Choi est devenu professionnel à l'âge de 12 ans. Il a étudié le go à l'académie Kwon Kap Yong de Séoul, dans la même école que Lee Sedol. Il est devenu le deuxième plus jeune 9e dan en Corée, devancé de seulement 3 mois par Park Young-Hoon. Avec Lee Sedol, Park Young-Hoon, et Song Tae Kon, il forme la "nouvelle vague" du go coréen, qui a détrôné Lee Chang-ho de plusieurs titres. Choi a également eu de bons résultats dans les titres internationaux. Comme Lee Sedol et Park Young-hoon, Choi a profité du nouveau système de promotion. 6e dan en 2003, il a rapidement atteint le rang de 7, 8, et 9e dan en 2004, grâce à ses victoires dans les titres de Guksu, de Kisung, et de Chunwon.