Sa mission est « collaborer avec les évêques, les dicastères de la Curie romaine et les milieux intéressés, dans le but de faciliter la pleine communion ecclésiale des prêtres, des séminaristes, des communautés religieuses ou des religieux individuels ayant eu jusqu'à présent des liens avec la Fraternité fondée par Marcel Lefebvre et qui désirent rester unis au successeur de Pierre dans l'Église catholique en conservant leurs traditions spirituelles et liturgiques, à la lumière du protocole signé le par le cardinal Ratzinger et Lefebvre[3]»
Ainsi elle veille à l'« application large et généreuse des directives données en leur temps par le Siège apostolique pour l'usage du missel romain selon l'édition typique de 1962 »[1], en référence à la lettre circulaire Quattuor abhinc annos de 1984.
En outre, elle « exerce l’autorité du Saint-Siège sur divers instituts et communautés religieuses érigés par elle, qui ont pour rite propre la "forme extraordinaire" du rite romain et pratiquent les traditions précédentes de la vie religieuse[4]».
En conséquence, elle est le dicastère qui peut donner un statut canonique aux communautés attachées à cette forme.
Le motu proprio « Summorum Pontificum » rendu public par Benoît XVI le confirme cette Commission pontificale. Celle-ci, tout en gardant ses compétences, peut alors agir au nom du souverain pontife, au même titre qu'un dicastère et en élargit le mandat : si un évêque ne veut pas pourvoir à la forme de célébration demandée par « un groupe stable de fidèles attachés à la tradition liturgique antérieure », il en sera référé à la Commission pontificale (art. 7), et si l'évêque souhaite pourvoir mais se trouve dans l'impossibilité de le faire, il peut y recourir pour obtenir conseil et soutien (art. 8)[5].
Dans sa Lettre aux évêques de l'Église catholique à propos de la levée des excommunications des quatre évêques consacrés par Monseigneur Lefebvre, publié le , Benoît XVI, considérant que les questions restant à traiter avec la Fraternité Saint-Pie-X sont « de nature essentiellement doctrinale et regardent surtout l’acceptation du Concile Vatican II et du magistère post-conciliaire des Papes », annonce son intention de rattacher la commission à la congrégation pour la doctrine de la foi[6]. Ce rattachement est effectif le avec la publication du motu proprioEcclesiae unitatem et la nomination du cardinal William Levada, préfet de la congrégation pour la doctrine de la foi, à la tête de la commission.
La Commission a assuré la tutelle de l'Institution des Dominicaines du Saint-Esprit. Ses décisions de 2016 à cet égard ont fait l'objet de controverses et ont été critiquées implicitement par le pape François lui-même dans une lettre du aux Mères de l'Institution. En effet, la Commission manquait de compétences concrètes au sujet du fonctionnement de la vie monastique[7].
Le , par une lettre apostolique en forme de motu proprio, le pape François, considérant que les questions qui restaient ouvertes étaient principalement de nature doctrinale, a supprimé la commission pontificale Ecclesia Dei, dont les compétences sont entièrement attribuées à la Congrégation pour la doctrine de la foi, qui reprendra ses activités au sein d’une troisième section[8]. En , c'est Patrick Descourtieux qui est nommé à la tête de cette section[9].
↑Motu proprio Summorum Pontificum, Art. 11 :« La Commission pontificale Ecclesia Dei, érigée par le Pape Jean-Paul II en 1985, continue à exercer sa mission. Cette commission aura la forme, la charge et les normes que le Pontife romain voudra lui attribuer. »
↑Loup Besmond de Senneville et Céline Hoyeau, « Le pape demande pardon aux religieuses de Pontcallec pour les défaillances de la Curie », La Croix, (lire en ligne).
↑Jacques Bégué, « Mgr Descourtieux en charge du continent « Tradition » à la Congrégation de Foi : un signe vers la FSSPX ? », L'Homme nouveau, (lire en ligne, consulté le ).