l'ensemble des membres du Conseil, c'est-à-dire que toute abstention était assimilée à un vote négatif[11]. Les avis conformes et les décisions pouvaient, si le traité en disposait ainsi, être adopté à l'unanimité[11].
La majorité absolue (la majorité des membres qui composent le Conseil) est la forme de vote commune du Conseil. En effet, le traité dispose en son article 28, paragraphe 5 : « les décisions du Conseil, autres que celles qui requièrent une majorité qualifiée ou l'unanimité, sont prises à la majorité des membres qui composent le Conseil ». Un vote selon cette modalité est acquis lorsque la majorité absolue des membres du Conseil est réunie (50% + 1) dont devait faire partie « un des États qui assurent au moins 20 % de la valeur totale des productions de charbon et d'acier de la Communauté »[12].
Le traité prévoyait aussi la majorité qualifiée[12].
Sièges
Le secrétariat du Conseil spécial des ministres se trouvait, de à la mi-, au 21 avenue de la Porte Neuve à Luxembourg[13]. De cette date et jusqu'à , date d'entrée en vigueur du traité de fusion des exécutifs communautaire, le secrétariat du Conseil se trouvait 3 rue Auguste Lumière à Luxembourg[14].