Toutes les congrégations religieuses ont été dissoutes en Suisse, en conséquence de la Révolution française en 1798, mais certaines ont été restaurées par un décret de Napoléon en 1803. Le prince-abbé de Saint-Gall refuse le décret et les concessions politiques qu'il implique. Les cantons suisses prononcent les dissolutions des abbayes de Pfäfers en 1838, de Muri en 1841, de Fischingen en 1848, de Rheinau en 1863, mais Muri est refondée à Gries en 1845 (aujourd'hui en Italie) et Fischingen est refondée en tant que prieuré en 1977.
Les abbayes d'Einsiedeln et Engelberg furent obligées de s'exiler aux États-Unis pendant le Kulturkampf. Elles fondèrent là-bas de nouvelles maisons faisant partie aujourd'hui de la congrégation helvéto-américaine, avant de revenir en Suisse, lorsque le calme revint.