À l'arrivée des moines franciscains dans la région en 1650, le site de Clarines abrite des communautés indigènes. La localité est officiellement fondée le par Francisco de Vides, un aventurier espagnol originaire de la province de Huelva. En 1852, la population de Clarines s'élève à 4 289 habitants, dont 72 individus « blancs » et 3 221 identifiés comme indigènes. Clarines commence à changer sensiblement à partir du boom pétrolier des années 1960.