Fondé le [2], le club atteint les demi-finales de la Copa Perú (D3) en 2014 (éliminé par le Sport Loreto) puis remporte la compétition en 2015, en battant l'Academia Cantolao en finale en deux manches (2-0, 2-3)[3].
Fort de cette victoire, le Defensor La Bocana accède en 1re division en 2016. Il dispute sa première rencontre en D1 face au Juan Aurich de Chiclayo le (défaite 1-2)[4]. Relégué en 2e division dès la fin de la saison, sa présence en D2 est également de courte durée puisque le club se voit retirer 14 points en raison de dettes ce qui précipite sa relégation en Copa Perú en 2018.
En 2022, il retrouve le dernier carré de la Copa Perú en terminant à la 3e place[5].